بنا به قراین تاریخی، دوران اقامت خواجه ربیع در خراسان، از حدود سال های 35 و 36 ﻫ.ق شروع شده و تا سال های پایانی حکومت یزیدبن معاویه ادامه داشته است و تمام این دوران را خواجه ربیع در خراسان به سر برده است و پس از وفات به سال 63 ﻫ.ق در محل سکونتش که در نوغان توس واقع بوده است دفن گردیده و از آن پس آرامگاه او به نام مزار خواجه ربیع نامیده شده و شهرت یافته است. (البته باید توجه نمود نوغان امروزی تنها شامل محله ای می شود و دیگر به یک منطقه که مقبره ی خواجه ربیع را نیز شامل می شده است، اطلاق نمی شود.)

حساب رسی به اعمال!؟
خواجه ربیع که وی را جزء علمای تاریخ و یکی از پیشگامان تفسیر و حدیث دانسته اند و وی را در پارسایی شهره می دانسته اند، روزی حس کنجکاوی شاه عباس کبیر را برمی انگیزد تا درباره ی وی اطلاعاتی بدست بیاورد و ببیند که آیا این تعریف ها صدق است یا کذب از این رو نامه ای به شیخ بهایی می نویسد و از وی جویای این مطلب می گردد و شیخ در جواب نامه می نویسد:
به عرض می رسانم که خواجه ربیع از اصحاب امیرالمؤمنین علی (ع) و بسیار مقرب آن حضرت بوده است و وی مردی پارسا و نیکو بوده است...»

همچنین در صاحب الاحیا آمده است که خواجه ربیع برای خود قبری آماده کرده بود و هر وقت در قلب خود قساوتی احساس می کرد کفن پوشیده و وارد قبر می شد و مدتی می خوابید و سپس می گفت خدایا مرا برگردان تا عمل صالح و نیک به جا بیاورم و همیشه کاغذ و قلمی در جلو خود داشت و هر کاری را که طی روز انجام می داد در آن می نوشت و شب قبل از خواب نامه ی اعمال خود را می آورد و به خود خطاب می کرد: «اقرء کتابک کفی بنفسک الیوم حسیباً»؛ بخوان دفترچه خود را که بس است از نظر محاسبه برای تو در این روز. و اگر چیز خلافی در آن پیدا می نمود آن شب را نمی خوابید و تا صبح گریه می نمود، و در تحفه الاحباب روایت شده است که وی بیست سال حرفی نزد تا روز شهادت سیدالشهدا (ع) و بعد از رسیدن خبر شهادت حضرت متاثر شد و گفت: ای خدای خالق سماوات و زمین و ای خدای عالم به غیب تو حکم کن در میان بندگانت. و پس از این سخنان دیگر حرفی نزد تا فوت کرد!

نماز خواجه
همچنین از کامل ابن اثیر نقل شده است که خواجه ربیع اسبی داشته بسیار اصیل که قیمت آن بیست هزار درهم بوده است، روزی هنگامی که خواجه مشغول نماز بوده، دزد آن اسب را می رباید و در این بین نیز خواجه نماز خود را قطع نمی کند و به نماز خود ادامه می دهد. در این بین دوستان وی برای تسلی این خسارت پیش او می آیند ولی او می گوید: من خودم دیدم که آن فرد پای اسب من را باز می کند، ولی چون به محبوب تر از آن (نماز) مشغول بودم، آن اسب دیگر برایم جلوه ای نداشت!

چگونگی ساخت مقبره ی خواجه ربیع
درباره ی زمان و چگونگی احداث بقعه ی خواجه ربیع اکثر تاریخ نویسان ساخت این بنا را در عصر صفوی می دانند که به تشویق شیخ بهایی و به دستور شاه عباس احداث گردیده است این بنا در سال 1031 ﻫ.ق به دستور شاه عباس صفوی و به دست الُغ الرضوی خادم، احداث شده است. بنای اصلی این آرامگاه به صورت هشت ضلعی با منظره زیبا و گنبد مرتفع، دوجداره و از کاشی پوشیده شده در وسط باغ بزرگی است که در داخل بقعه دو کتیبه به خط «علی رضا عباسی» دیده می شود که یکی آیات قرآن و حدیثی از پیامبر (ص) و دیگری تاریخ 1031 ﻫ (1001ش) را نشان می دهد و در قسمت بالا تا سقف گنبد گچ بری بسیار ظریفی همراه با نقاشی لاجوردی ممتازی وجود دارد و در سر درب قدیم باغ مزار نوشته شده بود: بانی عمارت رفیع الشأن... شاه عباس الحسینی الموسوی الصفوی به تاریخ یکهزار و سی و یک هجری به سعی کمترین غلامان دعاگو الغ الرضوی الخادم اتمام یافت.

سایر دفن شدگان در بقعه ی خواجه
آرامگاه خواجه در وسطِ بقعه و قبر فتحعلی خان قاجار وکیل السلطنه و سپهسالار شاه طهماسب، آخرین شاه سلسله ی صفوی، که در سال 1139 هجری در اردوی شاه که در خواجه ربیع بود و به تحریک نادرشاه مقتول شد، در گوشه ی سمت چپ داخل بقعه قرار دارد و قبر «سالار» محمدحسن خان معروف به امیر اصلان خان فرزند اللهیارخان و محمدعلی خان برادرش در صفه ی مقابل ایوان شمال غربی بقعه است.

فایده ی سفر امام رضا (ع) به خراسان
چنانچه که ذکر شد خواجه ربیع یکی از رجال صدر اسلام بوده که دارای مقاماتی نیز محسوب میشده است،از این رو  هنگامی که حضرت رضا (ع) بر اساس یک سفر اجباری راهی طوس شده بودند، به زیارت خواجه ربیع تشریف برده و زیارت او را فایده ی سفر به خراسان برای خودبر شمردند.