وجه تسمیه این مسجد به مسجد«خمیس» برای این است که در منطقه الخمیس بین ستره و رفاع واقع شده است و از طرف دیگر به دلیل اینکه هر پنج شنبه در این منطقه بازاری برپا می شد، نام این مسجد را خمیس گذاشته اند.
این مسجد در استان شمالی بحرین در چهار کیلو متری منامه واقع شده است و یکی از قدیمی ترین بناهای اسلامی در این کشور به شمار می رود.
مسجد خمیس در سده اول هجری قمری در زمان خلیفه اموی بنا شده است.

مسجد خمیس دارای دو مناره است و در قسمت مناره غربی با توجه به آن سنگ نبشته ای که با خط کوفی نوشته شده است در مدخل ورودی آن قرار دارد و به نظر می رسد که این مناره در نیمه دوم قرن یازدهم توسط شخصی به نام ابی سنان محمد بن الفضل عبدالله سومین حکمران از قبیله «العوینیین» ساخته شده‌ است.
مناره دوم آن در قرن شانزدهم میلادی ساخته شده است و ستونها، رواقها، ورودی و خروجی مسجد تزیین گچبری دارد و نقوش اسلامی قدیمی نیز در آن به چشم می خورد.

قسمتی از سقف مسجد نیز از تنه درخت خرما درست شده است و در قسمت غربی مسجد، مدرسه علوم دینی و شرعی قرار دارد که علما و فقها به تدرس علوم دینی می پرداختند.
در گوشه ای از صحن خارجی مسجد، قبرستانی قرار دارد که به نظر می رسد در آن زمان علمای مدرسه در آنجا دفن شده اند.
بر اساس گزارشها، وزارت فرهنگ بحرین اعلام کرده است: این وزارتخانه درصدد بازسازی و صیانت و تجهیز مسجد الخمیس در راستای برنامه توسعه است تا این مسجد را به جایگاه تاریخی اش برگرداند.

برهمین اساس، قرار است مرکزی برای بازیدکنندگان که مشتمل بر اطلاعات تاریخی مربوط به مسجد خمیس است، احداث شود؛ همچنین راهروهای اطراف آن توسعه می یابد و اقدامات زیباسازی مسجد نیز انجام می شود تا به عنوان یکی از مهمترین آثار تاریخی اسلامی بحرین معرفی شود.
«کلاوس وهلرت» مهندس مشاور طراح توسعه مسجد خمیس باهماهنگی مشاور محلی«شرکت پاد» به طراحی مرکز بازدیدکنندگان مربوط به مسجد اقدام می کند.
براساس پیشنهاد وهلرت برای توسعه مسجد الخمیس، یک مرکز اطلاعات احداث می شود که به بازدیدکنندگان در سالن تاریخ مسجد، اهمیت، جایگاه آن در اسلام را به عنوان یکی از قدیمی ترین مساجد منطقه حوزه خلیج فارس ارایه می دهد.
اجرای این طرح پس ازتصویب بودجه مورد نظر آغاز می شود و تا آن زمان وزارت فرهنگ مراقبت و صیانت از این مسجد را ادامه می دهد.