وی برای اثبات این دعا با حربه مغالطه به گونه‌ای جلوه‌گر نمود که گویا ولی فقیه همچون فرعون خداوند را کنار گذاشته و خود را در جایگاه خداوندی قرار داده است. در این مسیر او عنوان نیابت فقیه از امام معصوم را تفسیری جدید از ولایت فقیه نامید که فقهای گذشته به آن اعتقادی نداشته‌اند.
اما طرح چنین سخنانی از ناحیه کسانی خود را پیرو اندیشه‌های آیت الله سید محمد شیرازی می‌دانند بسیار عجیب است و نشان از آن دارد که این افراد نه تنها کتاب‌های فقهای شیعه را مطالعه نکرده‌اند بلکه از اندیشه‌های رهبران فکری خویش نیز آگاهی ندارند و کتاب‌های کسی که او را امامِ مجدد می‌نامند، مطالعه نکرده‌اند.
در ادامه نکاتی در این باره تقدیم می‌شود:
۱. حقیقت‌این‌که آیت الله سید محمد شیرازی یکی از طرفداران نیابت فقیه از امام معصوم(ع) در حکمرانی بر مردم و ولایت فقیه بوده است، آن‌گونه که حتی طرفداران ایشان طرح ولایت مطلقه فقیه توسط وی را مقدم بر مباحث ولایت فقیه امام خمینی می‌دانند.
آیت سید محمد شیرازی در کتاب‌های خویش تأکیدات فراوانی درباره ولایت فقیه دارد، چنانچه در کتاب «عدالة الإمام أمیر المؤمنین (ع)» می‌گوید:
«همانا ولایت فقیه در زمان غیبت امام زمان(ع) همانند ولایتِ حاکمانی است که ائمه (ع) در زمان حضورشان آنها را نصب می‌کردند، مثلاً امام علی(ع) مالک اشتر را والی مصر ساخت پس همان ولایتی که مالک داشت فقهای عادل نیز دارند و همانگونه که بر امت لازم بود از مالک در مصر اطاعت کنند، چون او در هنگام غیبت و عدم حضور امام، از ناحیه ایشان ولایت داشت و نماینده ایشان بود، در زمان ما نیز باید از فقها اطلاعت شود، زیرا نفس همان ولایت به فقیه جامع شرایط اعطا شده است، یعنی فقیه نماینده امام معصوم(ع) است و با تعدد فقها ولایت متعلق به شورای مراجع است با تفصیلی که آن را در فقه بیان کردیم.»( سید محمد حسینی شیرازی، عدالة الإمام أمیر المؤمنین (ع)، بیروت: موسسه المجتبی، ۱۴۲۶ق، ص۲۳-۲۵)
وی در جایی دیگر نیز می‌گوید:
«إقامة حکم الإسلام فی زمن الغیبة بواسطة نواب الإمام المهدی (عجل الله تعالی فرجه) الجامعین لشرائط الفتوی، من أوجب الواجبات؛
یعنی: اقامه حکم اسلام در زمان غیبت به واسطه نواب امام مهدی که دارای شرایط فتوی دادن هستند از واجب‌ترین واجبات است.»(سید محمد شیرازی، موسوعة الفقه، کتاب الدولة الاسلامیة، ج۱۰۱، بیروت: دارالعلوم،۱۹۸۹م، ص۲۴)
همچنین وی هر حکومتی غیر از ولایت فقیه را نامشروع می‌داند:
«فإن الحکومة فی المسلمین للرسول (صلی الله علیه وآله)، ثم الإمام (علیه السلام)، فإذا کان غائباً کان لنوابه، لا حکومة الفرد، المنتخب من سائر الناس مطلقاً، أو مقیداً بالمجلس، کحکومة المشروطة، ولا حکومة وراثیة، ولا حکومة جماعة من الأشراف أو من النخبة أو ما أشبه مما ذکروه فی کتب السیاسة، بل کما ذکرناه؛(سید محمد شیرازی، موسوعة الفقه، کتاب الدولة الاسلامیة، ج۱۰۱، بیروت: دارالعلوم،۱۹۸۹م، ص۵۷)
یعنی: حکومت در میان مسلمانان متعلق به رسول خدا (ص) است، سپس متعلق به امام (ع) است و هنگامی که امام غائب باشد متعلق به نواب ایشان است و حکومت به فرد منتخب از میان مردم یا برگزیده توسط مجلس تعلق ندارد، پس حکومت مشروطه، حکومت پادشاهی، حکومت برگزیدگان از اشراف و نخبگان و مشابه آنها صحیح نیست، همانگونه که آنها را ذکر کردیم.»
۲. در سخنرانی سید حسین شیرازی، وی شیخ انصاری را ضدولایت فقیه می‌نامد و از جایگاه علمی عالم بزرگ برای تخریب ولایت فقیه استفاده می‌کند. این ادعا نشان از اطلاعات ناقص این فرد دارد، زیرا شیخ انصاری در کتاب‌های خویش هیچ‌گاه به‌صورت کلی ولایت فقیه را رد نکرده است و فقط در محدوده ولایت فقیه نظری متفاوت دارد که این نظر را نیز نمی‌توان ضدیت با ولایت فقیه نامید، زیرا ضدیت دربردارنده بارِ مخالفت و دشمنی است، و این معنا را هرگز نمی‌توان به شیخ انصاری منتسب کرد.
از این گذشته این گونه بهره‌برداری از نام شیخ انصاری برای تخریب ولایت فقیه نشان از آن دارد که وی حواشی آیت الله سید محمد شیرازی را بر مباحث ولایت فقیه شیخ انصاری نیز مطالعه نکرده است. آیت الله سید محمد شیرازی در حاشیه خویش بر مکاسب شیخ انصاری با نام «ایصال الطالب الی المکاسب»، نظر شیخ انصاری را در محدود کردن اختیارات ولایت فقیه رد نموده و می‌نویسد:
«و مقابل هذا القول احتمال ان یکون للفقیه التصدی لکل امر یراه صلاحا مما لم یکن خارجا عن حوزة الشریعة، حتی جعل ضرائب اضافیة اذا رای ذلک صلاحا، و لکن بدون ان یکون ذلک قانونا، بل امر وقتیا حسب المصلحة بنظر الفقیه. و الی هذا ذهب جمع من الفقهاء، کالشیخ الاکبر فی اجازته لملک ایران حیث جوز له اخذ المال من الناس لحفظ دمائهم، و اموالهم من الاعداء کما فی کشف الغطاء، و کالسید محمد سعید الحبوبی حیث اجازفیما ینقل عنهسحرة السفن بدون رضا اصحابها فی حالة حرب وقعت بین المؤمنین و غیرهم فی العراق، الی غیرهما....و الحاصل: ان مقتضی القاعدة ان یکون للفقیه ما کان للامام الا ما خرج بالدلیل، لانه مقتضی الخلافة لرسول اللّه، و انهم حجة الامام، کما ان الامام حجة اللّه، و غیرهما من الادلة. (ایصال الطالب الی المکاسب،ج، ص۱۸۸)
یعنی: و مقابل این نظر شیخ انصاری، این احتمال است که فقیه متصدی هر امری باشد که آن را صلاح دیده و از دایره قوانین شرعی خارج نیست، حتی قرار دادن مالیات‌های اضافی هنگامی که آنها را صلاح بداند، ولی نه به صورت این‌که یک قانون باشد بلکه امری موقتی و بر اساس مصلحت سنجی فقیه باشد. و جمعی از فقها بر این نظر هستند همچون شیخ اکبر کاشف الغطاء در اجازه‌ای به پادشاه ایران داد تا در مال مردم را برای حفظ جان و اموال آنها تصرف کند و همچنین سید محمد حبوبی که اجازه داد هنگام جنگ در عراق از قایق‌های مردم بدون رضایت آنها استفاده کنند و همچنین فقهایی دیگر.... حاصل سخن این که: مقتضای قاعده فقهی آن است که برای فقیه تمام اختیاراتی که برای امام است وجود داشته باشد، مگر اختیاراتی که با دلیل خاص نفی شده باشند، زیرا اقتضای جانشینی رسول خدا(ص) چنین است و این که فقها حجت امام هستند، همانگونه که امام، حجت خدا است و غیر از این دو روایت از ادله‌ای که بر ولایت فقیه وجود دارد.
۳. آیت الله سید محمد شیرازی در تعیین ولایت فقیه نظریه شورای مراجع را مطرح می‌کند، این نظر نفی کننده ولایت فقیه نیست بلکه فقط نحوه تعیین آن را به صورتی دیگر بیان می‌کند. البته در نظریه شورای مراجعِ آیت الله سید محمد شیرازی، رأی و نظر مردم هیچ‌گاه به صورت مستقیم لحاظ نمی‌شود و درباره آن انتخابات عمومی وجود ندارد. بلکه در این نظریه فقهایی که اقبال مردم به سوی آنها بوده است و عنوان مرجع تقلید را کسب کرده‌اند، مجلسی شورایی را تشکیل داده و فردی را به عنوان رهبر جامعه اسلامی بر می گزینند. (سید محمد شیرازی، موسوعة الفقه، کتاب الدولة الاسلامیة، ج۱۰۱، بیروت: دارالعلوم،۱۹۸۹م، ص۵۷)
حقیقت این‌که در اندیشه سیاسی آیت الله سید محمد شیرازی تمام شئون سیاسی بر محور مراجع تقلید تعریف می‌شود و حتی احزاب سیاسی هنگامی مشروعیت می‌یابند که بر محور آنها مراجع دینی تشکیل باشند.
به هر حال سخن درباره نظریه شورای مراجع فراوان است ولی فی‌الجمله باید گفت: تعیین ولایت فقیه در اندیشه سیاسی آیت الله سید محمد شیرازی را نمی‌توان دموکراتیک‌تر از تعیین ولایت فقیه در جمهوری اسلامی دانست.