آیت الله حکیم در نیمه اول سال 1983از عراق به ایران آمد. صدام دستور بازداشت 16نفر از افراد خانواده حکیم و شکنجه آنها به طرق مختلف و سپس اعدام آنها را صادر کرد و در پیامی که به برادر کوچکتر وی مرحوم عبدالعزیز داد از سید محمد باقر خواست تا به عراق بازگردد که سید محمد باقر نه خود بازگشت و نه اجازه بازگشت برادرش را داد.

سید محمد باقر پس از سقوط صدام در هفتم شهریور ماه 1382 مصادف با اول رجب 1424 پس از سه ماه از بازگشت خود به کشورش در نجف پس از اقامه نماز جمعه در حین خروج از مرقد مطهر حضرت امام علی(ع) بهمراه 125 نمازگزار دیگر ترور و به شهادت رسید.

آرامگاه سید محمد باقر حکیم

این عملیات آنقدر پیچیده بود که عوامل آن هنوز هم شناسایی نشده‌اند و اطلاعات چندانی از جزئیات و نحوه این عملیات بدست نیامد.

سید محمد باقر پیش از شهادت خود در نجف قطعه زمینی را خریداری کرده بود تا در آن کتابخانه و محل تحصیل علوم دینی ساخته شود که همزمان با شهادت ایشان شد و این زمین تبدیل به آرامگاه وی شد.

همچنین سایر قسمت‌هایی که در دوران حیات وی طرح ریزی شده بود در حال ساخت است.

علاوه بر آن سید عبدالعزیز حکیم نیز که در سال 1388 بر اثر سرطان ریه به رحمت خدا رفت نیز در کنار برادر خود آرمیده است.

آرامگاه سید محمد باقر و سید عبدالعزیز حکیم