زنادقه، دهریون، متکلمان معتزلی، اهل حدیث و متصوفه عمده ترین نحله های فکری عصر امام صادق(ع) بودند. آزادی همه اینها در دنیای اسلام برای بیان عقاید و افکار خویش، حتی در درون مسجدالحرام، از سویی، حکایت از بلوغ فکری مسلمانان و فرهنگ اسلامی برای تعامل با همه این اندیشه ها دارد و از سویی دیگر، قلمرو و وسعت چشمگیر تلاشها و وظایف امام صادق(ع) را در برابر این امواج گوناگون فکری نشان می دهد. امام صادق(ع) برای رویارویی توانمند و فعال و پرنشاط پیروان خویش با این افکار و تبدیل شرایط موجود به ابزاری جهت تعالی اندیشه و خرد شیعیان، به تشکیل حوزه درسی و مکتب آموزش خویش که در تاریخ اسلام به مکتب جعفری مشهور است، مبادرت ورزید. ایجاد شاخه های فکری و آموزشی مختلف و تربیت شاگردان توانمند و خلاق برای شرکت در مناظرات عدیده، محور اصلی تلاش امام صادق(ع) بود.[۱]

 با گسترش مکتب جعفری و شکل گیری شاگردان برجسته امام، نه تنها شیعیان از آسیب بحرانهای دیگر عقاید و افکار مصون ماندند، بلکه آموزه های امام صادق(ع) بنیان عقاید کلامی و فقهی شیعه را نیز پایه ریزی کرد و باعث شد تا به عکس همه فرقه های کوچک و بزرگ شیعی و غیرشیعی که بر اثر فقدان شالوده های مستحکم اعتقادی، رو به افول رفتند و یا در حصار انجماد اعتقادی گرفتار شدند، اندیشه ها و عقاید شیعی راه خود را به سوی نشاط و تعالی و تداوم بگشاید.[۲]

البته این جریانی بود که در زمان امام محمد باقر(ع) شروع شده بود و در زمان امام صادق(ع) ادامه یافت و به اوج خود رسید. امام باقر(ع) با شناخت کاملی که از اوضاع و شرایط زمان خود داشت، در جهت شناختن اساس فکری جامعه، نهضتی علمی، فقهی، فلسفی و کلامی بنیاد نهاد. تبیین نظریه امامت به شکل کامل آن و مبارزه با افکار توجیه‌گرای مرجئه و... سایر جنبشهای فکری انحرافی بخشی دیگر از اقدامهای امام باقر(ع) است. به هر حال به همین خاطر احادیث و روایتهایی که از این دو امام بزرگوار باقی مانده است در مقایسه با سایر امامان بسیار زیاد است و در واقع عصر طلایی صادقین(ع) نشان از کتابهای حدیثی بسیار زیاد این دوران و گره گشایی از مشکلات فقهی و ... شیعیان در دوره های بعد خصوصا دوران غیبت دارد.

امام صادق(ع) امامت را عنصر برجسته دعوتش قرار می دهد. امام با تبیین این مسأله خود را در مرحله ای از مبارزه می دید که باید به طور مستقیم و صریح حکام زمان را نفی و خویشتن را، به عنوان صاحب واقعی این مقام به مردم معرفی کند. در مواردی امام صادق(ع) علاوه بر اثبات آشکار امامت خویش از امامان راستین و پدران پاک خود نام می برد، سلسله امامت اهل بیت(ع) را به طور متصل مطرح و پیوند خود را با پیامبر(ص) بیان می کند. تبلیغ امام صادق(ع) در مراسم حج و در برابر نمایندگان همه مناطق مسلمان نشین، یک نمونه از معدود گزاره های تاریخی ثبت شده در این ارتباط است. راوی می گوید: دیدم امام صادق(ع) در میان انبوه مردم ایستاد، با صدایی بلند سه بار پیام خود را گفت. روی به سمت دیگر گرداند و سه بار همان سخن را تکرار کرد. پیامی که دوازده بار تکرار شد، چنین بود: ای مردم! امامت و پیشوایی امت بعد از رسول خدا(ص) به عهده علی بن ابیطالب بود و بعد از آن، حسن بن علی(ع) و ... (به ترتیب نام ۱۲ امام را برد.)[۳]

همچنین گفت‌وگوهای علمی امام صادق(ع) با رقبای سیاسی اموی و عباسی، آشکارا نشان می دهد که هدف او از تبلیغ امامت اثبات حق حکومت برای امامان معصوم(ع) و دعو به مبارزه برای بازگرفتن این حق و بیرون آوردن قدرت سیاسی از دست نااهلان شمرده می شود.

مدرسه علمی امام صادق(ع) به قدری قوی بود که حتی امامان فرقه های مختلف اهل سنت مانند ابوحنیفه (امام فرقه حنفی ها) و مالک بن انس (امام فرقه مالکی ها) از شاگردان ایشان بودند. همچنین بسیاری از علمای اهل سنت که در محضر ایشان تلمذ کرده اند جز راویان احادیث امام محسوب می شوند.

دانشگاه فقه جعفری در کنار مشخص کردن موارد تحریف دین در فقه رسمی که ناشی از مصلحت‌اندیشی‌های غیراسلامی فقیهان وابسته بود، ناتوانی دستگاه حاکم در اداره امور فکری مردم را به خوبی اثبات می کرد. امام صادق(ع) با گستردن بساط علمی و بیان معارف اسلامی به ویژه تفسیر قرآن به شیوه ای جز شیوه عالمان وابسته به حکومت، عملا به معارضه با دستگاه حاکم برخاسته بود. آن حضرت بدین وسیله تمام تشکیلات مذهبی و فقاهت رسمی را که ضلع مهم حکومت خلفا به شمار می آمد، تخطئه می کرد و وجهه مذهبی دستگاه حکومت را تضعیف می نمود.[۴]

بی تردید تهدیدها و سخت گیری های منصور عباسی در برابر فعالیتهای علمی امام(ع) که در برخی از روایات تاریخی به چشم می خورد و تأکید فراوان منصور عباسی بر گرد آوردن فقهای معروف حجاز و عراق در مرکز حکومت از همین احساس نیاز و خلأ نشأت می گرفت. محرومیت مردم از ملاقات با آن حضرت به خوبی مؤید این برداشت از فعالیت علمی امام است. یکی از راویان می گوید: حتی اگر درباره زناشویی، طلاق و مانند اینها نیز برای کسی مسأله ای پیش می آمد، نمی توانست به آسانی به نظر امام دست یابد.[۵]

شیعیان در عصر امام صادق(ع) از تشکیلات خوبی برخوردار بودند، به این معنا که از نوعی پیوستگی فکری و عملی برخوردار بودند. یاران حضرت حول محور ولایت در جهت باز یافتن حق اهل بیت(ع) و تشکیل نظام علوی و اسلامی می کوشیدند. فشار گسترده سیاسی بر اهل بیت(ع) و شیعیان در آن دوران، گویای این حقیقت است که یاران امام به منظور مصون ماندن از گزند حکام اموی و عباسی ناگزیر بودند به طو کامل تقیه منند و از کمترین بی احتیاطی بپرهیزند.[۶]

تأکیدهای مکرر امام صادق(ع) بر تقیه نشان دهنده فعال بودن تشکیلات سری یاران امام و تصمیم جدی حکومت بر سرکوب کردن حرکتهاست. این که امام گاه ترک تقیه را با ترک نماز مساوی اعلام می کنند، می واند بیانگر بسیاری از حوادث و دشواری های مبارزه ای باشد که تاریخ به دلایلی از ثبت آنها خودداری کرده است.[۷] برخی از روایتها نشان می دهد شدت فشار چنان بود که حتی شیعیان بدون اعتنا به یکدیگر از کنار هم می گذشتند.[۸] برخی از تاریخ نگاران درباره جاسوسان دستگاه عباسی چنین گفته اند: منصور عباسی در مدینه جاسوسانی داشت، آنها کسانی را که با شیعیان جعفر رفت و آمد داشتند، گردن می زدند، کیفر کمترین اتهام می توانست ۱۰۰۰ شلاق باشد، چنان که یکی از اطرافیان امام صادق(ع) زیر شلاق جان سپرد.[۹]

در روایات مربوط به زندگی ائمه تعبیرهای بسیار پرمعنایی مانند باب، وکیل، صاحب سرّ دیده می شود. تعبیرهایی چون در، واسطه، کارگزار و رازدار نمایشگر دستگاه پنهانی است که در پشت فعالیتهای ظاهری ائمه(ع) وجود داشته است. اینکه امام صادق(ع) چنان یاران خود را به کتمان راز سفارش می کند که در کتابهای روایی، فصلی با عنوان باب الکتمان پدید می آید، نشان می دهد این راز چنان مهم است که اگر آشکار شود شیعیان و خود امام با خطر بزرگی روبه روی می شوند. وقتی هرگونه ارتباط امام با افراد، زیر ذره بین مأموران حکومتی است، باید اسرار تشکیلاتی غیرمستقیم و به وسیله واسطه های میان امام و شیعیان مبادله شود، زیرا کشف هر رابطه ای سرنخی برای نفوذ به اعماق تشکیلات خواهد بود. انتقام سرسختانه حکومت از برخی از کسانی که این عنوانها را داشتند، روی برگرداندن امام از بعضی از شیعیان و حتی راندن برخی از علاقه مندان و مریدان و بزرگان و شاگردان سابق و سرزنش کردن آنان مؤید این تدبیر معقولانه امام و وجود نوعی تاکتیک تشکیلاتی است.[۱۰]