نظریه علم دینی آیت‌الله جوادی‌آملی توسط برخی از اندیشمندان حوزه فلسفه و کلام جدید مورد نقد و بررسی قرار گرفته است.
عقیق: در دو شماره از فصلنامه انتقادی - نظری در حوزه علم انسانی با عنوان «کتاب نقد» دیدگاه‌های آیت‌الله جوادی‌آملی درباره علم دینی مورد بررسی و نقد قرار گرفته است. جوادی‌آملی در تعریفی از علم دینی گفته است:«علمی در عالم وجود ندارد، مگر اینکه دینی است.(وقتی) روشن شد که در خارج هیچ نیست، مگر خدا و اسمای او، خدا و اوصاف او، خدا و افعال او و اقوال او، خدا و احکام او و سرانجام خدا و آثار او، می‌گوییم علم اسلامی:«ان الدین عند الله الاسلام». آن روز که می‌گفتیم جمهوری اسلامی، مقوم سخن ما این بود: جمهوری اسلامی، نه شرقی، نه غربی. ... اما اکنون می‌گوییم: علم اسلامی، چه شرقی و چه غربی. ... اگر علم است اسلامی است و اگر علم نیست، که نیست». وی در ادامه گفته است:« اگر کسی دریافت که چگونه می‌توان عمق دریا را شکافت، این علم دینی است، خواه عالم کافر باشد، خواه شرقی باشد و خواه غربی. ... این علم، دینی خواهد بود، برای اینکه معلوم، فعل خداست ...». این مرجع تقلید بیان کرده است:« علم اگر علم است، روشمندانه بوده و به واقعیت رسیده است، یعنی فعل خدا را شناخته است. این علم اگر علم است، اسلامی است، چه شرقی و چه غربی و دیگر نباید هراس داشته و گفته شود چون این علم تولید ما نیست پس اسلامی نیست...». وی در ادامه توضیحات خود پیرامون علم دینی افزوده است: « تمام اشکال در این است که انسان را جانوری گویا و حیوانی حرف زننده می‌دانند. تمام اشکال ما از این به بعد است، این نیازمند توضیح است: همه افرادی که دارای کد ملی هستند، به عنوان انسان، سرشماری می‌شوند، اما قرآن کریم آنها را مورد بررسی قرار داده و می‌گوید: برخی زنده و برخی مرده‌اند، برخی انسان و بعضی دیگر حیوانند گروهی خوابند و گروهی بیدار، افرادی مریضند و عده‌ای سالم و برخی دیوانه‌اند و جماعتی عاقل. ... اساس کار این است که تصور می‌شود انسان که می‌میرد، به پایان راه می‌رسد. تفکر غالب هفت میلیارد بشر این است که مرگ پایان راه است و انسان با مردن پوسیده و تمام می‌شود، اما انبیا حرف تازه‌ای که آوردند و مخصوص آنهاست و غیر از آنها کسی چنین سخنانی را بیان نکرده است ... چنین سخنی، تازه و مختص انبیاست و دیدگاه بسیاری از دانشمندان به هیچ وجه با آن مطابق نیست، به رغم این: علم اسلامی نه شرقی و نه غربی است». وی با بیان اینکه «منبع، مبنا و کارآمدی، سه ضلع مهم تولید علم هستند» بر این عقیده است:«دست غرب و غرب گرایان از نظر علمی کوتاه است. آنان در حقوق بشر یا در قوانین خود حرف‌های علمی ندارند. برای نگارش اخلاق و قانون و یا تدوین حقوق، باید این سه ضلع را مد نظر قرار داد، یعنی کارآ و کارآمد بوده و دارای منبع باشد و ضلع سوم اینکه برخوردار از موادی باشد قابل فهم و عمل، که این ضلع سوم از ضلع دوم گرفته می‌شود. مواد یاد شده نیازمند یک مبناست. آن مواد را از مبانی می‌گیرند و این مبانی باید منبعی داشته باشد. رساله‌های عملیه ما این سه ضلع را دارد، یعنی یک سلسله علوم فقهی است که از مبانی گرفته شده است. ...» آیت‌الله جوادی‌آملی با اعتقاد به اینکه «علم غیر دینی محال است و علم غیر دینی هم نداریم» خاطرنشان کرده است:« الآن ما ادعاهای سنگینی داریم، می‌گوییم علم غیر دینی محال است ( مثل دو دو تا پنج تا) و علم غیر دین هم نداریم- مثل دو دو تا چهار تا- این نیازمند نقد و اعتراض است، بین عالم و علم متفاوت است، بین موضوع و محمول فرق است، موضوعات تعیین کننده و صبغه دینی هستند. مدت‌ها به این فکر بودند که تمایز علوم به تمایز موضوعات نیست، به تمایز اغراض است ...». در ادامه سلسه مقالاتی که در «کتاب نقد» آمده است، در شماره 69 نوشته‌هایی با عنوان «چیستی، معنا و مسیر تحقق علم دینی از نگاه آیت‌الله جوادی آملی»، «دینی انگاری همه گزاره‌های علمی، آری یا نه؟»، و در شماره‌های 70 و 71 مقالاتی چون «علم دینی از منظر حضرت آیت‌الله جوادی‌آملی»، « فرآیند علم دینی از نظرگاه آیت الله جوادی‌آملی»، «ارزیابی راهکارهای سه گانه تولید علم دین از دیدگاه آیت الله جوادی‌آملی»، «ملاحظاتی انتقادی بر مبانی نظری علم دینی از منظر علامه جوادی‌آملی»، «سنجش معیار علم دینی» و همچنین گفت‌وگوها و گزارش‌هایی از نشست‌های مرتبط با تبیین و نقد نظریه علم دینی آمده است. «کتاب نقد» فصلنامه انتقادی - نظری در حوزه علوم انسانی است که توسط پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی و با مدیر مسئولی آیت‌الله علی‌اکبر رشاد منتشر می‌شود.