شهرام تقی‌زاده انصاری، که از 19 سالگی شاگرد علامه جعفری بوده است، در توصیف استاد گفت: ایشان به جز کسب دانش در زمینه معارف اسلامی و فلسفه شرق و غرب، تلاش می‌کردند مشکلات جامعه را به ویژه در حوزه علم و دانش و دانشجو و طلبه بررسی و حل کنند.
عقیق: «دلم هُری می‌ریزد وقتی به این فکر می‌کنم که 16 سال است او از این کوچه و خیابان عبور نکرده؛ آخر مگر می‌شود؟!
پدرم همین اطراف مغازه‌ای داشت. بعضی روزها از ذوق دیدن علامه به بهانه کمک به پدرم می‌آمدم مغازه می‌ایستادم تا شاید او بیاید و خریدی بکند.جمع شویم دورش تا چند کلمه‌ای صحبت کند. در کمال توجه و مهربانی احوال‌پرسی‌ای می‌کرد و دعای خیری. من چشم از او برنمی‌داشتم تا وقتی دور می‌شد.
هنوز کوچک بودم، اما در فاصله آمدن تا رفتنش نفسم در سینه حبس می‌شد؛ پلک نمی‌زدم از ترس از دست دادن لحظه‌ای از حضورش. در مدرسه با افتخار می‌گفتم علامه همسایه ماست. هنوز گاهی که بیرون مغازه می‌ایستم چشم می‌دوزم سمت خانه‌اش ...
ببین خانم؛ انتهای همین خیابان بن‌بست کتابخانه و منزل استاد است.»
محل کتابخانه علامه جعفری
به خانه که می‌رسم ساختمانی قدیمی است با نمای سنگی که بخشی از آن تبدیل به مؤسسه تدوین و نشر آثار شده و قسمتی دیگر کتابخانه‌ای عمومی با نام «علامه محمدتقی جعفری».
آبان سال 87 همزمان با اولین سالگرد درگذشت علامه، خانواده‌اش با همکاری شهرداری منطقه 5 بخشی از منزل استاد و پارکینگ خانه را تبدیل کرده‌اند به کتابخانه عمومی. منزل پ‍سرش و کتابخانه شخصی علامه که هر دو در طبقه دوم قرار گرفته‌اند نیز به مؤسسه تدوین و نشر آثارش تبدیل شده.
کتابخانه شخصی علامه تنها بخشی از خانه است که در طول سال‌های بعد از درگذشتش هیچ تغییری در بافت و چیدمان وسایل نداشته. دورتادور، قفسه‌های کتاب است با عناوین مختلف و در گوشه‌ای میز تحریری نسبتاً بزرگ با ماشین تایپ قرار گرفته که گاهی استاد مطالبش را با آن تایپ می‌کرده است. در کنار آن عکسی هم از او و همسرش گذاشته‌اند. فضای این اتاق، قفسه‌ها و حال و هوای آن برای خیلی‌ها آشناست و خاطرات بسیاری را زنده می‌کند.
علامه در کنار این قفسه‌ها و روی زمین می‌نشست.گاهی سخنرانی عمومی داشت و زمانی هم در خانه کلاس درس و بحث برای شاگردانش برگزار می‌کرد. تصاویر پیرمردی ریزنقش و خوش‌خلق که گاه در حین مباحث عمیق فلسفی و عرفانی خاطراتی را آنچنان بی‌تکلف بیان می‌کرد که سالن پر می‌شد از صدای خنده حاضران، هنوز برای خیلی‌ها زنده است. بیشتر کسانی که سخنرانی‌های او را شنیده باشند در حافظه‌شان خاطراتی از او و سخنانش، دارند که نقل کنند.
وقتی از خط خوشی که عناوین قفسه‌ها با آن نوشته شده است می‌پرسم، می‌گویند این عناوین را خود علامه نوشته است. نستعلیقی بسیار زیبا که با قلم و مرکب نوشته و روی قفسه‌ها چسبانده شده است. دست‌نوشته‌های دیگر علامه هم حکایت از آن دارد که او خطی زیبا داشته است.
نقل شده است در کودکی روزی مدیر مدرسه برای بازرسی به کلاس رفته و به همه بچه‌ها گفته دفترهای مشقشان را روی میز بگذارند. مشق‌های او را که دیده با ناراحتی پرسیده که: جعفری! این چه خطی است که تو داری؟! و پاسخ شنیده: من ایرادی در خطم نمی‌بینم. خیلی خوب است! پس از آن مدیر عصبانی با ترکه قرمز رنگ درخت آلبالو بر کف دست محمدتقی زده و گفته: این خط از نظر من خیلی هم بد است. باید از همین امروز یاد بگیری که خوش‌خط تر بنویسی! گرچه این داستان باعث رنجشش شده اما تصمیم گرفته خواناتر و بهتر بنویسد. ده‌ها سال بعد (حدود سال‌های 1340 تا 1350) وقتی که دانشگاه مشهد، استاد محمدتقی جعفری را دعوت کرد تا در آنجا سخنرانی کند، او همان مدیر مدرسه را در میان حاضران می‌بیند. جلو می‌رود و دستش را به گرمی می‌فشرد و با احترام و مهربانی می‌گوید کاش خیلی از آن چوب‌ها به من می‌زدید. این مرکب بدن، تازیانه می‌خواهد تا روح را حرکت بدهد و جلو ببرد.
کتابخانه شخصی علامه بیش از 13 هزار جلد کتاب دارد. کنجکاوم نگاهی به عناوین بیندازم و ببینم استاد چگونه آنها را عنوان بندی کرده است: فقه و اصول و اخبار، الهیات و اخلاق و عرفان، تاریخ و جغرافی و آثار، ملل و نحل، منطق و علوم ادبیات، منابع، فلسفه، اقتصاد و اخلاق و سیاست، نهج‌البلاغه و کتاب‌های مربوط، مثنوی و آثار دیگر.
علاوه بر عکس‌های شخصی علامه، عکس‌های یادگاری که با برخی چهره‌ها و شخصیت‌های علمی و دانشگاهی گرفته شده نیز در اتاق قرار داده‌اند. عکس‌هایی با سیدمصطفی عالی‌نسب، پروفسور محمود حسابی، شهریار و اساتید دانشگاه‌های خارجی، دانشجویان و طلاب در کتابخانه قرار داده شده است.
علامه مکاتبات فلسفی هم با «برتراند راسل» داشته که یکی از آنها روی دیوار نصب شده است. کتابخانه پُر است از یادگارهای استاد. از جمله متن نامه‌ای که یونسکو برای او فرستاده تا نظر فقهی‌اش را در رابطه با همانندسازی انسان جویا شود. وقتی موضوع همانندسازی انسان مطرح می‌شود، علامه یکی از معدود علمایی بوده است که یونسکو برایش نامه می‌نویسد و از او می‌خواهد در این باره نظر فقهی‌اش را اعلام کند.
در این کتابخانه علاوه بر عکس‌ها و کتاب‌ها، لباس‌ها و وسایل شخصی استاد نیز در دو کمدی فلزی نگهداری می‌شود. کمدهایی معمولی و بسیار ساده که آشکارا نشان می‌دهد آن میزان عشق و علاقه و توجهی که علامه به کتاب‌ها و مجلات پژوهشی داشته، صرف لباس‌ها و دیگر وسایل شخصی‌اش نمی‌کرده است.
یکی از مسئولان مؤسسه می‌گوید «هر از گاهی لباس‌ها را از کمدها بیرون می‌آوریم و وارسی می‌کنیم. آدم منقلب می‌شود از دیدنشان.»
کف این کتابخانه را هنوز همان موکت ساده و روفرشی‌هایی که در زمان حیات استاد پهن شده بود، پوشانده است.
کتابخانه عمومی‌ای که در طبقه اول واقع شده 1800 عنوان کتاب با موضوعات مختلف از جمله کلیات، مذهب، روانشناسی، علوم محض، علوم کاربردی، هنر، ادبیات، تاریخ، جغرافیا دارد. تغییراتی که در این خانه انجام شده کاملاً نشان می‌دهد که این خانواده تلاش داشته ضمن زنده نگه داشتن یاد استاد، گامی در جهت عشق و علاقه وافر او به علم و دانش‌اندوزی بردارند. کتابخانه که در صادقیه واقع شده 18 هزار و 500 نفر عضو ثابت و 200 نفر عضو فعال و سالن مطالعه‌ای با ظرفیت 90 نفر دارد.
استاد محمدتقی جعفری در سال 1304 در شهر تبریز به دنیا آمد. گفته‌اند با اینکه پدرش درس نخوانده بود، اما صدق و صفای خاصی داشت. نانوایی که هیچ‌گاه بی وضو دست به خمیر نمی‌زد و چنان حافظه قوی‌ای داشت که اغلب سخنان واعظان شهر را با دقت و به تفصیل برای دیگران بیان می‌کرد. علامه حاصل دعایی بوده است که زنی فقیر در هنگام قحطی تبریز در حق پدر او کرده بود. وقتی با زحمت فراوان دو عدد نان و مقداری شیرینی خریده بود، در بین راه منزل، در خرابه‌ای زنی دیده بود که تلاش می‌کرد استخوان گوسفند مرده‌ای را برای فرزندانش ببرد. نان و شیرینی‌ها را به او داده بود و آن زن فقیر با سوز دل در حقش دعا کرده بود که: «ای مرد مهربان! خدای بزرگ و بخشنده به تو فرزندی صالح و نیک عنایت فرماید. همچنان که ما را خوشحال کردی، خدای رحیم چشم تو را روشن کند.»
مادر محمدتقی باسواد بود و قرائت قرآن را به او تعلیم داد. فرزند چنان خوب قرائت قرآن را فرا گرفته بود که در شش سالگی، وقتی برای اولین‌بار وارد مدرسه شد، مدیر بعد از شنیدن قرائت قرآنش او را در کلاس سوم نشانده بود. از همان ابتدا حافظه قوی محمدتقی همگان را به شگفتی وامی‌داشت؛ به طوری که کلیله و دمنه را از حفظ می‌خواند و معنای عبارات را شرح می‌داد.
15 ساله که بود راهی تهران شد و در مدرسه فیلسوف، در جوار امامزاده اسماعیل و ابتدای یکی از ورودی‌های بازار قدیمی تهران، شروع به ادامه تحصیل کرد. علاقه به کسب علوم دینی علامه را به مدرسه دارالشفا قم کشاند و در آنجا بود که روزی آیت‌الله سیدمحمد حجت کوه‌کمری‌ای و آیت‌الله شهید محمد صدوقی به حجره او آمدند و لباس روحانیت را به او پوشانیدند.
علامه مدتی نیز در مشهد سکونت داشت و در این روزها شرکت گسترده جوانان در جلسات سخنرانی‌اش دو بار او را به بازجویی‌های ساواک کشاند. علامه جعفری در جریان بیماری و رحلت مادر، به تبریز برگشت و در آنجا در درس آیت‌الله شهیدی حضور یافت. با اصرار شدید او بود که راه نجف را در پیش گرفت، و سال 1322 عازم عراق شد.
حضور 11 ساله جعفری و بهره‌گیری از درس علمایی چون سیدابوالقاسم خویی، سیدمحسن حکیم، شیخ کاظم شیرازی، سیدعبدالهادی شیرازی، سیدجمال‌الدین گلپایگانی، شیخ مرتضی طالقانی و ... بود، تأثیر بسیاری در شکل‌گیری شخصیت او داشته ست تا جایی که علامه در 23 سالگی موفق به اخذ درجه اجتهاد از شیخ کاظم شیرازی شد.
در نجف بود که همان ماجرای دیدارش با امام علی (ع) رخ داد و بسیاری آن را از زبان خودش شنیده‌اند:
شب ولادت حضرت فاطمه زهرا(س) وقتی جمع کوچکی از طلاب دور هم نشسته بودند و صحبت‌ها به آنجا می‌رسد که یکی از طلاب در روزنامه عکس دختری را با عنوان "زیباترین دختر روزگار" نشان می‌دهد و می‌پرسد اگر شما را مخیر کنند بین اینکه با این دختر به طور مشروع و قانونی ازدواج و هزار سال هم زندگی کنید، یا اینکه جمال علی(ع) را مستحباً زیارت و ملاقات کنید، کدام را انتخاب می‌کنید. همه دیدار با امام علی (ع) را مستحب می‌شمرند و زندگی با آن زن را انتخاب می‌کنند.
علامه شرح می‌دهد که حتی نتوانسته نگاهی به کاغذ بیندازد و آن را به نفر بعدی رد کرده است. بُغضی کرده بود و حس می‌کرد یک حالت خیلی عجیبی به او دست داده است. می‌گوید: تا آن وقت همچو حالتی ندیده بودم. شبیه به خواب و بیهوشی بلند شدم. حالت غیر عادی. یک دفعه دیدم یک اتاق بزرگی است، یک آقایی نشسته در صدر مجلس، تمام علامات و قیافه‌ای که شیعه و سنی درباره امام علی (ع) نوشته در این مرد موجود است. یک جوانی پیش من در سمت راستم نشسته بود. پرسیدم این آقا کیست؟ گفت: این آقا خود علی (ع) است، من سیر او را نگاه کردم. آمدم بیرون، رفتم همان جلسه، کاغذ رسیده دست نفر نهم یا دهم، رنگم پریده بود. نمی‌دانم شاید مرحوم شمس‌آبادی بود، خطاب به من گفت: آقا شیخ محمدتقی شما کجا رفتید و آمدید؟ نمی‌خواستم ماجرا را بگویم، اگر بگم عیششان بهم می‌خورد، اصرار کردند و من بالاخره قضیه را گفتم و ماجرا را شرح دادم، خیلی منقلب شدند.»
گفته بود «بعد از جریان دیدار با امام علی(ع)، کتاب‌ها را که باز می‌کردم فکر می‌کردم؛ اینها را من قبلاً خوانده‌ام.»
علامه جعفری علاقه بسیاری به مولوی و دیوان اشعارش به ویژه مثنوی داشته است. با اولین نگاه به کتابخانه شخصی‌اش حجم کتاب‌های مربوط به مثنوی حکایت از این علاقه وافر دارد. تفسیری 15 جلدی که او در رابطه با مثنوی نوشته، میزان مطالعه و کار علمی‌ای را که استاد بر روی آن انجام داده است نشان می‌دهد.
پس از مثنوی، علامه ترجمه و تفسیر نهج‌البلاغه را در پی خوابی که یکی از بستگان نزدیکش دیده بود آغاز کرد. خوابی که در آن علامه امینی، صاحب الغدیر، خواسته نامه‌ای را به علامه جعفری برساند که در آن خواسته بود به علامه بگوید: ما اکنون در این عالم (برزخ) دیگر نمی‌توانیم کاری بکنیم ولی شما در آن دنیا در میدان کار هستید و می‌توانید درباره امیرالمؤمنین علیه‌السلام کار کنید.
ترجمه و تفسیر نهج‌البلاغه تا پایان عمر استاد ادامه یافت و 27 جلد از آن منتشر شد.
علاقه به دانستن شاخه‌های مختلف علوم باعث شد علامه جعفری در جلسات هفتگی پروفسور محمود حسابی که در منزلش برگزار می‌شد، شرکت کند، جلساتی که زمینه آشنایی آنها را فراهم کرد و 24 سال تا پایان عمر دکتر حسابی ادامه یافت.
نقل شده که در یکی از جلسات دکتر حسابی نظریه جدیدی درباره "ذرات بنیادی" مطرح می‌کرد و توضیحاتی درباره آن و ملاقاتش با انیشتین می‌داد و می‌گفت: هر ذره‌ای که در نظر گرفته شود؛ مثل الکترون‌ها یا پروتون‌ها، دامنه موجودیتش تا کهکشان‌ها نیز کشانده شده است و برای شناسایی دقیق آن باید اجزای دیگر عالم را نیز در نظر گرفت. استاد جعفری گفت: شیخ محمود شبستری مطلبی گفته است که شبیه به نظریه شماست: «جهان چون خط و خال و چشم و ابروست / که هر جزئی به جای خویش نیکوست
اگر یک ذره را برگیری از جای / خلل یابد همه عالم سراپای»
استاد حسابی که بسیار کم حرف می‌زد، با وجد و هیجان بلند شد و فریاد زد: شبستر کجاست؟ شبستری کیست؟! استاد جعفری با احترام پاسخ داد: شبستر یکی از شهرهای نزدیک تبریز و شیخ محمود شبستری از عرفای بزرگ قرن هشتم است. حسابی که شور و نشاط بیشتری یافته بود، خودکاری آورد و از علامه خواست دوباره اشعار شبستری را بگوید تا یادداشت کند و در اولین فرصت آن را در کتاب گلشن راز بیابد.
خودش گفته بود: وقتی از نجف مراجعت کرده و در تهران ساکن شدم، شنیدم که در منزل شخصی به نام دکتر حسابی در مورد مباحثی راجع به «فیزیک نظری» بحث می‌شود، چون من هم راجع به مباحث فیزیک نظری مطالعاتی داشتم، بنابراین وارد جلسات علمی پروفسور حسابی شدم.
از آن پس علامه جعفری در این جلسات راجع به مباحث فلسفی و حوزه علوم انسانی بحث می‌کرد و پروفسور حسابی هم مباحث مربوط به فیزیک نظری را ارائه می‌داد.
علی جعفری، یکی از پسران علامه می‌گوید «استاد واقعاً حافظه قوی داشتند و گاهی در خانه که قدم می‌زدند، با صدای خوبی که داشتند؛ اشعاری را از حفظ به عربی یا فارسی می‌خواندند. گاهی می‌دیدیم 20 یا 30 بیت شعر را از حفظ می‌خوانند. یکبار پرسیدم که این شعر را تازه از جایی خوانده‌اید؟ گفتند: نه من یک سال در یک بلم به سمت عراق می‌رفتم، در راه یک عربی داشت می‌خواند و من آن موقع حفظ کردم.»
علامه بعدها رمز موفقیتش را علاقه و عشق به علم عنوان کرده بود و گاهی به شاگردانش می‌گفته که «الان من روحیه درس خواندن را در جوان‌ها نمی‌بینم».
دکتر علی رافعی، عضو هیأت علمی دانشگاه ادیان و مذاهب که 28 سال شاگرد علامه جعفری بوده است، به ایسنا گفت: یکی از دغدغه‌های استاد این بود که دانشجویان و جوانان ما علم را حیاتی نمی‌بینند و سطحی از علم می‌گذرند. زمانی از علامه پرسیدم که این همه معلومات چگونه در شما ضبط شده است. فرمودند من علم را مانند تنفس حیاتی می‌دیدم. همان‌طور که شما نیازمند اکسیژن هستید اگر علم به من نمی‌رسید، می‌مُردم. امروز جوانان ما به علم اینگونه نگاه نمی‌کنند. طعم علم و حیات علمی متأسفانه در ذائقه جوانان ما نیامده است و اشکال بسیاری از جهالت‌ها، نبود یافته‌های صحیح است. اگر ما باور صحیح و اعتقادات عمیق داشته باشیم، خطایمان کمتر می‌شود.
وی افزود: لفظی که خودشان به کار می‌بردند، عشق به علم و عشق به معرفت بود و می‌فرمودند "هر علمی را که دوست دارید، عاشقانه دنبالش بروید". حضرت علامه به ما می‌فرمودند که "شماها مَشکتان را پر از آب کنید، دنبال تشنه نگردید. مشکتان که پر از آبا باشد تشنه پیدا می‌شود. شما وجودتان را پر از علم بکنید تشنگان علم به سراغتان خواهند آمد. علم را نیاموزید برای اینکه استاد شوید یا از شما تقدیر کنند. در این صورت حقیقت علم از بین می‌رود. بلکه علم را برای قداست خود علم و عشق به آن و بالابردن معلومات و اندیشه و تعالی روح خودم از آن استفاده کنم. حال اگر کسی تشنه بود و خواست به او هم بدهید ایرادی ندارد". انگیزه‌ای برای علم، جز خودِ علم نداشتن، دغدغه حضرت علامه بود.
علامه در خاطراتش نقل کرده است که زمانی که در نجف درس می‌خواند، ماهیانه سه دینار از آیت‌الله العظمی سیدابوالحسن اصفهانی دریافت می‌کرده است، اما با وجود قناعتی که داشت، این مبلغ در هفته اول تمام می‌شده و اکثر طلبه‌ها حتی آنهایی که در رده اجتهاد بودند مجبور می‌شدند به کارهایی مثل بنایی و کشاورزی بپردازند تا هزینه زندگی طلبگی‌شان را تأمین کنند. از آنجا که علامه در نوجوانی در تبریز کار کفاشی انجام داده بود، در نجف نیز چرخ خیاطی کوچکی را تهیه می‌کند و از مغازه‌ها سفارش می‌گیرد و روزانه 2 یا 3 ساعت کفاشی می‌کرد.
او همواره به شاگردانش توصیه می‌کرده که «زندگی باید پیوسته در حال به وجود آمدن و به وجود آوردن باشد وگرنه باری است بردوش انسان» و خودش نیز در این مسیر کوشیده است.
رافعی در تشریح روحیات استادش خاطرنشان کرد: حضرت علامه در 28 سالگی مجتهد مسلم بود و از میرزای شیرازی و مرحوم آیت‌الله خویی اجازه اجتهاد داشت، اما در همان حال هم مطالعات روی فلسفه غرب و حتی اندیشمندان مغرب زمین داشتند و کتب و مبانی جامعه‌شناسی غرب را مطالعه می‌کردند. آنچنان آزاداندیش بودند که خود را محصور در یک نظریه خاص نمی‌کردند. با وجود ارادتی که به مولانا داشت هر جا سخن مولوی جای نقد داشت، نقد مولانا را هم کرده‌اند. اینگونه نبود که یک شخصیت، تمام وجود او را در بر گیرد که اشتباهِ او را نبیند و منکر شود. ایشان بارها تکرار می‌کردند که «خشک‌بینی و تعصب، خامی است / تا جنینی، کار، خون‌آشامی است».
وی گفت: «افراد زیادی نزد ایشان می‌آمدند و صحبت می‌کردند. اگر صحبت هرکس با هر سلیقه‌ای حق بود، آن را می‌پذیرفتند. معیار برایشان سخن حق بود نه گوینده آن. اگر فردی را قبول هم نداشتند، اما سخنش حق بود، می‌گفتند سخنش حق است. با سخن حق از سوی هرکسی که صادر شود جدلی نداشتند و محصور فرد و مکتب خاصی نبود. معیار داشت و با آن معیار می‌سنجید و اجازه می‌داد انسان‌ها دریافت‌هایشان را بیان کنند و دریافت‌ها را بررسی می‌کرد.»
رافعی در بیان خاطراتش از استاد، ادامه داد: ایشان مفاهیم وحدت وجود را آنگونه که ابن عربی و ملاصدرا گفته‌اند، قبول نداشتند. من که شاگرد عرفان ایشان بودم، مفاهیم وحدت وجود را باور داشتم. چهار سال با ایشان درباره این موضوع بحث داشتیم. ایشان از بابت این موضوع ناراحت نبودند که شاگردی که تربیت کرده‌اند قائل به چیزی است که استاد به آن قائل نیست. به هیچ وجه ناراحت نبودند، بلکه برای من هم دعا می‌کردند. نمی‌گفتند که شاگرد من باید مانند من بیندیشد. درباره هر موضوعی استدلالی می‌کردیم می‌گفتند "برای شما این روشن شده؟ بسیار خب". نمی‌گفتند شاگرد من باید مؤید کلام من باشد، بلکه معتقد بودند شاگرد من باید صاحب‌نظر باشد. وقتی نظر را مستدل بیان می‌کنیم و باور قلبی داریم و استدلال عقلی داریم، نمی‌فرمودند چرا اینگونه فکر می‌کنی. این یکی از بزرگترین اصول تعلیم و تربیت است که در محضر علامه می‌توانستی ببینی.»
فرزندش نقل کرده است که: «اوایل انقلاب علامه جعفری در دانشکده فنی دانشگاه تهران سخنرانی داشت، آن زمان در دانشگاه‌ها وضعیت نامناسبی بود برای همین من و دوستانم همراه پدر به دانشگاه رفته بودیم تا برای ایشان اتفاقی نیفتد، آن روز علامه چهار ساعت سخنرانی کردند و بسیار خسته شدند. موقع رفتن بسیاری از دانشجویان اطراف ایشان را گرفتند و شروع کردند به پرسیدن سؤال. در پایان، همه رفتند و تنها ما ماندیم و یک جوان دیگر که میخواست از پدر سؤال کند اما لحنش تند و تحکم‌آمیز بود به طوری که پدر را "تو" خطاب می‌کرد و می‌گفت فلان حرفت غلط است. وقتی آن جوان سؤال می‌کرد، علامه به شدت خسته شده بودند اما درِ سالن را هم بسته بودند و جایی نبود که پدر بر روی آن بنشیند و استراحت کند به همین دلیل عبایش را بر روی زمین پهن کرد تا بتواند بنشیند و نشسته پاسخ آن جوان را بدهد.
علامه جعفری بر روی عبا نشست و به آن جوان عصبانی گفت "بیا بنشین جوان تا جوابت را بدهم". چند بار گفت و آن جوان جوابی نداد. بعد با حالتی خجالت‌زده به پدر نگاه کرد و گفت من جواب همه سؤالاتم را گرفتم. بعدها این جوان که برای تحصیل به خارج از کشور رفته بود با پدر تماس گرفت و گفت آن تازیانه‌ای که با اخلاقتان آن روز به من زدید همچنان دارد مرا در زندگی با خود می‌برد.»
علامه در جایی گفته بود «کردار عملی مربیان بشری بیشتر اثر دارد تا گفتارشان.» و به اذعان اعضای خانواده و دوستانش بهترین روش تربیتی‌اش در خانواده و جامعه، رفتار عملی ایشان بوده است.
شهرام تقی‌زاده انصاری، که از 19 سالگی شاگرد علامه جعفری بوده است، در گفت‌وگو با ایسنا، در توصیف استاد گفت: ایشان به جز کسب دانش در زمینه معارف اسلامی و فلسفه شرق و غرب، تلاش می‌کردند مشکلات جامعه را به ویژه در حوزه علم و دانش و دانشجو و طلبه بررسی و حل کنند. معتقد بودند کارهای تخصصی فلسفه اسلامی باید در حوزه و دانشگاه بررسی شود، اما جامعه مشکلاتی دارد که باید آنها را هم حل کرد. از جمله قرائت‌های مختلفی که درباره تفکر اسلامی وجود داشت، باید بررسی شود. ایشان تفکر اسلامی را «باز» می‌دانست و به هیچ وجه وقتی صحبت از علم و دانش بود با این رویکرد وارد نمی‌شد که من از تو بهترم یا من از تو بهتر می‌فهمم، بلکه باید بنشینیم با هم بحث و گفت‌وگو کنیم.
وی با بیان اینکه "استاد به موضوعات مهمی می‌پرداختند که تا آن زمان در بین علمای اسلامی کسی به آنها نپرداخته بود"، گفت: علامه از سال 1340 موضوع حقوق بشر را به صورت جدی دنبال کردند. در سال‌هایی که همه محو تمدن و حقوق بشر غرب بودند ایشان می‌دید که در شرق کارهای جدی‌ای در این باره آن نشده است. آن زمان دانشجو بودم که ایشان گزیده قوانین حقوق بشر در اسلام را با غرب مقایسه و در سخنرانی‌هایش در دانشگاه آن را مطرح می‌کردند و دلایلی مطرح می‌آوردند که حقوق بشر اسلامی در مواردی بر غرب برتری دارد. در سفرهای خارجی‌شان مباحث بسیار عمیقی در این باره ارائه دادند و تناقض‌های حقوق بشر در غرب را مطرح کردند.
انصاری ضمن تشریح تحقیقات علامه جعفری درباره موضوعات مربوط به هنر، اقتصاد، فرهنگ و گفت‌وگوی ادیان تاکید کرد: ایشان «فرا زمان» فکر می‌کرد. می‌گفت بشر خانواده‌ای الهی است که باید به هم نزدیک شود. هرچقدر به هم نزدیک‌تر شود جوامع راحت‌تر می‌توانند به زندگی و رشد خود ادامه دهند. وقتی مباحثه می‌کردند، مخصوصاً با غربی‌ها، به گونه‌ای رفتار نمی‌کردند که بگوید من روحانی اسلامی هستم و او مسیحی یا بی‌دین است. به موضوعات مختلف از نگاه علمی و کاملاً آزادانه نگاه می‌کردند.
وی ادامه داد: ارتباطات علامه با مردم بسیار جالب بود. اصلاً نمی‌گذاشتند کسی ناراحت از خانه‌اش بیرون برود. تعدادی از کمونیست‌ها برای موضوع تکامل و داروینیسم به منزل او آمده بودند، بحث‌ها بسیار طولانی شد و برایشان خیلی جالب بود. در پایان گفت‌وگو نگاهی به کتابخانه استاد کرده بودند و در نهایت با شور و شعفی رفته بودند.
انصاری اضافه کرد: استاد به مسائل کاملاً علمی می‌پرداختند. می‌گفتند دیدگاه ما در موارد بسیاری از متفکرین غربی کامل‌تر است اما ما با غرب رابطه نداریم و دسترسی به مجلات و کتاب‌هایشان نیست، به این دلیل این مسائل اینجا عقیم می‌ماند.
وی ادامه داد: ایشان غیر از اینکه ذهن باز و قوی‌ای داشتند، از حافظه بسیار قوی هم بهره می‌بردند. عشقش به علوم او را به مطالعه علوم طبیعی و نجوم می‌کشاند تا بداند در دنیا چه می‌گذرد. از دیگران آخرین اخبار درباره فیزیک را هم می‌گرفتند. من هم فیزیک خوانده بودم و هم فلسفه و گاهی در این زمینه با هم گفت‌وگو می‌کردیم. علامه بسیار پر کار بود و پرکاری ایشان را نمی‌شد با دیگران مقایسه کرد. زندگی‌اش آن قدر پربار بوده است که حتی دیگران که به دین اسلام نبودند، از دیدن آثار ایشان متعجب می‌شدند.
رافعی نیز در توصیف دغدغه‌های استاد برای دانشجویان گفت: مسأله تقوا و ایمان دغدغه امروز علامه بود که مردم به یک خداباوری قلبی برسند. خداباوری قلبی انسان را از خطا دور می‌کند. علت خطا عدم باورهای قلبی است. باورهای اجباری اثری در فرد و جامعه ندارد. علت ارزش مؤمن به این است که ایمان را با اختیار پذیرفته است و نه با اجبار.
او اضافه کرد: حُسن خلق یکی از مسائل مهم تعلیم و تربیت در ایشان بود. بارها شده بود می‌آمدند که او را برای اولین‌بار ببینند و وقتی می‌خواستند بروند می‌گفتند برخورد علامه با ما به گونه‌ای بود که ما احساس می‌کردیم ده‌ها سال است ایشان را می‌شناسیم. حضرت علامه نیروی معرفتی و محبت ذاتی به انسان‌ها داشت. لبخندی که به انسان‌ها داشت، ساختگی نبود. نگاه، محضر و کلام ایشان دلنشین بود. خیلی‌ها در همان برخورد اول می‌گفتند ما دنیای سوال بودیم همان که شما را دیدیم سوالاتمان تمام شد. محضر ایشان چنین محضری بود. با همه وجودش برای هر کسی که در مقابلش بود ارزش قائل می‌شد. همه در لحظه اول جذب ایشان می‌شدند.
این استاد دانشگاه ادامه داد: حضرت علامه مصداق این حدیث پیامبر بود که فرمودند "کونوا لنا زینا"، یعنی برای ما زینت باشید. علامه جعفری برای اسلام، محمد و آْل محمد زینت بود. محضر ایشان انسان را به خدا و پیامبر و خاندانش نزدیک می‌کرد و این نبود مگر به واسطه اخلاق حسنه، دوری از خشونت و عصبانیت که با دنیایی پر از مهر و محبت آمیخته بود و این یکی از بزرگترین ویژگی‌های تأثیرگذار عملی حضرت علامه بود.
علامه جعفری تاکید می‌کرد «پدیده زندگی، حقیقتی است مولد که چگونگی اراده و برخورداری از آن، تحت اختیار آدمی است» و «زندگی ایده‌آل، تکاپویی آگاهانه است و هریک از مراحل زندگی که در این تکاپو سپری شود، اشتیاق ورود به مرحله بعدی افزوده می‌شود. هرچه آگاهی و اشتیاق بیشتر شود، هماهنگی بین گذشته و آینده عالی‌تر خواهد شد. در این میان شخصیت انسانی رهبر این تکاپوست؛ آن شخصیت که ازلیت سرچشمه آن، بی‌نهایت گذرگاهش و ابدیت کمال مطلوب آن است، آن حقیقت ابدی که نسیمی از جلال و محبتش، واقعیات هستی گذران را به تموج درآورده؛ چراغی فرا راه پر نشیب و فراز ماده و معنا می‌افروزد. این است زندگی ایده‌آل. هر جامعه‌ای که بدین‌سان طعم زندگی را به افراد خود بچشاند، در اصیل‌ترین تمدن گام برمی‌دارد.
کارنامه فکری علامه جعفری، کارنامه پرمحصول مردی است که وجودش وقف دین و دانش بود. تلاش کرد حیات برای انسان تصویری منطقی‌تر بیابد و در وادی حیات معقول گام بگذارد.
علامه با بیش از 140 دانشمند بزرگ دنیا مباحثه داشت که مکاتباتش با «برتراند راسل»، یکی از فلاسفه غرب، شهرت بیشتری یافت که او علامه را «فیلسوف شرق» نامیده بود.
علامه جعفری بیش از 100 کتاب در زمینه فقه، فلسفه، عرفان، معارف اسلامی، علم النفس، فرهنگ، مدیریت، ادبیات و تحقیقات در مبانی آن و مباحث علمی نوشته است.
مردادماه 1377 علامه جعفری بیمار شد و پزشکان بیماری‌اش را سرطان ریه تشخیص دادند. دکتر غلامرضا جعفری در خاطراتش از آخرین روزهای حیات پدرش و زمانی که او قصد داشت برای ادامه معالجه به نروژ سفر کند گفته بود: «پدر در هنگام خداحافظی به خانواده گفت این سفر بدون بازگشت است. پس از مرگ من، درباره من اغراق نکنید.» و به فرزندش گفت: «جلال‌الدین! حال که به عمر خود نگاه می‌کنم می‌بینم که چقدر سریع گذشت». در نهایت علامه جعفری 25 آبان همان سال درگذشت.
در میان 100 اثر علمی به جا مانده از علامه جعفری، 27 جلد کتاب آن درباره "تفسیری تفصیلی بر نهج‌البلاغه" است که نشان از اهتمام و علاقه جدی ایشان به امام علی(ع) و نهج‌البلاغه دارد. بسیاری این تفسیر را یکی از گنجینه‌های بزرگ جهان علم و دانش و معنویت به شمار می‌آورند و بسیاری جلسات سخنرانی و شرح نهج‌البلاغه او را به یاد دارند با اشتیاق و دقت و علاقه از امام علی(ع) می‌گفت و گاهی مکثی می‌کرد و با همان لهجه شیرین آذری می‌گفت: «الله اکبر، علی(ع) مال این خاکدان نیست.»