ایشان حکمت و فلسفه را نیز در محضر مفسر کبیر قرآن، عالم ربانی علامه طباطبایی(ره) آموخت. انفاس ملکوتی علامه طباطبایی ایشان را با دقایق و رموز اخلاق و درجات عرفان آشنا ساخته و همین امر، ایشان را مورد توجه و محبت ویژه علامه قرار داد.

ایشان پس از فراگیری علوم معقول و منقول و آشنایی با لطایف حکمت و اخلاق و عرفان و پس از نایل شدن به مقام معنوی اجتهاد به تهران بازگشت. اقامت در تهران، برپایی نماز جماعت در مسجد امام حسن مجتبی(ع)، تربیت طلاب و فضلای حوزه حوزه علمیه، درس اخلاق و توجه به خواسته ها و حاجات مردم، انس با جوانان، بسیجیان و رزمندگان، خانواده های شهدا در طول بیش از چهل سال از ایشان چهره‌ای دوست داشتنی و مردمی ساخت.

اصرار فراوان شهید بزرگوار آیت الله قدوسی(ره) جهت بازگرداندن ایشان به قم و برپایی کرسی درس اخلاق و تربیت طلاب فاضل حاکی از مراتب معنوی ایشان بود.

پس از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی طی حکمی از طرف حضرت امام خمینی(ره) به عنوان نماینده ویژه ایشان در ستاد انقلاب فرهنگی منصوب شدند و از آن پس نیز بیشتر در زمینه های فرهنگی و ارشاد و هدایت جوانان و تربیت فضلای حوزه علمیه و دانشجویان مستعد ایفای وظیفه نمودند و مسجد ایشان کانون آمد و شد جان‌های ارادتمند و جوانان انقلابی شد.

تأکید نسبت به آراء و اندیشه های امام راحل(ره)، حمایت و پشتیبانی از مواضع و دیدگاههای مقام معظم رهبری، از وی چهره ای محکم و انقلابی ساخت. بصیرت ایشان نسبت به جریانات سیاسی و ترفندهای دشمنان موجب گردید تا مورد مشورت بسیاری از شخصیت های سیاسی و نخبگان حوزه و دانشگاه گردد. دوری از ظواهر مادی و دنیایی و تأکید بر ساده زیستی و مردمداری و ارتباطات بی تکلّف مردم با ایشان از جمله ویژگی‏هایی است که موجب توجه قلوب ارادتمندان و جوانان به این شخصیت اخلاقی است.

سرانجام مرحوم آیت‌الله خوشوقت ۲ اسفند‌ماه ۱۳۹۱ دعوت حق را لبیک گفت و در حرم مطهر عبدالعظیم حسنی(ع) در شهرری به خاک سپرده شد.