آیتالله میرزا علی قاضی پس از سالها تدریس معارف بلند اسلامی و تربیت شاگردان الهی، در روز دوشنبه چهارم ماه ربیع المولود سال 1366 مطابق هفتم بهمن ماه 1325 در نجف اشرف وفات کرد و در وادی‌الاسلام نزد پدر خود دفن شد. مدت عمر شریف ایشان هشتاد و سه سال و دو ماه و بیست و یک روز بوده است.
مقام معظم رهبری در دیدار با اعضای مجلس خبرگان مورخ 93/6/13 درباره جایگاه آیتالله قاضی و قصیده‌ای که ایشان درباره برخی مراقبات برای دستیابی به سعادت دنیوی و اخروی سروده بود، چنین فرمودند: «مرحوم حاج میرزا على آقاى قاضى رضوان‌الله علیه در ورود ماه ذى‌القعده یک مکتوبى، نامه‌اى دارند به دوستانشان، به مریدانشان و شاگردانشان که در این کتابى که شرح حال ایشان است، درج شده است... یک قصیده‌ى خیلى شیوایى ایشان انشاء می‌کند که اول آن این است: «تنبه فقد وافتکم الاشهر الحرم». این قصیده را ایشان مفصل [گفته‌اند]؛ و توصیه‌هایى نسبت به شاگردانشان دارند.»
متن کامل نامه‌ی ایشان به همراه ترجمه‌ی اشعار عربی به نقل از جلد نخست کتاب «آیت‌الحق» که مورد اشاره‌ی رهبر انقلاب قرار گرفته بود از این قرار است:
بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
الحمدلله رب العالمین، والصلاة و السلام على الرسول المبین و وزیره الوصى الأمین، و ابنائهما الخلفاء الراشدین، و الذریة الطاهرین و الخلف الصالح و الماء المعین، صلى‌الله و سلم علیهم أجمعین.
تنبّه فَقَد وافَتکم الأشهرُ الحُرُم تیقّظ لکی تزدادَ فی الزاد و اغتنِم
ترجمه: بیدار باش که ماه‌هاى حرام فرا رسیده‌اند؛ شب‌زنده‌دارى کن تا بیشتر بهره‌مند شوى و فرصتها را غنیمت بدان
فَقُم فی لیالیها و صُم من نهارها لِشُکر إلهِ تمّ فی لطفه و عم
ترجمه: شبها بیدار شو و روزها روزه‌دارى کن، جهت سپاس از خدائى که نعمت و لطف او فراگیر بوده است.
وَ لا تهجعَنْ فی اللیلِ إلا أقله تَهجّد و کم صبّ من اللیل لم یَنم
ترجمه: فقط پاسى از شب را بخواب و بقیه را در خواب و بیدارى باش، چون
عاشقان (ایشان را روش خواب چنین بود که چندین بار تا صبح برمى‌خاستند و
نماز مى‌خواندند و بار آخر نمازهاى شفع و وتر و فریضه را انجام مى‌دادند)
و رتّل کتاب الحقّ و اقرأهُ ماکثا بأحسنِ صوت نورهُ یُشْرِقُ الظُّلَم
ترجمه: کتاب خدا را تلاوت و آن را با تأمل قرائت کن، با بهترین صداها که نور آن تاریکی‌ها را روشن مى‌کند
فلَم تَحظ بَل لم یَحظ قِط بِمثلِه و أخطأ مَن غَیر الذی قُلتُه زعَم
ترجمه: که نه تو و نه دیگران هرگز مانند آن را نخواهند یافت و هرکس غیر از این گوید در اشتباه است
و سلّم على أصلِ القُرآن و فَصلِه بقیةِ آلِ اللّهِ کن عَبدَهُ السّلم
ترجمه: بر قرآن و آنان که بدان عمل کرده و آن را تشریح کردند، این وابستگان به خدا، درود فرست و بنده‌ی خدا باش
فَمن دانَ للرَّحمنِ فی غیرِ حُبِّهِم فقد ضل فی إِنکاره أعظمَ النِّعَمْ
ترجمه: هرکس بخواهد بدون عشق ورزیدن به خاندان نبوت (علیهم‌السلام) به خدا
نزدیک شود حتماً گمراه شده است، به خاطر نادیده گرفتن بزرگترین نعمت
خداوند متعال
فَحُبُّهُم حُبُّ الإلهِ
استَعِذبه هُمُ
العُروةُ الوُثقى فَبِالعُروَةِ اعْتَصِمْ
ترجمه: عشق به ایشان عشق به خداست، پس به آنان پناه ببر که ایشان ریسمان مستحکم هستند
و لا تکُ باللاهی عَنِ القولِ و اعْتَبِر معانیهِ کی تَرقى إلى أرْفَع القِمَمْ
ترجمه: از قرآن غافل مباش و از معانى آن پند و درس بگیر تا به مکانهای رفیع برسى
علیکَ بذکرِ اللّه فی کل حالةٍ و لا تن فیه لا تَقُل کیفَ ذا و کم
ترجمه: همواره ذکر خداى گو، بدون حد و مرز، و هرگز تردید به خود راه مده
فهذا حِمى الرحمنِ فادْخُل مراعیا لِحُرُماتِهِ فیها و عَظَّمه وَ التَزِمْ
ترجمه: که آنها (ماه‌هاى) رحمت خداوندى‌اند، پس با حفظ حرمت و رعایت بر
آنها وارد شو و آنها را بزرگ شمار و خود را بر آنها متعهد دان
فَمَن
یَعْتَصِم باللّه یُهدَ
صِراطَه فإن قُلتَ
ربّی اللّه یا صاحِ فاسْتَقِمْ
ترجمه: هرکس به خداى متعال متوسل شود،
به راه راست خدا هدایت خواهد شد، دوست من! هرگاه الله را خداى خود نامیدى
دیگر استوار باش (و به راه خود ادامه بده)