شیخ نخودکی برای دعا کردن سه مرحله را ذکر می‌کند و می‌گوید: مرحله نخست ذلت نفس است، مرحله دوم ذلت قلب و سپس ذلت سِر و باطن است.
عقیق:در چند سال اخیر عده‌ای زیادی از جوانان کنار مزار شیخ حسنعلی نخودکی اصفهانی در حرم مطهر رضوی(ع) می‌ایستند، یاسین می‌خوانند و امید به اجابت دعاهایشان دارند. اما از نظر شیخ نخودکی، طریقه دعا کردن چگونه است؟ اضطرار و احساس درماندگی، عین دین است ولی دعا و خواهش بسیار با عدم معرفت حق، علامت خذلان و رسوایی است آن کس که ذلت نفس و ذلت قلب و ضمیر خود را زیر فرمان خداوند احساس نمی‌کند در خواهش و دعای در حقیقت به خدا دستور و فرمان می‌دهد و بدیهی است که چنین عملی تجری و تجاسر در پیشگاه باری تعالی محسوب می‌شود. چنین مردمی اعمالشان از همه زیانبارتر است و مشمول این آیه شریفه‌اند: «قُلْ هَلْ نُنَبِّئُکُمْ بِالْأَخْسَرِینَ أَعْمَالًا، الَّذِینَ ضَلَّ سَعْیُهُمْ فِی الْحَیَاةِ الدُّنْیَا وَهُمْ یَحْسَبُونَ أَنَّهُمْ یُحْسِنُونَ صُنْعًا»؛ گو آیا شما را از زیانکارترین مردم آگاه گردانم، آنها کسانىاند که کوشششان در زندگى دنیا به هدر رفته و خود مىپندارند که کار خوب انجام مىدهند. این بیچارگان نیز گمان می‌کنند که توفیق عبادت یافته و قرب به حق حاصل نموده‌اند در حالی که دعای آنها که با عدم معرفتشان همراه است اسباب بُعد و دوری از پروردگار و رحمتش را فراهم می‌کنند. بنده خدا باید که در دعا به ذلت‌های سه‌گانه خود متوجه و معترف باشد؛ به طور مثال هرچند که معصیت و گناهی از او سر نزده است بازهم ملتفت ذات نفس خویش باشد زیرا که لازمه طبیعت نفس آدمی، گناه و معصیت است و اگر توفیق ترک آن دست داده باشد آن را اثر لطف حق بداند. همچنین به ذلت قلب که همان اخلاق رذیله و صفات ناشایسته است متذکر باشد و چنانچه این اخلاق و صفات مانند بخل، نفاق و حسد از قلب او بیرون رفته، به اخلاق حمیده و پسندیده متخلق است باید این آراستگی از مشیت پروردگار و توفیق و عنایت کردگار بداند. مرتبه ذلت نفس که مرتبه اول بود، مرتبه عوام است و مرتبه ذلت قلب، مرتبه خواص است؛ یعنی خواص نیز باید بدانند که اخلاق حمیده آنها از خودشان نیست. مرتبه سوم یا ذلت سر و باطن، مرتبه مخلصین است در این مرتبه عبادت محضاً لله بوده و از شوائب و گمان‌های خوف دوزخ و طمع بهشت منزه است. بنده گمان نبرد که این خلوص و اخلاص از ناحیه خود اوست بلکه کرامت و عنایتی است از سوی خداوند باری تعالی و به رحمت خاص اوست که باطن بنده از خیالات فاسد و آنچه جز رضای حق است صافی و مهذب می‌شود. این نکته بر شما پوشیده نیست که در تمام امور مشکل و صعب باید از ارباب آن امور استعانت و یاری جست و برای ورود به خانه‌ها از در آنها استفاده کرد. پس بدان که خدای تعالی، امر به رفتن به در خانه‌اش را نمود و سپس فرمود: برای رفتن به سوی او در طلب وسیله برآیید پس بر شما واجب است که به امامان بزرگوار توسل جویید و من در این راه، علماً و عملاً شما را یاری و مساعدت خواهم کرد.