مرحوم آیت‌الله مهدوی کنی عصر روز ۱۴ خرداد ۹۳ پس از شرکت در مراسم سالگرد ارتحال امام خمینی(ره) دچار عارضه قلبی و در بیمارستان بستری شدند، اما تلاش پزشکان در مدت قریب به ۵ ماه مؤثر واقع نشد و روح مطهر آیت الله مهدوی کنی در روز سه شنبه ۲۹ مهرماه ۹۳ و در آستانه ماه محرم به ملکوت اعلی پیوست. همچنین مراسمی در روز سه شنبه ۱۴ مهرماه در مسجد اعظم قم به همین مناسبت برگزار می شود.