بنا بر نوشته دیگری از آیت ‏الله اشرفی که در مورد شرح زندگی علمای بزرگ شاهرود در دوران معاصر نوشته شده است. مرحوم آقابزرگ آن‏چنان که خود در مقدمه کتاب «الروائع الفقهیه» ذکر کرده است، بر اثر کثرت اشتغالات علمی در حوزه نجف به بیماری شدید و ضعف عمومی مفرط مبتلا می ‏شود. در سال ۱۳۵۳ قمری (مصادف با ۱۳۱۳ شمسی) به پیشنهاد مرحوم آقاسید ابوالحسن اصفهانی، ایشان برای گذراندن دوران معالجه و نقاهت به تنهایی عازم خراسان می‏ شود. در این زمان با توجه به اصرار طلاب و فضلای خراسان برای اقامت ایشان در حوزه مشهد و ارائه دروس سطوح عالی، آقابزرگ خواسته ایشان را اجابت کرده و در مشهد مستقر می ‏شود. در این فاصله به اهتمام شخص مرحوم آیت ‏الله سید ابوالحسن اصفهانی خانواده وی نیز از نجف به مشهد فرستاده می ‏شوند.

آیت ‏الله حاج شیخ مرتضی اشرفی پس از گذراندن مراحل مقدماتی تحصیل در شهرستان شاهرود در سال ۱۳۲۶ شمسی به قصد فراگیری علوم دینی به مدرسه علوم دینی بازار شاهرود وارد می ‏شود و پس از طی دو سال به همراه برادر کوچک‏‌تر خود آیت‏ الله مصطفی اشرفی به حوزه علمیه مشهد مهاجرت می‏ کند. در حوزه مشهد دروس مقدمات و ادبیات را از محضر ادیب نیشابوری تلمذ کرده و در مرحله سطوح از دروس بزرگانی، چون حاج میرزا احمد مدرس یزدی، حاج شیخ هاشم قزوینی و حاج میرزا حسین فقیه سبزواری و حاج شیخ مرتضی قلعه‏ نوئی بهره می‏ گیرد. هم‏ چنین در این زمان در دروس مربوط به حکمت و فلسفه نیز از محضر حاج میرزا جواد آقا تهرانی و حاج شیخ سیف الله بهره می ‏برد.

مهاجرت به نجف اشرف

آیت ‏الله حاج شیخ مرتضی اشرفی از سال ۱۳۳۳ در درس فقه و اصول آیت ‏الله میلانی شرکت می‌ کندکه تا سال ۱۳۳۶  طول می‏ کشد. ایشان در این سال به همراه برادر کوچک‏تر خود آیت ‏الله حاج شیخ مصطفی اشرفی، مشهد را به قصد حوزه نجف ترک می کند و در ابتدای ورود به نجف در مدرسه قوام شیرازی سکونت می‏ گزیند. اولین دروسی که ایشان در اصول فقه از آن بهره می‏ گیرند، درس مرحوم آیت‏ الله میرزا باقر زنجانی است. در کنار این درس برای مدتی نیز در همین ایام در محاضرات اصولیه مرحوم آیت‏ الله خوئی نیز شرکت می‏ کند.
آیت ‏الله اشرفی در دروس مختلف فقه حوزه نجف، در طی سال‏های متمادی از محضر آیات عظام حاج سید محمود شاهرودی، حاج سید ابوالقاسم خوئی، حاج میرزا حسن بجنوردی و حاج شیخ حسین حلی بهره می‏ گیرد. با ورود امام خمینی از بورسای ترکیه به نجف اشرف، شرکت مستمر در درس امام خمینی (قدس) نیز به دیگر فعالیت ‏های علمی ایشان افزوده می ‏شود. دوران حضور در درس امام خمینی (قدس) چیزی قریب به یک دهه تا زمان مراجعت ایشان به ایران در سال ۱۳۵۳ شمسی به طول می ‏انجامد.
بنا بر احصای راقم سطور تا کنون، در میان مکاتبات و اسناد مختلف موجود در خاندان اشرفی حداقل سه مکتوب از حضرات آیات عظام، آیت ‏الله العظمی خوئی به تاریخ ۲۶ ذی ‏القعده ۱۳۹۴ قمری و آیت ‏الله العظمی بجنوردی به تاریخ ۴ ذی‏ القعده ۱۳۹۴ و آیت‏ الله سید عبدالأعلی سبزواری به تاریخ ۵ ذی‏الحجه ۱۳۹۴ مبتنی بر تأیید مراتب علمی و اجازه اجتهاد آیت ‏الله حاج شیخ مرتضی اشرفی موجود است.