علت نامگذاری این مسجد، به مسجد «بیعه» به دلیل آن است که مسلمانان یثرب در این مکان با پیامبر(ص) بیعت کردند و پس از آن در این محل مسجدی به نام‏«مسجد بیعه‏» ساخته شد. در این مسجد اسلام از حصار مکه خارج و به مدینه راه یافت.
مسجد بیعه سال 144 هجری قمری در زمان «ابوجعفر منصور» خلیفه عباسی ساخته شد. مساحت مسجد در آخرین بازسازی به 375 متر مربع رسیده است و همچنان بدون سقف است.

با وجود گذشت سالیان سال از ساخت این مسجد، همچنان مسجد در پشت کوه محصور است و شایسته است که زائران در هنگام جمرات سری به این مسجد بزنند تا این مسجد از مظلومیت در آید.