امام علی (ع) با آنکه سخت مورد اقبال عمومی بود، از پذیرش خلافت خودداری می‌کرد و می‌فرمود: اگر «وزیر» باشم، بهتر از «امیر» بودن است.سرانجام چون اصرارها فزونی گرفت،پذیرفت.
عقیق: وقتی امیرالمؤمنین (ع)، با بیعت عمومی به خلافت رسید، حوادث آینده نشان داد که به تقریب،هیچ یک از ارکان خلافت در ۳۵ سال گذشته، با آن حضرت توافق ندارند.
نخست باید از بنی‌امیه نام برد که در واقع خلافت آنها در دورۀ عثمان آغاز شده بود و نه فقط قصد نداشتند دست از امتیازات پیشین دست بردارند، بلکه معاویة بن ابی‌سفیان، والی قدرتمند شام از زمان عمر و عثمان، خود را به تخت خلافت نزدیک می‌دید.
افزون بر اینها، باید عداوت ایشان را با آن حضرت، از دورۀ ظهور اسلام و حیات پیامبر (ص) در یاد داشت. بنی‌امیه، چنانکه ملاحظه خواهد شد، با زیرکی تمام توانستند، خونخواهی عثمان را تنها اندکی پس از قتل او، موضوع اتحاد سیاسی خود با دیگر مخالفان امیرالمؤمنین علی (ع)، یعنی طلحه و زبیر و عایشه قرار دهند، که ایشان خود، به همدستی یا دست کم رضایت به قتل آن خلیفه متهم بودند.
دشواری‌های سختی که در دورۀ خلافت امام علی (ع) پدید آمد و به ۳ جنگ بزرگ در حوزۀ داخلی مسلمانان منجر گردید، همگی از دورۀ خلافت عمر و عثمان و گسترش دامنۀ فتوحات و افزایش هنگفت درآمدهای بزرگان اصحاب پیامبر (ص) سرچشمه می‌گرفت و سر در انواع مطامع مخالفان داشت.
البته می باید این نکته را نیز در نظر داشت که افزایش ثروت در شماری از اصحاب،مانند طلحه و زبیر،آتش اشتیاق آنان را برای رفاه مطلوب در جاهایی جز حجاز،با وجود شرایط نامناسب آن، فرو ننشانده بود و به همین سبب،آنها سودای ولایت بر مناطقی چون عراق و یمن را در سر داشتند؛به ویژه که در دوره عثمان نیز به سبب تسلط بنی امیه،همچنان ناکام مانده بودند.
از سوی دیگر، امیرالمؤمنین علی (ع) سخت در پی احیای سنت‌های پیامبر (ص) و کاهش و حذف امتیازات بود (مثلاً نک : نهج‌البلاغه، خ۱۶) و چنانکه در گفت و گویی با ابن‌عباس تصریح کرد (طبری، ۴/۴۴۰)، دلیلی برای نرمخویی و مماشات با هیچ یک از مخالفان نمی‌دید.
*مخالفان حضرت علی (ع) منافع خویش را با منافع امت در تضاد می‌دیدند
چنانکه ملاحظه خواهد شد، مخالفان عمدۀ آن حضرت، گذشته از مُحَکِّمه یا خوارج، خلافت امام (ع) را با منافع خویش در تضاد کامل می‌دیدند و حوادث دورۀ خلافت امام (ع) به خوبی نشان داد که هیچ یک از آنان، در ادعای تشکیل «شورا» برای تعیین خلیفه از این طریق، صادق نبودند و تنها برای القاء شبهه در مشروعیت خلافت آن حضرت، از «شورا» سخن به میان می‌آوردند.
روایات موجود، که تمایلات عقیدتی گوناگون، از همان سده‌های نخست بدین سو، بر آنها سایه افکنده است، تصویر دقیق و روشنی از شرایط مدینه، پس از قتل عثمان در ذی‌حجۀ ۳۶ ق تا بیعت با امام علی (ع) به دست نمی‌دهند و به ویژه از حیث ترتیب و توالی حوادث، بسیار آشفته‌اند.
*بنا بر روایتی، امام علی (ع) هنگام قتل عثمان در بیرون مدینه بسر می‌برد
بنا بر روایتی، امام علی (ع) هنگام قتل عثمان در بیرون مدینه بسر می‌برد (بلاذری، ۳/۷؛ طبری، ۴/۴۲۳) و بزرگان از هواداران آن حضرت، مانند عمّار یاسر و مالک اشتر، همراه شمار دیگری از مردم، در بیرون شهر،خواستار بیعت با آن حضرت شدند (بلاذری، ۳/۷-۸؛ طبری، همانجا). در این میان و شرایط آشفتۀ مدینه، طلحة بن عبیدالله که کلیدهای بیت‌المال را هم به دست آورده بود، توانست نظر گروهی از مردم را برای کسب خلافت جلب کند (بلاذری، همانجا)، اما امام علی (ع) با آنکه سخت مورد اقبال عمومی بود، از پذیرش خلافت خودداری می‌کرد و می‌فرمود: اگر «وزیر» باشم، بهتر از «امیر» بودن است و سرانجام چون اصرارها فزونی گرفت، شاید در تعریض به ماجرای سقیفه و بیعت ابوبکر، گفت: بیعت با من «سری» نخواهد بود و همگان را به مسجد مدینه فراخواند (همو، ۳/۱۱). طلحه که اکثریت بسیار ضعیفی با او همراه بودند، چون شرایط را چنین دید، نخستین کسی بود که در مسجد با آن حضرت دست بیعت داد (همو، ۳/۸). از گروه انصار، همگی با امیرالمؤمنین (ع) بیعت کردند (طبری، ۴/۴۲۱)، اما در میان سرشناسان از اصحاب، چند تن مانند عبدالله بن عمر و سعد بن ابی وقاص و اسامة بن زید (ه م)، هر یک به بهانه‌هایی از بیعت خودداری کردند، اما امام کار ایشان را به خدا واگذار کرد (مفید، الأرشاد، ۱/۲۴۳-۲۴۴).
نخستین مسأله مهمی که امیر المؤمنین (ع) از آغاز خلافت بدان پرداخت،تغییر والیان و حاکمان منصوب از دوره خلافت عمر و به ویژه عثمان بود. از نظر امام (ع)،تغییر والیان،که عثمان در واقع تاوان اعمال ایشان را پرداخت،بی اندازه اهمیت داشت. امام (ع) در برابر توصیه های اشخاصی مانند مغیرة بن شُعبه و ابن عباس ـ که البته آراء آن دو در زمینه ایقاء یا عزل والیان پیشین یکسان نبود ـ بر عزم خود مبنی بر عزل والیان و حاکمان ادوار پیشین تأکید کرد که آنها هرگز والیان من نخواهند بود (نک: طبری،۴/۴۳۸- ۴۴۱).