متن پيام حضرت آيت‌الله خامنه‌ای(مدظله العالی) به اين شرح است:
بسم الله الرحمن الرحيم
با تأسف و تأثر فراوان، خبر درگذشت عالم عامل ربّانی، مرحوم آيت‌الله آقای حاج آقا مجتبی تهرانی رحمت‌الله عليه را دريافت كردم. اين حادثه ناگوار، ضايعه‌ای برای حوزه علميه و روحانيت و جامعه مذهبی تهران و به ويژه ارادتمندان و شاگردان ايشان و جوانانی است كه از مجالس پرفيض و درس‌های سازنده اين معلم اخلاق بهره می‌بردند.
اينجانب تسليت صميمانه خود را به آن بيت شريف و بازماندگان، بويژه اخوی بزرگوار و نيز به همسر مكرّم و آقازادگان ارجمند و ديگر بازماندگان اين بيت شريف تقديم داشته، علوّ درجات آن فقيد سعيد را از خداوند متعال مسئلت می‌نمايم.
سیّدعلی خامنه‌ای
13/ دی ماه/ 1391
منبع: پايگاه اطلاع‌رسانی دفتر مقام معظم رهبری
اقامه نماز بر پیكر آیت الله مجتبی تهرانی توسط رهبر انقلاب،فردا ساعت8 در مدرسه عالی شهید مطهری واقع در میدان بهارستان انجام میشود و مجلس بزرگداشتی نیز از سوی ایشان روز جمعه ساعت10 درحسینیه امام خمینی در خیابان فلسطین جنوبی برگزار خواهد شد.