آیت الله سید علی یثربی آثاری چون رساله سفینة النجاة، حاشیه بر عروةالوثقی، «ایقاظ النائمین و ایعاظ الجاهلین»، «رسالة فی تحقیق الغناء»، «حاشیه بر اشارات و شفای بوعلی سینا» دارد (تاریخ کاشان، سهیل ضرابی، ص287.)
این فقیه عالی قدر پس از یک عمر تلاش و خدمت خالصانه به اسلام، سرانجام در سحرگاه پنجم رجب المرجب 1379 قمری برابر با سیزدهم دی ماه 1338 شمسی براثر عارضه قلبی دعوت حق را لبیک گفت و به دیار باقی شتافت. انتشار خبر فقدان این عالم ربانی، حوزه های علمیه و خطه عالم پرور کاشان را در سوگ و ماتم فرو برد.(گلشن ابرار ج/6 علمای بزرگ شیعه)
روز پنجم رجب سال 38 شمسی، آیت الله بروجردی به مجلس درس آمدند و گفتند: انا لله و انا الیه راجعون، امروز باخبر شدم که آیت الله سید علی یثربی از دنیا رفتند. سپس حوزه علمیه را به مدت یک هفته تعطیل کردند و بعد به ما نصیحت کردند که آقایان! خوب درس بخوانید، امروز روحانیت از مایه دارد می‌خورد.(http://hawzahnews.com/detail/News/407476)
حجه الاسلام و المسلمین ناصریان، استاد حوزه، با اشاره به شخصیت علمی و اخلاقی ایشان گفت: ایشان شاگرد پرور بود و در قم و کاشان شاگردان زیادی داشت و هنگامی که در قم بودند همزمان با دروس فقهی اصولی درس اخلاق داشتند.
وی با اشاره به سطح بالای علمی ایشان که در حد مرجعیت بود اما به جهت وجود آیت الله بروجردی حاضر به مطرح شدن خود به عنوان مرجع تقلید نبود گفت: با این وجود مباحثاتی فروان در این باره با یکدیگر داشتند و در مواردی فتوای آیت الله بروجردی را نیز تغییر می‌داد.
حجه الاسلام والمسلمین ناصریان به عنوان نمونه به یکی از آنها اشاره کرد و گفت :آیت الله بروجردی بقای بر تقلید مجتهد اعلم که از دنیا رفته است را جایز نمی‌دانست و معتقد بود که پس از مرگ مجتهد اعلم باید به مجتهد زنده رجوع کرد حتّی اگر از میّت اعلم نباشد و این فتوای ایشان همان زمان در رساله عملیه و مکتوبات علمی و فقهی‌شان ثبت و انتشار یافته بود امّا در مباحثه‌ای که با آیت الله یثربی داشت نظرشان تغیر کرد.