نسخه‌های خطی هم از حیث تاریخی و هم از منظر علمی حائز اهمیت‌اند. در اهمیت و ارزش این منابع همین بس که همچنان راهگشای دانشمندان و پژوهشگران است و گاه نکته‌ای مذکور در این نسخ، کلید حل سؤالات ذهن بشر امروز. با وجود این، از میان تمامی نسخ خطی کتابت شده، قرآن‌های خطی بیش از دیگر منابع حائز اهمیت‌اند. این امر نه تنها از وجه قدسی بودن قرآن، که از منظر ارزش‌های هنری به کار بسته در نسخ نیز محسوب می‌شود. از منظر کارشناسان هنری، بیشترین هنر اسلامی در دوره‌های مختلف در قرآن‌های خطی به کار رفته از این نظر چه در خط و چه در تذهیب و چه در سایر هنرهای به کار بسته، می‌توان این آثار را سرآمد دیگر نسخ خطی در دوره‌های مختلف دانست. از سوی دیگر، قرآن‌های خطی عموماً به دستور شاهان و امیران کتابت می‌شده و علاوه بر تمام و کمال بودن از حیث هنری، از منظر تاریخی نیز ارزشمند و قابل بررسی‌‌اند.
گنجینه مخطوطات آستان قدس رضوی یکی از مهمترین مراکز نگهداری این منابع خطی است. گفته می‌شود که در این بخش از کتابخانه تعداد 22 هزار نسخه خطی قرآن کریم نگهداری می‌شود؛ از این رو گنجینه قرآن و نفایس موزه مرکزی آستان قدس نخستین و غنی‌ترین موزه قرآن جهان به شمار می‌آید. اما اهمیت این مرکز تنها به نگهداری تعداد نسخه‌های قرآنی نیست، بلکه به قدمت قرآن‌هایی است که از دوره ائمه اطهار(ع) در این مرکز نگهداری می‌شود.
محمدرضا فاضل هاشمی، رییس اداره مخطوطات کتابخانه آستان قدس رضوی، قدیمی‌ترین قرآن‌های خطی این مرکز را قرآن‌های منسوب به دستخط مبارک ائمه اطهار(ع) می‌داند.
به گفته او، این نسخ قرآنی از سوی ارادتمندان به آستان قدس رضوی وقف یا اهدا شده که 100 نسخه آن مربوط به قرن اول تا سوم قمری بر روی پوست آهو کتابت شده و منسوب به دستخط مبارک هشت تن از ائمه اطهار(ع) است. قرآن‌های منسوب به دستخط امام علی(ع)، امام حسن(ع)، امام حسین(ع)، امام سجاد(ع)، امام صادق(ع)، امام رضا(ع) و همچنین چهار نسخه دیگر از جزوات قرآنی منسوب به دیگر ائمه اطهار(ع) از شاخص‌ترین قرآن‌های این گنجینه است. عموم این قرآن‌ها در دوره صفویه به آستان قدس رضوی اهدا و یا وقف شده که در پشت برخی از این قرآن‌ها وقفنامه آنها به خط شیخ بهایی ذکر شده است.
از جمله قرآن‌های منسوب به ائمه اطهار(ع) قرآن‌های منسوب به امام موسی کاظم(ع) است. این قرآن نفیس خطی منسوب به دستخط مبارک آن حضرت به خط کوفی و روی پوست آهوست. در صفحه نخست این قرآن وقفنامه آن به خط و امضای شیخ بهایی در سال 1009 هجری قمری دیده می‌شود.
این قرآن دارای 83 برگ شش سطری و نوع مرکب استفاده شده در آن مشکی مایل به قهوه‌ای است. در این اثر معنوی بخشی از قرآن از آیه 252 سوره بقره تا آیه 89 آل عمران روی پوست آهو، با رقم به خط کوفی کتابت شده است. آغاز این قرآن با آیه «تِلْكَ الرُّسُلُ فَضَّلْنَا بَعْضَهُمْ عَلَى بَعْضٍ» و پایان آن با آیه «إِنَّ الَّذِینَ كَفَرُواْ بَعْدَ إِیمَانِهِمْ» است.
دو صفحه نخست و آخر این قرآن دارای دو لوح زرین با نقوش هندسی، اعراب به نقاط شنگرفی و سیلو، اعجام به خطوط نازک به سیاهی و شنگرف، سر سوره آل عمران به قلم زر و محرر، پایان هر 10 آیه شمسه زرین و داخل آن تعداد آیات است.
این قرآن دارای نقش و سجع مهر و تعدادی یادداشت‌های تاریخی و مهر متولیان وقت است. جلد این مصحف شریف دو رویه دارای جدول‌بندی زرکوب و برون جلد از تیماج ساغری روغنی زرکوب، دارای ترنج و سرترنج با نقش «خط مبارک امام مفترض الطاعه موسی بن جعفر علیه السلام» به رنگ سفیداب محرر در زمینه زر است.