چهارده سال بعد عازم نجف شد و تحصیلات خود را در فقه و اصول نزد استادانی چون آخوند ملا محمدکاظم خراسانی و سید محمدکاظم یزدی تکمیل کرد و نزد محدث بزرگ، حاج میرزا حسین نوری، حدیث خواند. پس از هفده سال اقامت در نجف، به کربلا رفت و نزد حاج سید احمد موسوی کربلایی به تحصیل و تهذیب اخلاق پرداخت. سپس در 1336ق یا 1337ق به ایران بازگشت و در قم، در محله باغ پنبه سکنی گزید و در کنار دو روحانی بزرگ شهر، آیت‌الله کبیر و آیت‌الله فیض، به احیای حوزه علمیه و اجرای خدمات دینی همت گماشت.
در 1301ش، با آمدن آیت‌الله حاج شیخ عبدالکریم حائری به قم، این تلاش‌ها به نتیجه رسید. عده‌ای از علمای بزرگ شهر از جمله بافقی، وی را ترغیب کردند که در قم بماند و خود را وقف احیای حوزه علمیه کند. بافقی یکی از دستیاران عمده آیت‌الله حائری شد، و خصوصاً مسئولیت تهیه لباس و رسیدگی به امور طلاب را، که شمارشان روز به روز بیشتر می‌شد، برعهده گرفت و نیز در غیاب آیت‌الله حائری، به جای او اقامه جماعت می‌کرد.
علاوه بر این، بر ساختن سه مسجد جدید نظارت داشت و گاه خود در کار ساختمان مشارکت می‌کرد.
مجاهدت فعالانه او در امر به معروف و نهی از منکر در شیوة زندگی مردم مؤثر افتاد. از جمله توانست آرایشگاه‌های قم را ملزم سازد که ریش مشتریان را نتراشند. یک بار، دولت خواست بافقی و سایر علما را از این کار باز دارد، اما وقتی با جواب تند بافقی که رضاخان را با فراعنه مقایسه می‌کرد روبرو شد، موقتاً از اصرار خود چشم پوشید. بافقی به گوشزدهای شفاهی قانع نبود، چنانکه می‌گویند چندین نامه به رضاخان نوشت و از وی خواست تا سیاست‌هایی را که به نظر علما مخالف با اسلام بود، تغییر دهد.
در روز سه‌شنبه، آخرین روز سال 1306، همسر رضاخان و گروهی از زنان دربار، برای حضور در مراسم نوروزی، وارد حرم حضرت معصومه(س) شدند و در غرفه بالای ایوان آیینه بی‌چادر نشستند. وقتی که مردم و واعظی به نام سیدناظم، بافقی را از این ماجرا آگاه کردند، پیغامی برای زنان فرستاد و به حضور آنان در حرم، بدان وضع اعتراض کرد و چون مؤثر واقع نشد، شخصاً آنجا آمد و از آنان خواست تا حرم را ترک کنند.
خانواده شاه فوراً به خانه تولیت رفتند و این واقعه را به تهران خبر دادند. رضاخان بی‌درنگ، همراه با وزیر دربار و یک فوج زرهی، از تهران روانه قم شد، نظامیان را در منظریه قم مستقر کرد و خود، همراه عده‌ای از گارد، وارد شهر شد. حرم را محاصره کردند و رضاخان با چکمه وارد حرم گردید و افراد گارد، جمعی را مضروب و بافقی را دستگیر کردند. غیبت موقت آیت‌الله حائری در قم، جرأت این اقدام را به دربار بخشیده بود.
رضاشاه شخصاً بافقی را زیر لگد انداخت و به باد ناسزا گرفت و به زندان تهران فرستاد، و در یکی از جلسات هیئت دولت؛ واقعه را برای حاضران گزارش کرد. بافقی پس از چند ماه، بر اثر اقدام آیت‌الله حائری، از زندان آزاد ولی به شهر ری تبعید شد و در آستان حضرت عبدالعظیم به امامت جماعت و حل و فصل امور دینی پرداخت.
وی به لحاظ تقوا و صداقت داشتن و روحیه مساعدت به مردم از محبوبیت بسیار برخوردار بود. سرانجام، در 1214 توانست به مشهد سفر کند.
با سقوط رضاخان در 1320ش، بافقی از تبعید رهایی یافت. پس از بازگشت به قم، در مدت کوتاهی که در آنجا اقامت داشت، از گشودن مغازه‌های مشروب‌فروشی در آن شهر جلوگیری کرد. سپس از قم عازم شهرهای مقدس عراق شد و یازده ماه در آنجا به سر برد؛ اما سال‌های آخر عمر را در شهر ری سپری کرد. بافقی در 12 مرداد 1325 درگذشت و در کنار مزار آیت‌الله حائری در قم مدفون شد.
*مناظره شیخ محمد تقی بافقی با مبلغ بهائی در مورد امام زمان(عج)
روزی در راه امام زاده ابوالحسن به شخصی بهائی رسیده که خود او اظهار بهائیت کرد.ایشان او را نصیحت و موعظه کرده و او را به توبه و بازگشت از آن مرام باطل دعوت کرد.او اظهار کرد که ما را مبلغ و عالمی است او را نزد شما می آورم هرگاه او مجاب شد من نیز مسلمان می شوم. شیخ جواب داد: مانعی ندارد.
روز دیگر آن بهائی با مبلغ خود به منزل ایشان آمد و مشغول به مباحثه شدند و خواست تا از آیات متشابه یا اخباری که میرزا حسینعلی باب و ابوالفضل گلپایگانی دزدی کرده و شیخ علی ابیوردی دزدی های او را کاملاً گرفته و در کتاب خودش نقل کرده است استدلال نماید.
فقیه بافقی جلوی او را گرفته و فرمودند ما را اکنون به آیات متشابه قرآن که علمش مخصوص اهل بیت است کاری نیست، ما ابتدا مباحثه ساده عوامانه می کنیم.گفت عیبی ندارد،فرمودند:از تو سؤال دارم که آیا خداوند بندگان را از نظر سعادت کامل خلق کرده یا ناقص؟
مبلغ گفت: البته از این جهت ناقصند.
شیخ پرسید: آیا احتیاج به کمال دارند یا ناقص باید بمانند.
بهایی گفت: البته به کمال احتیاج دارند.
دوباره شیخ پرسید:آیا خود راه کمال و رسیدن به آن را دانند یا احتیاج به مکمل دارند؟
ـ خود ندانند و احتیاج به مکمل دارند.
سبخ پرسید:آن مکمل کیست؟
مبلغ بهایی گفت: انبیاء بودند.
ـ بعد از انبیاء؟
ـ حضرت علی(ع)،
ـ بعد از آن؟گفت:حضرت حسن ابن علی(ع)،
بعد از آن؟
حضرت امام حسین(ع)،
و در ادامه تا امام حسن عسکری(ع) و سکوت کرد.
شیخ پرسید:بگو بعد از امام عسکری(ع) آیا مردم کامل شدند و احتیاج به مکمل ندارند؟ گفت: خیر محتاج به مکمل‌اند فرمود: آن کیست؟گفت:قرآن است.
شیخ گفت:اولاً اگر قرآن باشد قرآن که از زمان پیامبر بوده پس آمدن یازده امام لغو بوده زیرا به قول تو قرآن بود و به قول تو لازم می آد که وجود پیغمبر خاتم هم لغو باشد و خوب بوده که جبرئیل یل ملک دیگری قرآن را آورده و سر کوهی گذارده و مردم را که این کتاب مکمل شما است،بروید و آنرا بردارید و سیر کمال خود کنید.
ثانیاً قرآن که خود صامت است و زبان ندارند که معانی متشابه و مشکله خود را به مردم تفسیر کند و ثالثاً ظاهر این کتاب عاجز از حفظ کردن خود است مثلاً از سوختن و پاره گردیدن و چه بسیار قرآن پاره و موریانه خورده و موش خورده و در گوشه مساجد ریخته است،اگر به صورت مستقل مکمل بود،اول خود را حفظ می کرد پس کتابی که نتواند خود ا کامل نگاه دارد چطور می تواند دیگران را تکمیل کرده و به کمال برساند.
و رابعاً اگر قرآن مکمل بشر باشد الان هم که موجود است، پس دیگر احتیاج به آمدن میرزا علی محمد بهاء و میرزار حسینعلی باب و عباس افندی و شوقی افندی نیست؟! آن شخص بهائی مبهوت مانده و گفت قرآن مکمل نیست.بعد از امام حسن عسکری(ع) علما مکملند. فرمود: علماءکه خود در رسائل علمیه شان فریاد از عجز و نا فهمی می‌زنند یا صریحاً می گویند رجوغ به غیر کنید که این خود اعلان (بلد نیستم)است. مبلغ بهائی مات و مبهوت مدتی سر به زیر افکنده و گفت:شما بفرمایید که به از امام حسن عسکری(ع) مکمل و حجت بشر کیست؟
گفت:آیا خدا رسول و امامان(ع)آن را برای ما مشخص نکرده اند؟او گفت: آری شیخ گفت: او حضرت بقیة الله(روحی فداه)فرزند بالفصل امام عسکری(ع) است آیا جز این است؟ در اینجا آن مرد بهائی قانع شده و دیگر تسلیم ماند.
منبع:فارس
211008