قبور امامان بقیع علیهم‌السلام از آغاز تا قبل از تخریب آن مسقّف بوده است. محل دفن آنان خانهاى متعلق به عقیل بوده که به مرور زمان این خانه به ساختمان مناسب تبدیل شد، سپس در محل همان گنبد و بارگاه بنا شد و در قرون متمادى داراى ضریح، خادم و دربان بوده است و بالاخره در هشتم شوال سال 1344 هجری قمری به وسیله افراطیون وهابی منهدم گردید. مطالعات صورت گرفته نشان می‌دهد که بقیع چهار دوره متمایز را تا به امروز پشت سر گذاشته است:
1) مقبره خانوادگی
حرم شریف ائمه بقیع علیهم‌السلام قبل از دفن پیکر امام مجتبی علیه‌السلام
در خارج بقیع و در خانه‌ای متعلق به عقیل بن ابی‌طالب قرار گرفته بود و با
توسعه بقیع به آن منضمّ شده است. این مکان شریف مسقّف بوده و مردم آن را به
مسجد یا حرم می‌شناختند. عبدالعزیز بن زباله مدینه‌شناس قرن دوم هجری
می‌گوید: «دفن العبّاسُ بن عبدالمطّلب عند قبر فاطمة بنت اسد بن هاشم فی
أوّل مقابر بنیهاشم الّتی فی دار عقیل و یقال انّ ذلک المسجد بنی قبالة
قبره…». عباس بن عبدالمطلب در اوّل مقابر بنى هاشم و در کنار قبر فاطمه
بنت اسد که در خانه عقیل قرار گرفته دفن شده و مىگویند این مسجد «حرم» در
مقابل قبر عقیل بنا شده است. بر اساس این متن مزار فاطمه بنت اسد در زمان
دفن عباس مسقف بوده و در زمان مؤلف آن را مسجد می‌گفتند.
2) زیارتگاه عمومی
بر اساس قرائن و شواهد تاریخی، تبدیل مقبره خانوادگی به زیارتگاه عمومی در
دوران خلافت ابوالعباس سفاح (136- 132) و حداکثر در سال‌های اول خلافت ابو
جعفر منصور (139- 137) به وقوع پیوسته است. این واقعه ممکن است با انگیزه
سیاسی، توسط خلفای عباسی و با هدف معرفی انتساب‌شان به رسول خدا صلّ الله
علیه و آله و تقویت و تحکیم زمامداری خویش صورت گرفته باشد؛ یا با انگیزه
مذهبی توسط سادات بنی الحسن علیه السلام که با روی کار آمدن عباسیان آزادی
عمل بیشتری یافته بودند.
3) گنبد و بارگاه امامان بقیع (علیهم‌السلام)
مرحله سوم از تاریخ قبور مطهر امامان بقیع علیهم‌السلام، از قرن پنجم و با
ساختن گنبد بر روی قبور آنان آغاز می‌گردد. ابن اثیر متوفاى 630 هجری قمری
مورخ معروف در کتاب الکامل خود در بیان حوادث سال 495 هجری قمری می‌نویسد:
«در این سال منظور بن عمارة حسینى امیر مدینه از دنیا رفت و او معمارى را
که از اهالى قم بود و از سوى مجدالملک بلاسانى براى ساختن قبه حسن بن على و
عباس عموى پیامبر صل الله علیه و آله در مدینه به سر مىبرد به قتل
رسانید». مجدالملک در سال 495 به قتل رسیده است و بنابراین مىتوان نتیجه
گرفت: پیشینه بارگاه امامان بقیع علیهم‌السلام نیز به همین دوران باز
می‌گردد. در منابع تاریخی برای حرم بقیع اوصاف متعددی ذکر شده است که از
جمله آنها می توان به موارد زیر اشاره کرد:
-حرم بقیع هشت ضلعی بوده است
- دارای دو در بوده که یکی از آنها به روی زائرین گشوده می‌شد.
- خادمانی داشته است.
- دارای ضریح، روپوش، چلچراغ، شمعدان، و فرش بوده.
- فاقد صحن بوده است.
4) تخریب حرم بقیع
در سال 1344 هجری قمری گروهی افراطی تمامی بناهای روی قبور بقیع از جمله
گنبد و بارگاه امامان معصوم بقیع علیهم‌السلام را تخریب و آن را ویران
ساختند. بهانه آنان برای این اقدام وقیحانه، برخی فتاوای بی اساس ابن تیمیه
(متوفی 728 ه. ق) بوده است. آنان مدعی هستند: سفر برای زیارت قبور
پیامبران و صالحان حرام است. تبرک و توسّل به قبور پیامبران و صالحان و
ساختن بنا بر قبور پیامبران و صالحان حرام است.
مطابق باور آنان، هر گونه توسل و تبرک‌جویی به ساحت انبیا و ائمه اطهار
علیهم‌السلام شرک و از مصادیق بت‌پرستی است. بر همین اساس، هر کجا بنایی بر
قبور انبیا و صلحا بود، تخریب کرده یا بنای تخریب آن را دارند. این نوشتار
کوتاه را با سخن جهانگردی معروف به نام «مستر ریتر» در مشاهداتش از تخریب
بقیع به پایان می‌بریم: «چون وارد بقیع شدم، آنجا را همانند شهرى دیدم که
زلزله شدیدى در آن به وقوع پیوسته و به ویرانهاى مبدّل ساخته است؛ زیرا
در جاى جاى بقیع بجز قطعات سنگ و کلوخ بهم ریخته و خاک‌ها و زبالههاى روى
هم انباشته و تیرهاى چوب کهنه و شیشههاى درهم شکسته و آجرها و سیمان‌هاى
تکه تکه شده، چیز دیگرى نمىتوان دید. فقط در بعضى از رهگذرهاى تنگ این
قبرستان از میان این زبالهها راه باریکى براى عابرین باز نمودهاند. و
اما آنچه در کنار دیوار غربى بقیع دیدم، تلى بود از تیرهاى قدیمى و
تختههاى کهنه و سنگ‌ها و قطعات آهن روى هم انباشته که اینها بخشى از
زبالهها و بقایاى مصالح ساختمان‌هاى ویران شدهاى بود که در کنار هم
انباشته بود ولى این ویرانىها و خرابی‌ها نه در اثر وقوع زلزله و یا
حادثه طبیعى، بلکه با عزم و اراده انسان‌ها به وجود آمده است و همه آن گنبد
و بارگاه‌هاى زیبا و سفید رنگ که نشانگر قبور فرزندان و یاران پیامبر
اسلام بود، با خاک یکسان گردیده است».