در سال ٢٠٠ هجرى قمرى به سبب اصرار و تهديدهای مأمون عباسى حضرت رضا (ع) بدون اين كه كسى از بستگان و اهل بيت را با خود همراه کنند به خراسان تبعید شدند. حضرت معصومه (س) در پی این اتفاق  و به شوق دیدار برادر یک سال پس از هجرت آن حضرت به همراه برادران و برادرزادگان راهی خراسان شدند. اين جا بود كه آن حضرت همچون عمه بزرگوارشان حضرت زينب (س) پيام مظلوميت و غربت برادر گراميشان را به مردم مؤمن و مسلمان رسانده و مخالفت خود و اهل بيت (ع) را با حكومت حيله گر بنى عباس اظهار داشتند. اما عده اى از مخالفان اهل بيت علیهم السلام كه از پشتيبانى مأموران حكومت برخوردار بودند، با همراهان حضرت وارد جنگ شدند، در نتيجه تقريباً همه مردان كاروان به شهادت رسيدند، حتى بنابر نقلى حضرت معصومه (س) را نيز مسموم كردند.

در هر حال حضرت فاطمه معصومه (س) بيمار شدند و چون ديگر امكان ادامه راه به طرف خراسان نبود قصد کردند که به شهر قم بروند. حدوداً در روز ٢٣ ربيع الاول سال ٢٠١ هجرى قمرى حضرت وارد شهر مقدس قم شدند. سپس در محلى كه امروز «ميدان مير» ناميده مى شود شتر آن حضرت در جلو منزل «موسى بن خزرج» زانو زد و افتخار ميزبانى حضرت نصيب وی شد. 

آن بزرگوار به مدت ١٧ روز در اين شهر زندگى كرد و در اين مدت مشغول عبادت و راز و نياز با پروردگار متعال بود. محل عبادت آن حضرت در مدرسه ستيه به نام «بيت النور» هم اكنون محل زيارت ارادتمندان آن حضرت است.

سرانجام در روز دهم ربيع الثانى و «بنا بر قولى دوازدهم ربع الثانى» سال ٢٠١ هجرى پيش از آن كه ديدگان مباركش به ديدار برادر روشن شود، در ديار غربت و با اندوه فراوان ديده از جهان فروبست و شيعيان را در ماتم خود به سوگ نشاند. مردم قم پیکر مطهر آن حضرت را به سوی محل فعلی که در آن روز بیرون شهر قرار داشت و به نام «باغ بابلان» معروف بود تشییع نموده و  در دل خاک نهان ساختند.

پس از دفن حضرت معصومه (س) موسى بن خزرج سايبانى از بوريا بر فراز قبر شريفش قرار داد تا اين كه حضرت زينب فرزند امام جواد(ع) به سال ٢٥٦ هجرى قمرى اولين گنبد را بر فراز قبر شريف عمه بزرگوارش بنا كرد و بدين سان تربت پاك آن بانوى بزرگوار اسلام قبله گاه قلوب ارادتمندان به اهلبيت (ع) و دارالشفاي دلسوختگان عاشق ولايت وامامت شد. سالروز وفات آن حضرت را به تمام عاشقان حضرتش تسلیت و تعزیت عرض می کنیم.