هم انديشى با مرحوم محمدرضا مظفر فيلسوف، فقيه و منطقىِ نوانديش در نجف، و احمد امين رياضىدان عراقى ـ مؤلف كتاب التكامل فى الاسلام ـ سال هاى سال تداوم يافت و همين سبب شد وى در موضوعاتى چون «فقه و فيزيك»، «فلسفه و زيبايى شناسى»، «تاريخ و روانشناسى» و برخى ديگر از دانش هاى گوناگون، پلكِ ديدگان خود را به آفاق دانش هاى جديد و نوپايى كه از مغرب زمين سرازير شده بود، نبندد و در شناخت تمدن علمىِ غرب و اروپا و ادبيات دوران پس از رنسانس ـ با تمام جوانبى كه داشت ـ گام هايى علمى بردارد.
اين موضوع را در آيينه نخستين اثر ارزشمند ایشان، كتاب «ارتباط انسان ـ جهان» كه در سن 28 ـ 30 سالگى به رشته تحرير درآمد، بهتر مى توان نگريست. اين كتاب كه با گرايش فيزيك و فلسفه تأليف يافته، محصول پويندگى هايى بود كه سالها به طول انجاميد.
وى تا واپسين روزهاى عمر، مطالب و مسائل جدّىِ دنياى جديد را مورد اهتمام قرار مىداد. اين اهتمام در درجه اول، شناخت واقعيات و سعى در فهم و درك درست آنها و در درجه دوم، تحليل و تشريح منتقدانه آنها بود. تحليل و آراى جعفرى در خصوص جريانات فكرى، منطبق بر تفكراتى بود كه به عنوان دانشمندى جوان و اسلامى انديش، آنها را از اساتيد زبده و جريانات زنده دوران تحصيلِ خود به ارث برده بود، و به نظر مىرسد، اصل آن به زيربناى تربيتىِ تمدنِ علمىِ اسلام برمى گشت.
ايشان پس از اتمام تحصيلات، وقتى در خلال سال هاى دهه 30 به ايران بازگشت، باز به بررسى جريانات فكرىِ روز پرداخت. بى گمان، او با روشنفكرى هاى واقعى موافق بود و اساساً همين موضوع بود كه وى را به تحقيق و تفحص واداشته بود؛ تحقيق و تفحص هايى كه شايد پررنگ ترين عنصر حياتش در طول 60 سال زندگىِ علمىِ او محسوب مى شود.
محمدتقى جعفرى، در زمره متفكران و انديشمندانى بود كه چون در وادى انسان شناسى گام مىزد، مى كوشيد تا انسان و انسان جديد را به درستى بشناسد. بر اين اساس، براى انسان ها فراتر از اهميت صورى و نظرى، ارزش عملى و عينى قائل بود و با اخلاقى سازنده و سلوكى راهگشا، زيباترين جلوه هاى اخلاقى و حِكَمىِ خود را در همين رابطه بروز مىداد. شايد در پرتو همين جلوه ها بود كه در مدت زمانى نه چندان زياد، توانست تأليفاتى پر شمار و عمدتاً بديع از خود به يادگار نهد، كه از مشهورترين آنها مىتوان به مجموعه 15 جلدىِ «تفسير و نقد و تحليل مثنوى» و «ترجمه و تفسير نهج البلاغه» در 27 مجلد اشاره كرد.

اين دو اثر به نوبه خود، حاوى عمده ترين تفكراتى است كه او به مدت 4 دهه متناوب، به آنها پرداخت و كوشيد يافته هاى خويش را در قلمروهايى چون: انسان شناسى، جهان شناسى، روانشناسى، جامعه شناسى، اخلاق، حكمت، فلسفه و عرفان، ارائه كند.
علامه محمدتقى جعفرى پس از عمرى تلاش و تكاپو، در 25 آبان سال 1377 خورشيدى به رحمت ايزدى پيوست و در شهر مقدس مشهد در حرم مطهر امام رضا علیه السلام، در دارالزهد به خاك سپرده شد.

حال برای ذکر نام و یاد آن دانشمند و فقیه نام آور ایرانی خاطره ای از ایشان نقل می کنیم:

علامه محمد تقی جعفری (رحمه الله) می گفتند:عده ای از جامعه شناسان برتر دنیا در دانمارک جمع شده بودند تا پیرامون موضوع مهمی به بحث و تبادل نظر بپردازند. موضع این بود: «ارزش واقعی انسان به چیست».

برای سنجش ارزش خیلی از موجودات، معیار خاصی داریم. مثلا معیار ارزش طلا به وزن و عیار آن است. معیار ارزش بنزین به مقدار و کیفیت آن است. معیار ارزش پول پشتوانه ی آن است. اما معیار ارزش انسانها در چیست؟

هر کدام از جامعه شناسان صحبتهایی داشتند و معیارهای خاصی را ارائه دادند.

بعد وقتی نوبت به بنده رسید گفتم : اگر می خواهید بدانید یک انسان چقدر ارزش دارد ببینید به چه چیزی علاقه دارد و به چه چیزی عشق می ورزد.

کسی که عشقش یک آپارتمان دو طبقه است در واقع ارزشش به مقدار همان آپارتمان است. کسی که عشقش ماشینش است ارزشش به همان میزان است.

اما کسی که عشقش خدای متعال است ارزشش به اندازه ی خداست.

علامه فرمودند: من این مطلب را گفتم و پایین آمدم. وقتی جامعه شناسان صحبتهای مرا شنیدند برای چند دقیقه روی پای خود ایستادند و کف زدند.

وقتی تشویق آنها تمام شد من دوباره بلند شدم و گفتم: عزیزان! این کلام از من نبود. بلکه از شخصی به نام علی (علیه السلام) است. آن حضرت در نهج البلاغه می فرمایند: «قِیمَةُ کُلِّ امْرِئٍ مَا یُحْسِنُهُ» / «ارزش هر انسانی به اندازه ی چیزی است که دوست می دارد».

وقتی این کلام را گفتم دوباره به نشانه ی احترام به وجود مقدس امیرالمؤمنین علی (علیه السلام) از جا بلند شدند و چند بار نام آن حضرت را بر زبان جاری کردند.

حضرت علامه در ادامه می گفتند: عشق حلال به این است که انسان (مثلا) عاشق ۵۰ میلیون تومان پول باشد. حال اگر به انسان بگویند: «آی!!! پنجاه میلیونی!!!». چقدر بدش می آید؟ در واقع میفهمد که این حرف توهین در حق اوست. حالا که تکلیف عشق حلال اما دنیوی معلوم شد ببینید اگر کسی عشق به گناه و معصیت داشته باشد چقدر پست و بی ارزش است!

اینجاست که ارزش و مفهوم «ثار الله» معلوم ميشود. ثار الله اضافه ی تشریفی است.

خونی که در واقع آنقدر شرافت و ارزش پیدا کرده که فقط با معیارهای الهی قابل ارزش گذاری است و ارزش آن به اندازه ی خدای متعال است.