رضاخان در سفر به ترکیه و دیدار با آتاترک تصمیم به کشف حجاب زنان ایران گرفت و ابتدا با کشف حجاب زنان درباری و خانواده خود می‌خواست با علنی کردن آن، قانون کشف حجاب را اجرایی کند.

در نوروز 1306 در زمان تحویل سال که جمعیت کثیری از مردم در حرم و اطراف حرم مطهر حضرت معصومه (س) حضور یافته بودند؛ همسر رضاخان با سر برهنه به همراه ملازمانش قصد ورود به حرم را داشت.

آیت‌الله شیخ محمدتقی بافقی که در آن زمان پس از بازگشت از نجف به ایران، تولیت آستان مقدس حضرت معصومه (س) را عهده‌دار بود، به محض اطلاع از ورود بی‌حجاب همسر رضاخان، دستور ممانعت از ورود وی و همراهانش را صادر کرد. وقتی خبر به تهران رسید، این موضوع که برای رضاخان و اهداف شوم او گران تمام شده بود، بلافاصله فردای آن روز به همراه گارد سلطنتی به حرم آمد و شیخ را مورد ضرب و شتم قرار داد و به منطقه ری تبعید کرد.

این واقعه زمانی اتفاق افتاد که چند ماهی از دستور رضاخان مبنی بر تعطیلی حوزه‌های علمیه اصفهان، مشهد و برخی شهرهای ایران می‌گذشت و رضاخان منتظر فرصتی برای تعطیلی حوزه علمیه قم بود.

رضاخان تصور می‌کرد پس از واقعه ضرب و شتم شیخ با واکنش تند حوزه علمیه قم و علما مواجه می‌شود و بهانه‌ای برای تعطیلی حوزه قم می‌یابد، اما از آنجایی که شیخ بافقی صاحب کرامت بود و چندین سال قبل از روی کارامدن رضاخان به وی گفته بود روزی را  می‌بینم که خونها می‌ریزی و چادر از سرزنان می‌کشی؛ به نیت قلبی رضاخان پی برد و علما را به سکوت دعوت کرد، بنابراین حوزه علمیه قم با تیزبینی شیخ به کار خود ادامه می‌داد.

شیخ بافقی سالها بر اثر جراحات وارده از سوی رضاخان بیمار بود و رضاخان پس از آن واقعه نتوانست تا هشت سال قانون کشف حجاب را تا 1314 شمسی به صورت علنی اجرایی کند.

سکته از غم شهدای مبارزه کشف حجاب
21 تیر 1314 یعنی 6 ماه قبل از تاریخ ننگین کشف حجاب (17دی 1314)، در پی زمزمه‌های تصویب قانون کشف حجاب در ایران، مردم مشهد و زائران حرم رضوی در مسجد گوهرشاد گرد هم آمدند تا مخالفت خود را آشکار کنند.

رضاخان دستور داده بود اگر مردم حاضر به شکستن تحصن نشوند آنان را به گلوله ببندند که همینگونه شد و قیام خونین مردم مشهد را رقم زد و بیش از 2 هزار نفر به خاک و خون کشیده شدند و حتی بدون رعایت موازین شرعی از سوی حکومت در گورهای دسته‌جمعی دفن شدند.

مرحوم بافقی که در شهر ری و در تبعید به سر می‌برد، با وجود ممنوع‌الخروج بودنش و در حالیکه از غم فاجعه 21 تیر سکته کرده بود، به مشهد رفت و از نزدیک این مصیبت را به مردم و بازماندگان تسلیت گفت.

مرحوم بافقی به روایتی به علت آشکار کردن مخالفتهای خود علیه رژیم رضاخان در تبعید مسموم و به شهادت رسید و جنازه وی به قم آورده شد و در مقبره آیت‌الله حایری یزدی، مؤسس حوزه علمیه قم دفن شد.

دیدگاه امام خمینی (ره) درباره آیت‌الله بافقی
امام خمینی (ره) همیشه از مرحوم بافقی در بحث خارج فقه و اصول خود از به عنوان «مجاهد پرهیزکار و یک مؤمن حقیقی» یاد می‌کرد و می‌فرمود: «هر کس بخواهد در این عصر مؤمنی را زیارت و دیدار کند که شیاطین تسلیم او می‌شوند و به دست او ایمان می‌آورند، مجاهد بافقی را ببیند».

حاج شیخ محمدتقی بافقی، وقتی پس از سالها تحصیل علم در حوزه علمیه  نجف به قم آمد، نزد علما و بزرگان شهر رفت و مسئله تأسیس حوزه علمیه قم را مطرح کرد. نامه‌‌ای به آیت‌الله حایری یزدی نوشت و از وی برای اقامت در قم دعوت کرد. وقتی آیت‌الله حایری یزدی به قم آمد؛ شیخ بافقی استقبال گسترده‌ای از وی را برنامه‌ریزی و اجرا کرد و از مردم و علما خواست تا برای اقامت آیت‌الله حایری یزدی پافشاری کنند که سرانجام به نتیجه رسید. شیخ بافقی سالها به عنوان بازوی کارامد مؤسس حوزه علمیه قم در فعالیت می‌کرد و یکی از دغدغه‌های این مرحوم رسیدگی به امور طلاب و احوالپرسی مرتب از آنان بود.

حاج شیخ محمدتقی بافقی در مدت اقامت خود در قم قبل از تبعید به ری، به احیای امر به معروف و نهی از منکر در قم پرداخت و ابتدا احمدشاه را نصیحت می‌کرد و در زمان روی کار آمدن رضاخان با نوشتن نامه‌های تند و صریح، او را از اعمال زشت و منکر برحذر می‌داشت. در این نامه‌ها، حتی کوچک‌ترین تعارفات معمول و احترامهای رسمی را در مورد رضاخان رعایت نمی‌کرد. او توانسته بود از گشودن مشروب فروشیها در قم جلوگیری کند و همچنین آرایشگاه‌های قم را متعهد کرده بود که ریش مشتریان را نتراشند.

دولت رضاخان، اعلامیه‌ای در قم منتشر کرد که در آن، امر به معروف و نهی از منکر ممنوع شده بود. انتشار این اعلامیه، واکنش شدید علما و مردم را در پی داشت. او دولت وقت را، دولتی جابر، ظالم و جاهل خواند و حکومت رضاشاه را حکومت فراعنه نامید. پس از انجام این سخنرانی شیخ در قم، دولت عقب‌نشینی کرد و دستورداد اعلامیه را جمع کنند.

آیت‌الله بافقی که متولد 1392 هجری قمری در روستای بافق از توابع یزد بود. پس از تحصیلات مقدماتی در بافق، مدت 14 سال برای تحصیل علم به یزد رفت و سپس در سال 1320 ق در 28 سالگی به عتبات عالیات مهاجرت کرد تا تحصیلات دینی خود را تکمیل کند.

ایشان هر پنجشنبه و جمعه از نجف با پای پیاده خود را به حرم سیدالشهدا (ع) می‌رساند و سپس باز می‌گشت تا صبح شنبه در درس و بحث حوزه حاضر شود.
مرحوم بافقی افزون بر برنامه‌های یاد شده که یکبار هم در طول اقامت‌شان در نجف ترک نشد، دوبار پیاده از نجف به مکه و مدینه مسافرت کرد و هفت بار نیز پیاده از نجف به مشهد مقدس مشرف شد و دوباره به نجف بازگشت.