وی در واکنش به سخنانی مبنی بر به رسمیت شناختن قم به‌عنوان یک کشور مستقل با تأکید براینکه قم واتیکان نیست، گفت: در زمان شاه هنگامی‌که بحث‌های انقلابی اوج گرفت از سوی دولت به حوزه علمیه پیشنهاد شد که ما قم را به‌عنوان یک کشور مستقل مانند واتیکان در اختیار و مراجع می‌گذاریم و آن را به رسمیت می‌شناسیم تا برای خود مجلس قانون‌گذاری و پول مستقل داشته باشد.
مرجع تقلید شیعیان با بیان هدف رژیم پهلوی از این پیشنهاد ابراز کرد: هدف آن‌ها این بود که مرجعیت و حوزه را به‌کلی منزوی کنند بنابراین این پیشنهاد شدیداً از سوی علما رد شد، اگر چنین چیزی شکل می‌گرفت مفهومش این بود که امروز علما و بزرگان نمی‌توانند و حق ندارند درباره ایران نظری بدهند زیرا از قبیل دخالت یک کشور بیگانه در امور داخلی ایران است.
آیت‌الله مکارم شیرازی ادامه داد: آن‌ها نمی‌توانند از افراد حوزه علمیه کسی را به مجلس بفرستند و یا علمای قم در شورای نگهبان و خبرگان دخالت کنند چراکه تعلق به یک کشور دیگر دارند و نه کشور ایران، و از ائمه جمعه، قضات و اساتید دانشگاه هیچ‌کدام نمی‌توانستند از حوزه علمیه انتخاب شوند چراکه جزو کشور ایران نبودند و کشوری مستقلی برای خودشان بودند.
وی بیان کرد: اگر مردم می‌خواستند به تهران، اصفهان و سایر شهرها بروند باید گذرنامه بگیرند و مردم قم نمی‌توانستند از آب و برق سراسری استفاده کنند چراکه یک کشور بیگانه‌اند.
استاد برجسته حوزه علمیه قم گفت: متأسفانه اخیراً زمزمه این سخن از سوی برخی شنیده شد که هرگز حمل بر اغراض و سوءنیت نمی‌کنیم و صرفاً آن را ناآگاهی می‌دانیم ولی در فضای مجازی آن را دامن زدند.
آیت‌الله مکارم شیرازی با تأکید بر اینکه مرجعیت تعلق به تمام اسلام و شیعه دارد، خاطرنشان کرد: هنگامی‌که به ما می‌گفتند چرا در امر بحرین، سوریه و یمن دخالت می‌کنید می‌گفتیم مرجعیت به مرز خاصی تعلق ندارد و مقلدین ما در تمام این کشورها هستند و ما حق داریم مصالح آن‌ها را تذکر داده و در نگرانی‌های آن‌ها نگران باشیم، این عقیده کجا و عقیده واتیکان شدن قم کجا.
وی گفت: ما بارها به مسئولان تذکر داده‌ایم که به قم به‌عنوان یک شهر معمولی نگاه نکنند، زیرا تعلق به تمام جهان اسلام دارد و آبروی قم آبروی جهان تشیع است، حوزه علمیه قم به تمام شهرهای داخل کشور و مناطق زیادی از خارج کشور عالم و مبلغ می‌فرستد و ازنظر کمیت و کیفیت حوزه علمیه قم بی‌نظیر است، ان شالله این مرکز اسلامی و شیعه همیشه آبرومند برای تمام اسلام بماند و نه مانند یک کشور مستقل مانند واتیکان.