وی در پاسخ به این شبهه که برخی می‌گویند چطور امام علی(ع) حاضر شد در برابر ظلم به همسرش سکوت کند، اظهار کرد: در نگاه درون مکتبی بر اساس منابع مأثور نمی‌توانیم به عمق ابعاد فعل حجت خدا پی ببریم؛ فقط با منطق امامت 72 نفر سپاه امام حسین (ع) در برابر 30 هزار لشگر یزید جانفشانی می‌کنند، چون حجت‌های الهی زندگی خدامحوری دارند و بر اساس دستور العمل الهی حرکت تبلیغی خود را انجام می‌دهند. در جریان صلح حدیبیه برخی از صحابه لب به اعتراض گشودند اما برکات این صلح آنچنان بود که تحلیلگران از آن به عنوان (فتح حدیبیه) نام می‌برند. در منابع شیعه، تعهد امام علی(ع) به پیامبر(ص) در عدم قیام مسلحانه در برابر جریان غاصب به روشنی گزارش شده است، از سوی دیگر، در منابع شیعه و اهل تسنن آمده که حضرت بی تفاوت نبودند و در برابر حمله کنندگان به بیت وحی واکنش نشان دادند.
وی خاطرنشان کرد: در پاسخ به این شبهه که چرا امام علی (ع) قصاص را نسبت به قاتلین همسر خود دنبال نکرد باید گفت قصاص در قرآن کریم از حقوقی است که خداوند برای اولیای دم قرار داده و آنها را مخییر به عفو یا پرداخت دیه کرده است. در خطبه شقشقیه دلیل این رویکرد بی یاوری امام بیان شده است. از سوی دیگر این عملکرد مطابق سیره نبوی است، چراکه رسول خدا(ص) در برابر شهادت جناب سمیه، حضرت حمزه و بسیاری از یاران باوفای خود به خاطر حفظ اسلام سکوت کردند و دست به شمشیر نبردند. این نکته را هم باید توجه کرد که امام علی(ع) بر فرض اعتراض به کدام دادگاه صالح می‌توانستند مراجعه کنند با توجه به اینکه دادگاه در اختیار جریان مخالف بود.
مدیر مسئول مجله پژوهشنامه علوم قرآن و حدیث در پاسخ به این شبهه که چرا صحابه هیچ واکنشی نسبت به شهادت نشان ندادند، گفت: این سخن بر اساس نظریه عدالت صحابه در فضای اهل تسنن مطرح شده که قرآن بزرگ‌ترین ناقد این نوع نگاه است، چراکه مسلمانان بارها و بارها مانند جنگ احد یا برپایی نماز جمعه و...، پیامبر(ص) را تنها گذاشتند و خداوند با لحن توبیخی به نقد عملکرد صحابه در کتاب خویش پرداخته است.
وی هدف اصلی طرح شبهات پسینی را جلوه دادن رابطه خوب امام علی(ع) با خلفا مطرح کرد و افزود: با طرح این مسائل به دنبال این هستند تا بگویند شهادتی در کار نبوده است. برخی جریان ازدواج جناب ام‌کلثوم با خلیفه دوم را مطرح می‌کنند باید بدانیم که روایات شیعه و اهل تسنن در این خصوص مضطرب المتن است و در میان دانشوران فریقین هردو دیدگاهِ پذیرش و عدم پذیرش دیده می‌شود. در اهل تسنن این مطلب در صحیح مسلم و بخاری به چشم نمی‌خورد و برخی از علما نظیر سیوطی، منکر فرزندی به نام ام‌کلثوم از امام علی(ع) و حضرت زهرا(س) شده‌اند. نووی معتقد است خلیفه دوم با ام‌کلثوم فرزند ابوبکر ازدواج کرده است. همین تناقض‌ها در محتوا و حتی کیفیت ازدواج مثل تفاوت سن زیاد و یا مبلغ مهریه باعث شده که علمای شیعه مثل شیخ مفید در دو اثر خویش اصل این ازدواج را نپذیرند.
این پژوهشگر علوم قرآن و حدیث افزود: برفرض اثبات این ازدواج ما در قرآن پیشنهاد ازدواج حضرت لوط به قوم خود را داریم و کسی نمی‌تواند اثبات کند این به معنای رابطه صمیمانه نبّی خدا با قوم خود است یا در عملکرد پیامبر(ص) ملاحظه می‌کنیم که حضرت سه دختر خویش را به عقد سه نفر از مشرکان در می‌آورد؛ بنابراین بر فرض صحت باید اذعان کنیم این کار با زور صورت گرفته، چنانچه در روایتی تهدید اجرای حد سرقت با پیدا کردن دو شاهد برای امام علی(ع) در صورت مخالفت نسبت به این ازدواج آمده است.
پوراسماعیل در ادامه به نامگذاری‌های فرزندان امام علی(ع) پرداخت و گفت: نام‌های عمر و عثمان طبق نقل علمای اهل تسنن نام‌های رایج عصر نبوی بوده و کسی که خطبه شقشقیه را خوانده باشد می‌یابد که این نامگذاری دلیلی بر اثبات رابطه صمیمانه امام با خلفا نبوده است. جامعه ما بیشترین آسیب‌ها را از رضاخان و محمدرضا پهلوی دید، اما این باعث نشد که نام رضا را بر فرزندان خود نگذارد. این همه در حالی است که با رفتارشناسی خلیفه دوم متوجه می‌شویم او در جریان نامگذاری نام خود را بر فرزند امام تحمیل می‌کند و در منابع مختلف هم آمده که انتخاب نام عثمان به دلیل علاقه امام علی(ع) به عثمان بن مظعون از صحابه پیامبر(ص) بوده است. در مورد نام ابوبکر هم باید دانست نام وی عبدالله است و ابوبکر کنیه اوست که کنیه در فرهنگ عربی توسط دیگران انتخاب می‌شود. مخالفان درصدد انکار شهادت حضرت فاطمه(س) هستند، چون این سوال پیش می‌آید که قاتلان تنها یادگار پیامبر(ص) چه کسانی هستند؟ در چند سالگی و به چه دلیل به شهادت رسیده است؟ فرزند او چگونه سقط شد و...، این همه در حالی است که احادیث حرمت ایذای فاطمی تواتر معنوی دارد.