فرزندان رسول خدا(ص) ـ به جز ابراهیم که مادرش ماریه قبطیه بود ـ همگی از حضرت خدیجه متولد شدند و تمام مورخان و راویان به جز مواردی نادر بر آن اتفاق نظر دارند.
عقیق: برادران و خواهران حضرت فاطمه(س) عبارت بودند از: قاسم، عبدالله، طیب، طاهر، زینب، رقیه، ام‌کلثوم و ابراهیم، بنا بر نقل‌های دیگر، طیب و طاهر لقب‌های عبدالله بوده است. مقدسی از برادر دیگری به نام عبدمناف نیز سخن گفته است. در برخی نقل‌های ضعیف از دو برادر دیگر به نام‌های مطیب و مطهر سخن گفته شده است که به این ترتیب، تعداد خواهران و برادران حضرت فاطمه(س) به یازده تن می‌رسد.
فرزندان رسول خدا(ص) ـ به جز ابراهیم که مادرش ماریه قبطیه بود ـ همگی از مادر حضرت فاطمه(س)، حضرت خدیجه، متولد شدند و تمام مورخان و راویان به جز مواردی نادر بر آن اتفاق نظر دارند، درباره مدت عمر برادران حضرت زهرا(س) به جز ابراهیم اتفاق‌نظر نیست، ولی در اینکه همگی آنان هنگام مرگ کودک بوده‌اند، اختلافی وجود ندارد.
تعداد برادران، علاوه بر ابراهیم به اختلاف سه، چهار، پنج و هفت تن ذکر شده است، بیش‌تر به این سبب که برخی از آنان بیش از یک نام و نیز القابی داشته‌اند. درباره خواهران آن حضرت(س) نیز اختلاف‌نظر وجود دارد که سه تن از آنان، به نام‌های زینب، رقیه و ام‌کلثوم، دختران پیامبر(ص) و خواهر حضرت فاطمه(س) بودند یا ربیبه‌های پیامبر(ص). ازدواج دو تن از آنان با عثمان بر این تردید افزوده است، زیرا منقبتی را برای عثمان ثابت می‌کند.
-قاسم: بیش‌تر مورخان، قاسم را بزرگ‌ترین برادر حضرت فاطمه(س) می‌دانند، زیرا کنیه پیامبر(ص) (ابوالقاسم) برگرفته از نام اوست و همه منابعی که به شمارش فرزندان رسول خدا(ص) پرداخته‌اند، از قاسم شروع کرده‌اند. قاسم اولین فرزند پیامبر(ص) بود که درگذشت. آن حضرت(ص) از مرگ قاسم بسیار اندوهگین شد، تا حدی که در تشییع‌جنازه او در حالی که به کوهی از کوه‌های مکه می‌نگریست، گفت: «ای کوه! اگر آنچه به من رسید، به تو می‌رسید، تو را خُرد می‌کرد».
درباره سن قاسم هنگام وفات، میان دو و چهار سال اختلاف نظر وجود دارد. بنا بر خبری دیگر، قاسم پس از بعثت (در مکه) درگذشته است. قاسم، فرزند رسول‌الله(ص)، به سنی رسیده بود که می‌توانست بر چهارپا سوار شود و با شتر به سفر برود و پس از آنکه درگذشت، گفته شد که محمد(ص) از جانب فرزندش ابتر گردید و آنگاه خداوند سوره کوثر را نازل کرد. همچنین گفته شده است که قاسم پیش از بعثت، در مکه به دنیا آمد و در کودکی پس از آنکه به سن تمییز رسید، درگذشت؛ زنده بود تا راه افتاد، ولی از شیر گرفته نشده بود. البته با توجه به اینکه قاسم اولین فرزند پیامبر(ص) بوده و پیامبر(ص) پانزده سال پیش از بعثت ازدواج کرده است، درباره مرگ او در کودکی شکی باقی نمی‌ماند. در روایتی که علامه مجلسی از ابن‌عباس نقل کرده، آمده است که اولین فرزند حضرت محمد(ص)، در مکه پیش از نبوت، قاسم بود که به وسیله نام او، پیامبر(ص) کنیه گرفت. پس از او زینب، سپس رقیه، بعد فاطمه و سپس ام‌کلثوم متولد شدند. قاسم در کودکی از دنیا رفت و سن او را مختلف نوشته‌اند.
-عبدالله: به گفته ابن‌سعید، عبدالله دومین فرزند پیامبر(ص) بود. وی در مکه درگذشت و چون پس از بعثت به دنیا آمده بود، طیب و طاهر خوانده شد و پس از مرگ او بود که عاص‌بن‌وائل، پیامبر(ص) را ابتر خواند. ابن هشام از عبدالله نام نبرده است و بیهقی نیز روایاتی را نقل کرده است که وجود پسرانی غیر از قاسم، طاهر و طیب را چندان تأیید نکرده‌اند؛ هر چند از نظر برخی محققان، طیب و طاهر لقب عبدالله است.
-طیب و طاهر: ابن سعد، ابن عبدالبر و ابن شهرآشوب، طیب و طاهر را همان عبدالله دانسته‌اند، اما بنا بر نقل بیهقی از ابن اسحاق، پیامبر(ص) علاوه بر قاسم، دو پسر دیگر به نام‌های طاهر و طیب داشته است. ابن‌اثیر جزری نیز طیب و طاهر را دو پسر پیامبر(ص)، علاوه بر قاسم و عبدالله معرفی کرده است. مقدسی از قول واقدی نقل کرده که کسی وجود طیب را اثبات نکرده است و اصحاب می‌گویند که او همان طاهر است.
-عبدمناف: مقدسی در روایتی آورده است که خدیجه(س) در دوره جاهلیت پسری به نام عبدمناف و پس از اسلام دو پسر به نام‌های قاسم و عبدالله برای پیامبر(ص) به دنیا آورد که در کودکی درگذشتند. قسطلانی نیز از پسری به نام عبدمناف سخن گفته که پیش از اسلام به دنیا آمده است و تمام فرزندان پیامبر(ص) به‌جز او پس از بعثت زاده شده‌اند، وی وجود این پسر و همچنین دو پسر دیگر به‌نام‌های مطیب و مطهر را که با طیب و طاهر دوقلو بوده‌اند، ضعیف شمرده است.
-ابراهیم: ابراهیم تنها برادر ناتنی حضرت زهرا(س) و تنها فرزند رسول خدا(ص) بود که از مادری به جز خدیجه(س) به دنیا آمد. درباره وجود ابراهیم و نام او اختلافی نیست، زیرا در مدینه متولد شد و در آن زمان، نظر همه متوجه جزئیات زندگی پیامبر(ص) بود. مادر ابراهیم، ماریه قبطیه بود که در ذی‌الحجه سال هشتم هجرت او را به دنیا آورد. ماریه دختر شمعون را پادشاه مصر به پیامبر(ص) هدیه کرد. ابراهیم در سال دهم هجرت در یک سال و ده ماهگی از دنیا رفت. گفته شده که پیامبر(ص) در غم از دست دادن او بسیار محزون شد و او را در بقیع دفن کرد.
-زینب: زینب همسر ابوالعاص، بزرگ‌ترین خواهر حضرت فاطمه(س) بود. قریش برای اینکه پیامبر(ص) را تحت فشار قرار دهند، از ابوالعاص خواستند زینب را طلاق دهد و در عوض، هر زنی را که بخواهد به او می‌دهند، اما ابوالعاص حاضر نشد او را طلاق دهد. در برخی اخبار، زینب، ربیبه پیامبر(ص) شمرده شده است، نه دختر او. طبق خبری از ابن هشام، خدیجه(س) دختری به نام زینب از شوهر قبلی‌اش ابوهاله داشته است. ابن شهر آشوب از کتاب‌های پیشینیان نقل کرده است که زینب و رقیه ربیبه‌های پیامبر(ص) بودند، نه دختران آن حضرت(ص). اگر برخلاف رأی مشهور، ازدواج خدیجه(س) را با پیامبر(ص)، سه یا ده سال پیش از بعثت بدانیم، نمی‌توانیم بپذیریم که زینب و رقیه، فرزندان ایشان بوده و پیش از بعثت ازدواج کرده بودند.
زینب از ابوالعاص پسری به نام علی و دختری به نام امامه به دنیا آورد. علی در کودکی درگذشت. علی بن ابیطالب(ع)، پس از رحلت فاطمه(س)، امامه را به همسری گرفت. سبب مرگ زینب این بود که هنگام خروج از مکه به سمت مدینه، هبار بن اسود و شخص دیگری از کفار، به هودج او حمله کردند و باعث سقط جنین او شدند. وی بیمار شد و پس از آمدن به مدینه هم بهبود نیافت تا اینکه در سال هشتم هجرت درگذشت.
-رقیه: به نوشته ابن سعد، رقیه دختر پیامبر(ص) پیش از بعثت حضرت محمد(ص) نامزد عتبه، پسر ابولهب بود و چون حضرت محمد(ص) مبعوث گشت و سوره مسد(تبت) نازل شد، ابولهب پسر خود را وادار به ترک رقیه کرد. عتبه نیز بدون اینکه با رقیه نزدیکی کرده باشد، او را طلاق داد. رقیه پس از بعثت، همراه با مادرش اسلام آورد و همسر عثمان شد. ابن عبدالبر، رقیه را کوچک‌ترین دختر پیامبر(ص) دانسته است که در زمان عزیمت پیامبر(ص) به بدر، در مدینه در بستر بیماری بود و همان روزی که زید بن حارثه خبر پیروزی مسلمانان در جنگ بدر به مدینه آورد، از دنیا رفت.
برخی در انتساب رقیه و زینب به خدیجه(س) و پیامبر(ص) به دلیل قبح ازدواج دختران پیامبر(ص) با ابوالعاص و عتبه‌بن‌ابولهب تردید کرده و آنان را خواهرزاده‌های حضرت خدیجه(س) پنداشته‌اند، اما مورخان و راویان فراوانی متفق‌اند که زینب و رقیه فرزندان خدیجه(س) از پیامبر(ص) بوده‌اند. در میان معاصران نیز برخی بر آن‌اند که همسر عثمان، دختر پیامبر(ص) نبوده و آن حضرت(ص) فقط او را بزرگ کرده و رقیه همسر عثمان غیر از رقیه‌ای است که ادعا می‌شود دختر پیامبر(ص) بوده و پس از بعثت متولد شده است. در فرهنگ عرب اگر کسی دختری را بزرگ می‌کرد، او را دختر آن فرد می‌نامیدند.
-ام‌کلثوم: ام‌کلثوم نیز خواهر دیگر حضرت فاطمه(س) بود، عتیبه بن ابی‌لهب پیش از بعثت ام‌کلثوم را در عقد خود داشت که به اصرار ابولهب او را طلاق داد. ام‌کلثوم همواره در مکه و همراه پدر بزرگوارش بود و پس از مسلمان شدن مادرش، خدیجه(س) او هم مسلمان شد. هنگامی‌که رسول خدا(ص) از زنان بیعت می‌گرفت، او و خواهرش نیز بیعت کردند و هنگام هجرت به مدینه، ام‌کلثوم نیز به مدینه هجرت کرد. گفته شده است که ام‌کلثوم پس از فوت رقیه، خواهرش، به عقد عثمان درآمد. او در جمادی‌الآخر سال سوم هجرت به خانه عثمان رفت و همسر او بود تا آنکه در شعبان سال نهم هجرت، بدون اینکه فرزندی برای عثمان بیاورد، از دنیا رفت.