مسجد جمکران تا دهه پنجاه شمسی، ساختمان کوچک و ساده‌ای داشت، اما پس از انقلاب اسلامی ایران نوسازی شد و بر فضای آن افزودند و تاسیسات و بناهای متعددی پیرامون آن ساخته شد. این مسجد هم‌اکنون با واحدهای گوناگونی مانند واحد مراسم و تبلیغات، روابط عمومی، کتابخانه، انتشارات و تحقیقات، ثبت کرامات، نذورات و هدایا، اداره می‌شود و سالانه پذیرای حدود پانزده میلیون زائر است.

این مسجد در گذشته به «‌مسجد قدمگاه‌» مشهور بوده و به سبب نزدیکی با روستای جمکران، به مسجد جمکران شهرت یافته است. همچنین به سبب انتساب به حضرت مهدی (عج)، «‌مسجد صاحب‌الزمان‌» نیز نامیده می‌شود.

جمکران در گذشته روستای مهمی بود و نام آن در کتاب تاریخ قم (قرن چهارم) بارها تکرار شده است. به گفته حسن بن محمد قمی جمکران اولین روستای قم بود که جم ملک آن را بنا کرد. او همچنین انتساب بنای جمکران را به حضرت سلیمان (ع) خلاف واقعیت ندانسته و ساخت محله‌ها و بناها و آتشکده‌هایی در این روستا را به شخصی به نام جلین پسر ماکین نسبت داده است. در متون عصر قاجار به مزارع و محصولات کشاورزی جمکران اشاره شده است.

بر اساس آن‌چه محدث نوری در جنه الماوی نقل کرده است، حسن بن مثله جمکرانی می‌گوید:  «شب سه شنبه، ۱۷ ماه مبارک رمضان سال ۳۹۳ه‍.ق جماعتی از مردم به در خانه من آمده و مرا از خواب بیدار کردند و گفتند: امام زمان شما را به حضور طلبیده است. آنها مرا به محلی که اکنون مسجد جمکران است آوردند، امام(عج) مرا با نام خودم صدا زد و فرمود:برو به حسن مسلم که در این زمین کشاورزی می‌کند بگو: این زمین شریفی است و حق تعالی آن را از زمین‌های دیگر برگزیده است و دیگر نباید در آن کشاورزی کند. عرض کردم: مولای من لازم است دلیل و نشانه‌ای داشته باشم و گرنه مردم حرف مرا قبول نمی‌کنند، حضرت فرمود: تو برو و آن رسالت را انجام بده، ما نشانه‌هایی برای آن قرار می‌دهیم و همچنین به سید ابوالحسن (یکی از علمای قم) بگو در این زمین مسجدی بنا نماید. بزی هم در گله جعفر کاشانی است، آنرا خریداری کن و بدین مکان آور و آن را بکش و بین بیماران انقاق کن، هر بیمار و مریضی که از گوشت آن بخورد، حق تعالی او را شفا می‌دهد. امام دستور نماز خاصی را نیز به من دادند.

 صبح هنگام به همان مکان شب گذشته رفتم و در آنجا زنجیرهایی را دیدیم که طبق فرموده امام حدود بنای مسجد را نشان می‌داد، سپس به قم نزد سید ابوالحسن رفتم و چون به در خانه او رسیدم، خادم او گفت: آیا تو از جمکران هستی؟ به او گفتم: بلی! خادم گفت: سید از سحر در انتظار توست.

سید مرا گرامی داشت و گفت:‌ ای حسن بن مثله من در خواب بودم که شخصی به من گفت:حسن بن مثله از جمکران نزد تو می‌آید، هر چه او گوید تصدیق کن و به قول او اعتماد نما. آنگاه من ماجرای شب گذشته را برای وی تعریف کردم. با هم به سمت جمکران حرکت کردیم، گله جعفر کاشانی را دیدیم، یک بز به طرف من دوید، جعفر سوگند یاد کرد که این بز در گله من نبوده و تاکنون آنرا ندیده است، به هر حال آن بز را به محل مسجد آورده و آن را ذبح کرده و هر بیماری که از گوشت آن تناول کرد شفا یافت. پس از این ماجرا سیدابوالحسن مسجدی با سقفی از چوب در آن مکان احداث کرد.

پس از تشکیل نخستین هیئت امنای مسجد در ۱۳۴۹ش، تحت نظارت سازمان اوقاف، توجه بیشتری به این مسجد شد. پس از پیروزی انقلاب اسلامی (۱۳۵۷ش)، شورای مدیریت حوزه علمیه قم اعضای هیئت امنا را معرفی کرد و اداره اوقاف نیز نظارت بر امور مسجد را برعهده گرفت.مسجد جمکران هم اکنون با واحدهای گوناگونی مانند واحد مراسم و تبلیغات، روابط عمومی، کتابخانه، انتشارات و تحقیقات، ثبت کرامات، نذور و هدایا، اداره می‌شود و سالانه پذیرای حدود پانزده میلیون زائر است.