وی در مورد شناخت خداوند از راه وحی  گفت:‌ برای شناخت خداوند قرآن کریم راهکاری معرفی کرده است که آن سیر در آفاق و انفس است و به شناخت آفاقی و انفسی  معروف است.

لازم به ذکر است که سیر در آفاق یعنی تفکر در لطایف وجود آدمی و مشاهده دقایق هستی،آیات آفاقی مانند آسمانها، زمین و نظمی که در دریاها، صحراها، گیاهان، حیوانات و موجودات آسمانی وجود دارد که تامل در این گونه از مسائل آفاق، رهگشاست و سالک را به وحدت حق، آشنا می کند. سیر انفسی انسان اگر خود را بشناسد؛ مثلا، با علم تشریح، آشنا و از نظمی که در کارگاه بدن اوست با خبر باشد،

حجت‌الاسلام محمدی با اشاره به آیه 24 سوره فصلت،«سَنُرِیهِمْ آیَاتِنَا فِی الْآفَاقِ وَفِی أَنْفُسِهِمْ حَتَّى یَتَبَیَّنَ لَهُمْ أَنَّهُ الْحَقُّ»‌گفت:‌ خداوند آیات الهی را در آفاق و انفس آشکار می‌کند تا حقانیت خود را ثابت کند. بنابراین قرآن شناخت خداوند را  سیر در آفاق و انفس می‌داند.

وی در بیان شناخت خداوند از طریق برهان گفت:‌ شناخت خداوند از طریق برهان نیز به دو صورت شکل می‌گیرد؛ شناخت خداوند بر اساس برهان انی و برهان لمی. برهان انی شناخت خداوند بر اساس نشانه‌ها است. « این همه نقش عجب بر در و دیوار وجود & هر که فکرت نکند نقش بود بر دیوار»؛ « برگ درختان سبز پیش خداوند هوش &  هر ورقی دفتریست معرفت کردگار»

حجت‌الاسلام محمدی با بیان اینکه  شناخت در برهان انی شناخت خداوند از معلول به علت رسیدن است گفت:‌ اما شناخت در برهان لمی از علت، علت را شناختن است؛ آفتاب آمد دلیل آفتاب.

وی با بیان اینکه آیات و روایات نیز به برهان لمی اشاره کرده‌اند به فرازی از دعای صباح اشاره کرد؛ «یَا مَنْ دَلَّ عَلَى ذَاتِهِ بِذَاتِهِ» گفت:‌ هر دو نوع شناخت انی و لمی آیاتی در قرآن وجود دارد که به آن رهنمود می‌کند.

حجت الاسلام محمدی با بیان اینکه شناخت آفاقی و انفسی که در قرآن کریم مطرح است خود به شاخه‌های مختلفی تقسیم‌بندی می‌شود گفت:‌ یک زمان  با عقل در آفاق و انفس سیر می‌کنیم، زمانی با حس و زمانی با فطرت و شهود که هر کدام از این سیرها شناختهای متفاوتی برای انسان ایجاد خواهد کرد.