وی تصریح کرد: بدیهی است که هرگز نمی‌خواهیم نقش برجسته علمای اسلامی و دیگر مذاهب را در پیدایش و گسترش این علوم نقض کنیم و این کنگره بار منفی بر تلاش‌های علمای دیگر ندارد بلکه ما تلاش‌های علمای دیگر مذاهب را تقدیر می‌کنیم؛ دو اصل بر کنگره ما حاکم است که اصل اول احترام به تمام مذاهب اسلامی و اصل دوم علمی بودن و دوری از مباحث سیاسی.
این مرجع تقلید با اشاره به اهمیت علوم در اسلام گفت: اسلام آغاز و پایان جهان را در سیطره علم می‌داند، زیرا از یک سو فضیلت و برتری حضرت آدم به فرموده قرآن بر همه فرشتگان که سبب شد فرشتگان برای آفرینش او سجده کنند به سبب امتیاز علمی حضرت آدم بود.
وی اضافه کرد: مرحوم طبرسی در مجمع البیان می‌گوید؛ منظور از علم الاسماء به گفته صحابه و تابعین علم آدم به علوم مادی و معنوی مربوط به زندگی بشر بود.
آیت‌الله مکارم شیرازی با اشاره به این سؤال که آیا آگاهی آدم به علوم بالفعل بوده یا بالاستعداد؟ خاطرنشان کرد: این استعدادهای اولیه به نسل آدم منتقل شده و طی هزاران سال تدریجاً زائل شد؛ افتخار آدم و فضیلت او بر فرشتگان به تصریح قرآن از علوم سرشار او سرچشمه می‌گیرد و افتخار فرزندان آدم نیز بر همین است.
وی با اشاره به پایان جهان و ظهور حضرت مهدی(عج) گفت: افتخار آن حضرت به علوم و دانش‌های فوق‌العاده الهی او است؛ در حدیثی از امام صادق(ع) آمده است «مجموعه علم و دانش‌ها 27 بخش است که دو بخش از آن قبل از ظهور حضرت مهدی در انتظار انسان‌ها قرار گرفت و هنگامی که حضرت قیام کنند 25 بخش دیگر آشکار شده و علوم انسانی کامل می‌شود».
این مرجع تقلید با بیان اینکه این افتخار بزرگ ما است که اسلام از محیط جاهلیت مملو از خرافات برخواست ولی نقش اصلی و فضیلت انسان را به علم و دانش داد و علمای اسلام در خط مقدم قرار گرفتند تصریح کرد: تشکیل این کنگره به این خاطر بود که علمای شیعه پدید آورنده بسیاری از علوم اسلامی و موجب گسترش آن بودند ولی به دلایلی مظلوم واقع شدند و خدمات آن‌ها آشکار نگشت.
وی افزود: حکومت‌های استبدادی و گروه‌های افراطی که در هر جامعه‌ای هستند و از برادران اهل سنت جدا هستند اجازه ظهور و بروز به علما را ندادند.
آیت الله مکارم شیرازی ادامه داد: سوزاندن کتابخانه‌های اهل بیت و علما از جمله کارهایی بود که دشمنان اهل بیت انجام می‌دادند و به همین خاطر علما تلاش کردند تا با دفن کردن کتب موجب حفظ آن‌ها شوند که این امر نیز بسیاری از کتب را از بین برد.
وی به برخی از ظلم‌ها به مکتوبات علوم اسلامی در دوره‌های مختلف اشاره کرد و با بیان اینکه شیخ طوسی فکر تقریبی فوق‌العاده‌ای داشت خاطرنشان کرد: هنگامی که سلجوقیان متعصب بر سر کار آمدند گروهی افراطی فرصت را مغتنم شمرده و خانه وی را غارت کرده و کتابخانه او را به آتش کشیدند.
این مرجع تقلید کتابخانه با بیان اینکه مسجد جامع اصفهان، کتابخانه مسجد جامع مرو و... از جمله ذخائر کتب شیعی است که ویران شد، خاطرنشان کرد: در دوره‌های مختلف شاهد بودیم که افراطیون و حکومت‌های غاصب ذخائر کتب و علوم اسلامی و شیعی را غارت کرده و از بین بردند.
وی با بیان اینکه شهید اول کتاب‌های فقهی فراوانی داشت افزود: در مقام علمی شهید ثانی همین بس که شرح لمعه را که یکی از متون مهم شیعی و فقهی است در 6 ماه و 6 روز نوشت.
آیت‌الله مکارم شیرازی با اشاره به سانسور کردن کتاب‌های علمی دانشمندان شیعه و ممانعت از حضور آن‌ها در کتابخانه‌ها، مدارس، دانشگاه‌ها و حوزه‌های علمیه گفت: این مساله یکی دیگر از شگردهای نواصب متعصب بود.
وی با بیان اینکه کتابخانه‌های شیعه مملو از کتاب‌های برادران اهل سنت از علوم مختلف است گفت: ما ابایی نداریم که از کتاب‌های علمی اهل سنت استفاده کنیم اما در کتابخانه‌های افراطیون در کشورهای مختلف یا کتب شیعه پیدا نمی‌شود یا اگر باشد در دسترس کسی قرار نمی‌دهند.
این مرجع تقلید تصریح کرد: البته برادران اعتدالی اهل سنت را از این مساله مبرا می‌دانیم و ارتباط علمی بین ما و آن‌ها برقرار است.
وی با تاکید بر اینکه به دنبال این هستیم که حقایق را در این زمینه آشکار کنیم اظهار کرد: مرحوم سیدحسن صدر و آقابزرگ تهرانی و سیدمحسن امین عاملی گام‌های خوبی در این زمینه برداشته‌اند اما کتب آن‌ها به تنهایی برای معرفی گستره علمی شیعه کافی نیست.
این مرجع تقلید با تاکید بر اینکه حدود 400 پژوهشگر نخبه شیعه، اهل سنت و دیگر مذاهب را دعوت کرده و در قریب دو سال در هر یک از علوم اصلی و فرعی اسلامی و علوم مرتبط تحقیقاتی انجام داده‌اند اظهار کرد: در این تحقیقات خدمات و تحقیقات علمای شیعه را از کتب و ذخائر مختلف استخراج کردند که از تلاش‌های آن‌ها بیش از 50 جلد کتاب آماده شده است که در تاریخ اسلام ماندگار خواهد بود.
وی تصریح کرد: این کتاب‌ها دریچه‌هایی به روی دوستداران ائمه طاهرین می‌گشاید که شاید برخی از آن‌ها برای خود ما نیز پوشیده مانده بود.
وی با تاکید بر اینکه این کتاب‌ها باید در زبان‌های مختلف به چاپ برسد اذعان کرد: عصاره این کتب باید در چند جلد کمتر منتشر شود؛ البته مطالب ارزشمندی که در سخنرانی‌های این کنگره ایراد می‌شود بر این موارد افزوده خواهد شد.
آیت‌الله مکارم شیرازی اظهار کرد: در حوزه‌های علمیه باید به این مساله اهمیت داده شود و تاریخ علوم اسلامی و مواردی که تاریخ شیعه درخشیده‌اند به طلاب ارائه شود.
وی با بیان اینکه یکی از برنامه‌های کنگره شیعه نشر کتاب‌های خطی ما است افزود: کتاب‌های خطی باید از پرده درآمده و کپی آن در اختیار پژوهشگران قرار گیرد؛ متاسفانه مسوولین کتابخانه‌های مهم دیگر کشورها و بعضاً کشور ما همکاری خوبی در این زمینه ندارند و اجازه نمی‌دهند کپی این کتب تهیه شده و پژوهشگران از آن‌ها استفاده کنند و این کتب ارزشمند در زندانی به نام کتابخانه نگهداری شده است.