برفراز بقعه تنها قبه ای وجود داشت. در آن سال های دور زمین های اطراف حرم، خالی از سکنه بود و نوغان که یکی از دو قصبه معروف و معتبر توس بود، تنها آبادی مسکونی منطقه محسوب می شد. نظارت دقیق حکام جور بر حرکات و سکنات شیعیان، منع آنها از توجه به مرقد امام(ع) و درک فیض زیارت، موجب شد که سال ها سپری شود و بنایی در خورد و شایسته مضجع شریف حضرتش احداث نشود.

سرانجام سال های سخت و سنگین به کندی سپری شد و عنایات خدای تعالی نسبت به روضه رضوی موجب شد که در آن روزهای اولیه و جو خاص آن زمان، حرم مطهر از هرگونه آسیبی محفوظ بماند تا باب رافت خاصه حضرت به صورت بروز کرامات پی در پی و معجزات، گره از کار دردمندان و نیازآوران بگشاید. کثرت و تداوم کرامات امام(ع) موجب شد که توجه و اقبال مردم و حاکمان آن زمان به ویژه بیشتر اهالی خراسان و مناطق دیگر فرونی گیرد و ارادتمندان به بقعه و بارگاه رضوی، زیارت پرفیض مرقد منورش را بر خود فرض بدانند و برای ساخت و مرمت و تذهیب و تزئین و حفظ و نگهداری این بنای مقدس اقدام کنند.

در طول قرن های مختلف، رجال کشورهای اسلامی، حکام و امرای خراسان، مردان با اخلاص و علاقمند به مقام شامخ ولایت و امامت با صرف مبالغی در تجدید عظمت آن کوشیده اند. ضمن تزئین آن، با ایجاد بناها و به جای گذاشتن آثاری، این مکان شریف را مملو از جلوه های کهن هنری دوره های گذشته نموده، نفایس تاریخی و شاهکارهای هنری شان را مخلصانه به این جایگاه رفیع عرضه داشته اند.

سامانیان؛

به روایت تاریخ، بوبکر شهمراد از پیشکاران نوح بن منصور سامانی، شهادتگاه علی بن موسی الرضا (ع) امام هشتم شیعیان را آباد کرد. به گفته ابن بابویه، محمد عبدالرزاق طوسی و امیر حمویه از امرای عهد سامانی نسبت به مرقد مطهر امام (ع) کمال ارادت و توجه را داشته اند و تزئیناتی در حرم به وجود آوردند. همچنین دیالمه در اوایل قرن چهارم هجری قمری به دستور عضد الدوله دیلمی، مرقد منور امام (ع) را به سبک آن زمان تعمیر و تزئین کرد.

غزنویان؛

یمین الدوله، سلطان محمود غزنوی، عمارت مشهد توس را که مرقد علی بن موسی الرضا(ع) و رشید در آن است، پس از تخریبی که پدرش سبکتکین غزنوی در قبه به وجود آورد، از نو ساخت و بنایی زیبا بر آن بنیاد نهاد. علاوه بر این، ابوالحسن عراقی معروف به دبیر در اوایل قرن پنجم ضمن مرمت بقعه رضوی اقدام به ساختن مسجد بالا سر در کنار حرم مطهر نمود.

سلجوقیان؛

امیرعمادالدین در دوره سلجوقی در اوایل قرن ششم هجری قمری حرم را مرمت کرد. شرف الدین ابوطاهر قمی وزیر سلطان سنجر نیز گنبد را بر فراز بقعه بنا نهاد و ترکان زمرد سلجوقی نیز ازاره حرم را با کاشی های نفیس سنجری با تاریخ اثنی عشر و خمس (520) آراست.

دوره افشاریه؛

بنای گلدسته ضلع شمالی صحن عتیق (صحن انقلاب)، طلاکاری مجدد ایوان امیرعلیشیر و گلدسته بالای آن، سنگاب سقاخانه اسماعیل طلایی مربوط به این دوره است.

خوارزمشاهیان؛

در اوایل قرن هفتم هجری قمری بار دیگر ازاره حرم مطهر با کاشی های ممتاز، معروف به کاشی سنجری تزئین یافت و اکنون این کاشی ها با تاریخ اثنی عشر و ست مئه (720) در حرم موجود است. همچنین اطراف در پیش روی مبارک در ضلع شمالی رواق دارالحفاظ، با کتیبه ای از کاشی چینی مانند ممتاز تزیین یافته که به عهد خوارزمشاهیان مربوط است. در این کتیبه به خط ثلث برجسته، نام و نسب حضرت امام رضا(ع) تا حضرت امیرالمؤمنین (ع) مکتوب است.

تیموریان؛

از آثار مهم این دوره، بنای با شکوه مسجد گوهرشاد در جنوب حرم مطهر و دو رواق تاریخی دارالحفاظ و دارالسیاده است.
مدرسه پریزاد، مدرسه دودر و مدرسه سابق بالا سر که متصل به ضلع غربی دارالسیاده بود و اکنون جزو رواق دارالولایه درآمده نیز به همین دوره مربوط می شود.
این بناها مربوط به دوران حکومت شاهرخ امیرتیمور گورکانی است. از آثار دیگر عهد تیموری، ضلع جنوبی صحن انقلاب است که به همت امیرعلیشیر نوایی وزیر سلطان حسن بایقرا آخرین امیر تیموری بین سال های (875) تا (885) هجری قمری ساخته شد.

عهد صفویه؛

در دوره صفویه نیز اقداماتی در حوزه حرم مطهر انجام شده است. شاه طهماسب صفوی برای اولین بار در سال (922) هجری قمری گنبد طلا را آراسته کرد و اقدام به تهیه اولین ضریح مرقد منور به سال (957) نمود. علاوه بر این، ایوان امیرعلیشیر و گلدسته کنار گنبد را نیز طلاکاری کرد.  در زمان شاه عباس، صحن انقلاب وسعت یافت و اضلاع شرقی و شمالی و غربی آن با ایوان ها و حجره ها ساخته شد و شاه عباس دوم اقدام به تعمیر و کاشی کاری آن کرد. در سال (997) ه.ق. که عبدالمؤمن خان ازبک اقدام به غارت اموال آستان قدس رضوی و طلاهای گنبد منور نمود، شاه عباس اول در سفری که به مشهد مقدس آمد، دوباره گنبد را طلاکاری کرد. این کار در سال (1016) ه.ق پایان یافت.

جریان آمدن شاه عباس و طلاکاری گنبد به خط ثلث و خطاطی علیرضا عباسی در کتیبه کمربندی گنبد مکتوب است. همچنین شاه سلیمان صفوی به تعمیر رواق درالسیاده و طلاکاری مجدد گنبد که در زلزله سال (1804) ه.ق آسیب دیده و فرو ریخته بود، اقدام نمود. طلاکاری مجدد گنبد در عهد شاه سلیمان بر چهار ترنج ساقه گنبد به خط محمدرضا امامی کتیبه شده است. رواق های توحید خانه، گنبدالله وردی خان و گنبد خاتم خانی نیز از آثار عهد صفوی است.

دوره قاجاریه؛

بنای صحن آزادی مربوط به دوره قاجار است و در این عهد ایوان غربی آن به طلا آراسته و به ایوان ناصری معروف شد. در همین دوران کاشی کاری و تزئینات صحن آزادی انجام شد. علاوه بر این، به سال (1275) ه.ق قائم مقام نوری، اقدام به آینه کاری روضه منوره نموده و در همین دوره بود که رواقهای توحید خانه، دارالحفاظ و دارالسیاده آینه کاری شد.

به توپ بستن گنبد مطهر

در سال (1330) هجری قمری برابر با (1291) شمسی عده ای در شهر مشهد با مشروطیت آهنگ مخالفت ساز کردند و به تحریک بیگانگان آرامش شهر را برهم زدند. سربازان روس به منظور پشتیبانی از مخالفان مشروطه و به منظور حفظ اتباع روسی در شهر مستقر شدند. هدف آنان به ظاهر متفرق کردن اوباش که در داخل حرم تحصن کرده بودند، و در واقع انهدام قبه مبارکه و غارت اموال نفیس حرم بود. و سرانجام با مسلسل و توپ های سبک حرم را به توپ بستند و پس از چهار روز مقدار زیادی اشیای نفیس و قیمتی به یغما رفت.