بعد از این دو بزرگوار
اجداد حضرت آیت الله مجتهدی همگی در کسوت روحانیت و از علماء جلیل‌القدر و
مبلغین اسلام و از ائمه جماعات مشهور کاشان بودند. از جمله اجداد ایشان
آیات و حجج‌اسلام، حاج ملا محمدعلی مجتهد و حاج ملامحمد باقر مجتهد و حاج
ملا محمد کاظم مجتهد کاشانی بودند.
صاحب کتاب لبا‌ب‌الالقاب تالیف آیت
الله مرحوم آخوند ملا حبیب الله شریف کاشانی متوفی 1340 قمری درباره یکی از
اجداد ایشان یعنی حضرت آیت الله حاج شیخ محمدعلی مجتهد کاشانی می‌نویسد:
«او فرزند حاج محمدباقر کاشانی است و آیت الله حاج محمدعلی مجتهد کاشانی
عالمی فاضل و مدرسی بزرگوار در علوم شرعی و عقلی بود، به حدی که فضل و علم
و زهدش بر دیگران مسلم و آشکار بود، و آن مرحوم فرزندی داشت به نام حاج
ملا ابوالقاسم که او هم حکیم و منجمی زبردست بود و من آن فرزند را دیده
بودم و او در تهران فوت کرد (و در اطراف چهار راه مولوی که در آن زمان
قبرستان بود دفن گردید) و مرحوم آیت الله حاج محمدعلی از شاگردان فقیه
عالیقدر حضرت آیتالله سیدمحمد تقی کاشانی بود و او از شاگردان عالم ربانی و
معلم اخلاق حاج ملا احمد نراقی است و ملااحمد نراقی استاد شیخ مرتضی
انصاری بود و وقتی که ملااحمد نراقی از رحلت آیتالله سیدمحمد تقی کاشانی
باخبر شدند از شدت حزن و اندوه و با صدای رسا و بلند شدیدا گریه کردند و از
فقدان آن عالم بزرگوار تاسف خوردند.»
آیتالله مجتهدی در سال 1362 قمری و در سن 19 سالگی به کسوت روحانیت درآمد و قبل از آن در بازار تهران مشغول به کار بود و پدر ایشان یعنی مرحوم محمد باقر راضی نبود که فرزندش طلبه شود ولی بر اثر عشق و علاقه زیادی که جناب استاد به علم و دانش داشت به سوی طلبگی روی آورد. با توجه به مخالفت پدر، سال‌ها با عسرت و سختی زیادی، در لباس روحانیت به تحصیل علم پرداخت و بعد از سال‌ها نه تنها پدر راضی شد بلکه بر وجود چنین فرزندی در نزد خویشان و نزدیکان و در اجتماع افتخار می‌کرد. وی پنج سال بعد یعنی در سال 1367 قمری و در سن 24 سالگی ازدواج کرد و در همین سال دروس رسائل و مکاسب را نزد آیات و حجج اسلام آقایان فاضل (پدر حضرت آیتالله العظمی فاضل لنکرانی) و سید‌حسین قاضی و آقا شیخ قاسم نحوی امتحان داد و با موفقیت به اتمام رساند. بعد از قریب دو سال در سن 26 سالگی و در سال 1369 قمری امتحان کفایه و قسمتی از درس خارج را با موفقیت گذراند.
آیتالله مجتهدی در ضمن تحصیل، به تدریس کتب حوزوی هم می‌پرداخت و وقتی که از قم به تهران آمد شب‌ها در مسجد امین‌الدوله که مرحوم حاج شیخ محمد حسین زاهد در آنجا مشغول به تدرس و اقامه نماز بود، استاد هم، صبح و عصر به امر تدریس اشتغال داشت و چون مرحوم حاج شیخ محمدحسین زاهد در اواخر عمر و با وجود کهولت سن به سختی مشغول تعلیم و تربیت طلاب بود، لذا از آیتالله مجتهدی تقاضا کرد که علاوه بر تدریس، شب‌ها هم منبر برود و آیتالله مجتهدی در طول دو سال، شش جزء از اول قرآن را با استفاده از تفسیر برهان که مبنای تفسیری ایشان بود برای مستمعین آیات قرآن را تفسیر می‌کرد. آیتالله احمد مجتهدی تهرانی صبح‌ها در مسجد مرحوم حاج سید عزیزالله بازار جهت طلاب به تدریس کتب ادبیات و فقه مشغول بود و بعد از ظهرها هم برای کسانی که روزها شاغل بودند و بعد از ظهرها درس می‌خواندند به تدریس کتب حوزوی از قبیل مطول، سیوطی، مغنی، منطق و غیره می‌پرداخت. دو سال بعد یعنی در 21 محرم سال 1372 قمری، ثلمه‌ای در اسلام به وجود آمد و آن رحلت عارف زاهد و معلم اخلاق حاج شیخ محمدحسین زاهد بود.