روایت شده است بعد از پایان جنگ «طف» در  سرزمین کربلا، یزید می خواست تا خبر شهادت امام حسین(علیه السلام) را بدهد و به ابن زیاد دستور داد تا سر مبارک ایشان و اسرا را به شام ببرد. کاروان ابن زیاد به همراه اسرای واقعه طف به سمت شام حرکت کرد و در امتداد رود فرات از سرزمین  کوفه و موصل عبور کردند و به حلب رسیدند و سر مبارک امام حسین(علیه السلام) را بر روی صخره ای در کوه جوشن قرار دادند و مدتی را آنجا توقف کردند که قطره ای از خون مبارک ایشان بر روی صخره سنگی ریخت و این قطره خون مورد توجه مسلمانان قرار گرفت و پس از آن، از سنگ محافظت کردند.

مورخان آورده اند که مشهد النقطه را برای نخستین بار «امیر ابوالحسن علی سیف الدوله حمدانی» در سال 351 هجری قمری هنگام فتح حلب و شام ساخته است. مقامی برای این صخره ساختند و برای آن گنبد درست کردند. سال 585 هجری قمری «ملک صالح بن نورالدین» به این مکان توجه نشان داد و مسجدی را اطراف آن بنا کرد و در زمان «ملک عزیز بن ظاهر غازی» حرمی در کنار مسجد ساخت، ولی پیش از اتمام کار  مغول به حلب حمله کرد و به این مکان وارد شد و دست به غارت زدند و این بنا را تخریب کردند.

سال 660 هجری قمری «ملک ظاهر» دست به مرمت و تجدید بنا این ساختمان زد و فعالیت های دینی، فرهنگی و اجتماعی در آن از سر گرفته شد و در اواخر قرن دهم بار دیگر این مکان مورد مرمت قرار گرفت.

هنگامی که سال 1332 هجری قمری جنگ جهانی صورت گرفت، عثمانی ها از این مسجد به عنوان ذخایر جنگی استفاده کردند و این امر تا اواخر سال 1337 هجری قمری ادامه داشت و پس از آن انگلیسی ها از حلب خارج شدند و فرانسوی ها به حلب آمدند و گروهی از مردم به مسجد ریختند و ذخایر و اسلحه ها را که عثمانی ها جا گذاشته بودند، غارت کردند و در این حین دینامیتی منفجر شد و اصل مسجد مشهد النقطه تخریب شد و قسمتی از آن باقی ماند.

این مکان تا سال 1379 هجری قمری به همان شکل باقی ماند، تا این که یکی از مراجع عالی شیعه مرمت مسجد را بر عهده گرفت و یک جمعیت اسلامی مرمت مسجد را بر عهده گرفت و مسجد به شکل اول خود پیش از انفجار بازگشت.

این مسجد دارای عمارتی بزرگ است که ایوان، مصلی مسقف و محراب دارد و دو ستون مرمری نیز دارد. این مسجد همچنین سه گنبد دارد.

منبع:شبستان