ساده زیستی‌اش تا آنجا بود که یکی از شاگردانش نقل می‌کند: «گاهی که با او از محلی عبور می‌کردیم، اگر مکانی مناسبی همچون سایه یک دیوار یافت می‌شد، می‌فرمود: همین جا قدری بنشینیم و استراحت کنیم. عرض می‌کردم: آقا اینجا مناسب شأن شما نیست، مردم عادی در رفت و آمدند. می‌فرمود: این حرف‌ها چیست؟! همین جا خوب است. اگر ما بخواهیم این مسائل را مراعات کنیم و این گونه ملاحظات داشته باشیم، اگر چیزی هم داشته باشیم، از ما می‌گیرند.»
در حقیقت تلاش استادانی مانند حضرات آیات شیخ عبدالکریم حائری یزدی، سید صدرالدین صدر، سید محمدتقی خوانساری، سید ابوالحسن اصفهانی، میرزای نائینی، آخوند ملاعلی همدانی، آخوند میرزا محمد همدانی، آقا میرزا علی ادیب، شیخ محمدتقی بافقی و شیخ ابوالقاسم قمی (کبیر) در قم و نجف موجب شد تا این شخصیت برجسته حوزه علمیه قم رشد یابد، در سن 25 سالگی به اجتهاد برسد و خود موجب پرورش بزرگانی مانند حضرات آیات و حجج اسلام مطهری، فاضل لنکرانی، سید مصطفی خمینی، مشکینی، امجد، فاطمی نیا، حیدری کاشانی، احمدی یزدی، معزّی و حسینی کاشانی شود.
آیت‌الله بهاءالدینی در مدارس و مکان‌های مختلف تدریس داشت و از یک ساعت قبل از اذان صبح مشغول بود، سپس نماز صبح را می‌خواند و تا شب، مشغول درس و بحث می‌شد. بسیاری از بزرگان امروز از شاگردان او هستند. وی به تفکر زیاد، بیشتر از نقل اقوال و بحث در اقوال اهمیت می‌داد. باید گفت ایشان بیشتر اهل تفکر بود و به شاگردان خود بینش می‌داد.
معظم‌له در پرورش شاگردان خود، به گونه‌ای تدریس می‌کرد و آنان را پرورش می‌داد که حداکثر در یک تا دو سال، مباحث اصلی فقه، دستگیرشان می‌شد و همین امر آنان را به مرحله اجتهاد می‌رساند. به بیان دیگر ایشان تلاش داشت تا شاگردان به مباحث اصلی بپردازند و از پرداختن در فروعات و هدر دادن زمان، بپرهیزند.
وی البته از بدو تولد در قم، در دامان پدری پرهیزکار بود که ارتباطی مستمر با قرآن داشت و روزی تا 15 جزء تلاوت می‌کرد و به علت این انس زیاد، آیات را می‌شناخت و به «کشف الآیات علما»، شهرت یافته بود.
او تا آنجا به امام خمینی ارادت داشت که می‌فرمود: حاج آقا روح الله فقط به درد مرجعیت نمی‌خورد، بلکه به درد هر کاری می‌خورد ... بعد از انبیاء و اولیاء، کره زمین شخصیتی مثل امام ندیده بود.
علاقه ایشان به حضرت امام تا جایی بود که وقتی در سال 1342، یکی از درس‌های سطح عالی ایشان با کلاس حضرت امام، همزمان شد، وی برای احترام و تقویت کلاس امام، درس خود را تعطیل فرمود.
این عارف کامل همچنین در فاصله سال‌های 1361 تا 1367 می‌فرمود بعد از امام اگر بشود به کسی اعتماد کرد، به این سید است ... ایشان از همه افراد به امام نزدیک‌تر است ... کسی که ما به او امیدواریم، آقای خامنه‌ای است ... باید به او کمک کرد تا تنها نباشد.
و حضرت آقا هم در سفرهای متعدد به قم، به محضر آیت‌الله بهاءالدینی شرفیاب می‌شدند و حتی در یکی از سفرها، از زیارت صبح زود مسجد جمکران، به منزل ایشان رفتند و صبحانه را با آیت الله بهاءالدینی میل کردند.
جذبه این مرد الهی، رفتار و اخلاق عملی او بود. او در سال‌های دفاع مقدس، با وجود بیماری و کهولت سن، بارها در مناطق عملیاتی دفاع مقدس حضور یافت و موجب تقویت روحیه رزمندگان اسلامی می‌شد.
نقل است که روزی فردی در محضرش، از ایشان خواست تا دعا کنند تا او آدم شود! آیت الله بهاءالدینی اما با شیرین زبانی خاصی فرمود: با دعا کسی آدم نمی‌شود!
ایشان همچنین درجواب سئوال مشابهی درباره چگونگی آدم شدن، باز هم لبخند ملیحی زد و فرمود: چه امر مشکل و مهمی! ما که هنوز به آن نرسیده‌ایم! کار ساده‌ای نیست.
همچنین سیره مهم زندگی این عارف برجسته، توجه به عموم مردم و حتی مردم عادی در حیات و ممات بود. حکایت است که ایشان هرگاه به قبرستان می‌رفت، ابتدا برای دقایقی در کنار در ورودی قبرستان توقف می‌کرد و فاتحه‌ای نثار می‌فرمود؛ اما روزی ایشان به سرعت وارد قبرستان شد و در کنار یکی از قبرها نشست. وقتی دلیل را از ایشان جویا شدند، فرمود: «صاحب قبر در عذاب سختی بود. گفتم شاید نشست ما موجب شود که تخفیفی برای او حاصل شود که البته بی‌تاثیر هم نبود.»
همچنین ثبت است که اواخر عمر شریفش، بر اثر بیماری در بیمارستان بستری شد و وقتی از مجاری تنفسی ایشان عکس گرفتند، مشخص شد که مجاری تنفسی معظم له، سالم و طبیعی و بدون عارضه است.
از دیگر کرامات این عالم عامل، می‌توان به این مورد اشاره کرد:
«حکایت است که روزی در باغی پیاده روی می‌کردند که گوشه عمامه‌شان به شاخه درختی گیر می‌کند و موجب تحریک زنبورها از داخل کندوی عسل می‌شود. در آن روز، 19 نیش زنبور بر سر و صورت ایشان نقش می‌بندد که شدتش به حدی بوده که موجب ضعف عمومی بدن ایشان می‌شود و به سه روز تعطیلی درس می‌انجامد.»
ایشان چندی بعد درباره این حادثه به ظاهر ناگوار فرمود: «حادثه آن روز خوب بود و برای ما خیر عظیمی داشت. خدا چنین خواست تا بیماری سختی که داشتیم، به وسیله نیش زنبورها درمان شود.»
روزی نیز در محضرش سخن از شعر و شاعری شد، فرمود: «بنده اشعار زیادی درباره اهل بیت علیهم السلام و به‌ویژه شخصیت امیرالمومنین (ع) شنیده‌ام؛ ولی برای بنده هیچ شعری به اندازه شعر شهریار جذابیت نداشته است. به همین دلیل برایش دعا کردم و دیدم که برزخ را از او برداشتند.»
همچنین مدتی در قنوت نمازش تنها دعای «اللهم کُن لولیک ... » را می‌خواند. وقتی علت را پرسیدند، فرمود: حضرت پیغام دادند در قنوت برای من دعا کنید.
این فقیه اخلاقی و سالک الی الله سرانجام در مانند چنین روزی و پس از نزدیک به 9 دهه عمر ب اعزت و در کمال ساده زیستی، به ملکوت اعلی پیوست و در مسجد بالاسر حرم مطهر حضرت فاطمه معصومه (س) و در جوار مرقد مطهر تعدادی از استادان و شاگردانش به خاک سپرده شد.
پس از ارتحال ایشان، رهبر انقلاب پیام تسلیتی به این شرح صادر فرمودند:
بسم الله الرحمن الرحیم
با تاسف و اندوه خبر یافتیم که عالم ربّانى و فقیه عارف و پارسا حضرت آیتاللّه حاج آقا رضا بهاءالدینى قدّس الله روحه دار فانى را وداع گفته و به جوار رحمت حق پیوسته است. براى حوزه علمیه قم و روحانیت معظم اسلام، این ضایعه‌ای بىجبران و فقدانى دردناک است. این عالم بزرگ از جمله نوادرى بود که همواره در حوزههاى علمیه همچون ستاره درخشان معنویت و عرفان، راهنماى خواص و مایه دلگرمى و امید برجستگان‌اند.
مقام رفیع اخلاقى و معنوى آن بزرگمرد، موجب آن بود که هر کلمه و اشاره او چون برقى در چشم ارادتمندانش بدرخشد و دریچهاى به عوالم معنا بگشاید. مجلس او همواره معراج روح مستعدّ فضلاى جوانى بود که مىخواستند علم دین را با صفاى عطرآگین عرفان دینى توأم سازند. معلّم اخلاق و سالک إلى اللّه بود و صحبت نورانى و کلام رازگشاى او، دل مستعد را در یاد خدا مستغرق مىکرد.
پیر مراد جوانان پاکباز جبهه و جنگ در دوران دفاع مقدس و شمع محفل بسیجیانِ عاشق بود و بارها صفوف مقدم جبههها را با حضور خود نورانیت مضاعف بخشید.
این عالم کهنسال و مراد و مقبولِ فضلاء و علماء، عمر با برکت و پرفیض خود را در بهشتى از پارسایى و زندگى زاهدانه، در کنج محقّر خانهاى که ده‌ها سال شاهد غناى معنوى صاحبش بود به سر آورد و بى اعتنایى حقیقى به زخارف ناپایدار دنیوى را که سیره همه صاحبدلان برجسته حوزه هاى علمیه است، درس ماندگار خود ساخت.
همانطور که حیات مبارک آن اسوه پارسایى و تقوا، در حوزه علمیه قم برجسته و محسوس بود، ضایعه وفات ایشان نیز در آن حوزه عظیمالشّأن بسى بزرگ و سنگین است.
اینجانب این مصیبت دردناک را به حضرت بقیت اللّه الاعظم أرواحنا فداه و به همه اعاظم و اعلام حوزههاى علمیه و نیز به فضلاى جوان و طلّاب پاکنهاد و همه دل‌هاى سرشار از شور و شوق معنویت و حضور، و نیز به خاندان معظم و فرزندان مکرّم و دیگر بازماندگان ایشان تسلیت مىگویم و علو مقام روح مطهر آن عبد صالح را در درجات قرب، از حضرت حق متعال مسألت مىنمایم.
سید علی خامنه ای
28 تیر ماه 1376.