کندی گوید: احمد ابن طولن در ۲۵۹ ق دستور داد تا مسجد جامعی بسازند و نیز می‌گوید در ۲۶۴ ق ساختمان آن آغاز و در ۲۶۶ ق پایان گرفت، اما به گفته کرسول ساختمان آن در ۲۶۵ ق پایان یافته است و وجود کتیبه‌ای بر یکی از جرزهای سمت قبله مسجد تاریخ برپایی بنا در رمضان ۲۶۵ است و وجود کتیبه‌ای بر یکی از جرزهای سمت قبله مسجد که حاوی تاریخ بر پایی بنا در رمضان ۲۶۵ است، این مطلب را تاکید می‌کند.
مسجد ابن طولون پس از مسجد عمرو در فسطاط، قدیمی‌ترین و سالم‌ترین مسجد باقیمانده در مصر است. این مسجد یکی از نمونه‌های نادری است که معماری اروپا را تحت تأثیر خود قرار داده است.
مقریزی از مشاهیر مورخین عرب نقل می‌کند: ابن طولون در خصوص ساخت مسجدی نظر خواست که اگر تمامی مصر در آتش بسوزد در برابر آن تاب بیاورد و اگر تمامی مصر در سیلاب غوطه‌ور شود این مسجد همچنان بر جای بماند. به او پیشنهاد کردند که آن را از آجر سرخ، گچ و خاکستر بسازد و هیچ ستون مرمری در ساخت آن به کار نبرد که در برابر آتش مقاومت چندانی ندارند؛ او نیز چنین کرد.
در دو مسجد (مسجد متوکل سامراء و ابن طولون) به منظور برپا ساختن سقف، از جرزهای آجری به جای ستون‌های مرمری استفاده شده است. مواد به کار رفته در ساخت هر دو مسجد مشترک است (آجر و گچ) و از همه مهم‌تر، فرم حلزونی مناره و قرار گرفتن آن خارج از محوطه مسجد، عیناً از معماری مسجد متوکل در سامراء الهام گرفته شده است.
پلان مسجد مستطیل شکل است و حیاط مربع شکل بزرگی دارد که ساختمان‌ها در پیرامون آن است. ردیف رواق‌هایی که آن را در میان گرفته‌اند پهنایی به میزان دو راهرو دارند و شبستان آن هم به پهنای پنج راهرو است.
بر روی قسمت‌های مختلف این مسجد آیات قرآن کریم نقش بسته است. ذکر «لااله الا الله محمدرسول الله علی ولی الله» بر روی کتیبه‌ای بر روی یکی از دیوارهای آن نیز کتیبه‌ای جلب توجه می‌کند.
گذشته از اهمیت تاریخی مسجد ابن طولون، این بنا به عنوان یکی از بناهای جریان ساز، تأثیر عمده‌ای بر معماری سرزمین‌های اسلامی بر جای گذاشته است. غنای معماری این اثر فرا‌تر از حد انتظار رفته است تا آنجا که معماران قرون وسطی به ویژه اروپاییان زبان به تمجید آن گشوده‌اند.
این بنا عامل انتقال جرز، طاق‌های جناغی و دیوارهای بارو مانند به معماری گوتیک اروپا، به شمار می‌آید. درحقیقت، به نظر می آید ارتباطات گسترده ای که بین بازرگانان غربی با فاطمیان وجود داشته، عامل این انتقال بوده است.
در زمان فاطمیان شیعه وجود آشکار و پرتابشی داشته است و مخالفان این مکتب به هر طریقی که می‌توانستند در صدد سرکوب و نابودی آن بر آمدند؛ ولی خوشبختانه موفق به انجام آن نشدند.
تصاویری از این مسجد تاریخی را در زیر ببینید: