این دانشنامه در قالب 13 نمایه اصلی و یک نمایه فرعی با هدف آشنایی بیشتر محققان و پژوهشگران حوزه و دانشگاه به بیان ویژگی‌های شخصیتی و اجتماعی دهمین پیشوای شیعیان جهان می‌پردازد. همچنین این دانشنامه دربردارندۀ 206 مطلب شامل؛ مجموعه مقالات، گزیده کتاب، پرسش و پاسخ و چکیده پایان‌نامه‌ها دربارۀ این امام همام است. 

«معرفی امام هادی(ع)، دوران امامت، ولادت، اخلاق و فضائل، سیرۀ علمی و عملی امام(ع)، اصحاب و شاگردان، کرامات و معجزات، پرسش و پاسخ، زیارتگاه امام(ع) و ستارگان حرم» از جمله نمایه‌های اصلی این دانشنامه به شمار می‌رود.

«کتاب و کتاب‌شناسی امام هادی(ع)، امام هادی در رسانه و اینترنت، امام در آیینه شعر و ادب» از دیگر نمایه‌های اصلی این دانشنامه است. همچنین «زنان، فرزندان و نوادگان امام (ع)» تنها نمایه فرعی این دانشنامه مناسبتی است.

علاقه‌مندان می‌توانند جهت استفاده از این دانشنامه به آدرس اینترنتی http://www.hawzah.net/fa/Subjects/4936 مراجعه کنند.