در جای دیگر امام باقر(ع) فرموده اند: مدام ما اهل بیت مورد ستم قرار می گیریم، ما را دور و محروم می کنند، بر خون خویش و دوستانمان ایمن نیستیم. دروغ گویان و منکران به سبب کذب و انکارشان، جایگاهی یافته اند که بدان وسیله به دوستان خود تقرب می جویند، قاضیان و کارگزاران بد در هر شهری به ایشان خبر مجعول می دهند(2) و ... .

امام در برابر این تیرگی ها، خاموش ننشست و علیه حاکمان ستمگر جبهه گیری کرد و فرمود: کسی که به جانب فرمانروای ستم پیشه ای حرکت کند تا او را به تقوای الهی فرمان دهد و از عواقب ستم بترساند و موعظه کند، پاداش او همانند ثواب جن و انس و کار او برابر با عمل آنان است.(3) در نکوهش جفاکاران و حامیانشان فرمود: همانا ستمکاران و پیروانشان از دین الهی کناره گیری کرده اند.(4)

امام پیروان خود را از تقرب به سلاطین جور منع می کرد و می فرمود: هرگز به خدمت آنان در نیایید، حتی اگر این خدمت به اندازه یک مرتبه فرو بردن قلم در مُرکَّب باشد، به دین آسیب وارد می شود.(5)

امام وقتی مشاهده می کرد فرمانروایان از کج روی دست بر نمی دارند، به صراحت انحرافات آنان را بر می شمرد. او در نامه ای به یکی از آنان نوشت: «از جمله کارهای نادرست این است که جهاد در جامعه اسلامی ضایع شده و ارزش خود را از دست داده است. در پرتو جهاد است که دین در میان جوامع دیگر طلوع کند و دشمنان در هم کوبیده می شوند. در پرتو همین ارزش، خداوند جان و مال مؤمنان را خریده و ایشان را به بهشت نوید داده است. خداوند با مؤمنان شرط کرده است که در جهاد، حدود و قوانین الهی مراعات شود. جهاد برای این نیست که مردم را از اطاعت بنده ای به پیروی از بنده ای همانند او وادارند. هر گاه کافران در قلمرو حاکمیت اسلامی، جزیه را قبول کردند، نباید به آنان ستم شود و نیز روا نیست پیمانی که با آنان بسته اند، نقض گردد. مالیاتی که بر ایشان تعیین می شود، باید فروتر از توانشان باشد. اموال و غنایمی که در پرتو جهاد و گشایش سرزمین های دیگر به دست می آید، از آنِ همه مسلمانان است، نه گروهی خاص. در برخورد با اسیران باید به سیره پیامبر و قانون الهی عمل کرد.»

امام در ادامه تأکید می فرمایند که در فتوحات و جهاد اسلامی، سوگمندانه رهنمود های دینی مورد توجه قرار نمی گیرد و به افرادی تکلیف می کنند که امکان جهاد برایشان فراهم نیست و خداوند عذرشان را پذیرفته است و همان افراد توانمند نیز تحت تکالیف سخت، طاقت فرسا و ناگوار قرار می گیرند. در گذشته وقتی مردم مصر با دشمنان خود و یا سرکشان هم جوار می جنگیدند، در اعزام نیروها برای نبرد، میان آنان به عدالت رفتار می شد. افسوس که امروزه همه آن ارزش ها از میان رفته است و مردم در دو گروه خلاصه شده اند: عده ای که موظف به جهادند و به جای آنکه مال و جان خویش را با خدا معامله کنند، در این راه اجیر دیگران شده اند و برای رفتن به جهاد مزد می گیرند! و گروهی دیگر که افرادی ناتوان هستند، ولی وادار می شوند تا کسانی را اجیر کرده، به جایشان به جهاد بفرستند. حج از میان رفته و مردم بینوا شده اند. کسی که این کژی ها را پدید آورده، به راستی منحرف ترین افراد است.(6)

عمر بن عبدالعزیز در میان خلفای معاصر امام باقر(ع) اگر چه حق امامت معصومان را غصب کرده بود، ولی رفتارش با دیگر غاصبان متفاوت بود. این وضع زمینه را مساعد کرد تا حضرت برخی مسائل را به او تذکر و هشدار دهد. هنگامی که عمر بن عبدالعزیز به مدینه سفر کرده بود به او خبر دادند محمد بن علی (امام باقر(ع)) آمده است تا او را ملاقات کند. او هم پذیرفت و امام به مجلس او وارد شد. امام رو به وی کرد و فرمود: ای عمر، دنیا همچون بازاری است که عده ای با منفعت از آن بیرون می آیند و گروهی با خسران آن را ترک می کنند. عده ای که اکنون دنیا را ترک گفته اند، مغرور این سرای فانی شدند تا مرگ بر آنان سایه افکند و با دنیا در حالی وداع کردند که ملامت می شدند. اکنون سزاوار است که ما در رفتار گذشتگان بیندیشیم و کارهایی را که آنان انجام داده اند و ما آنها را مایه گرفتاری می دانیم، از برنامه خویش حذف کنیم.(7)

در سفارش های دیگری، امام به وی تأکید فرمود: ای عمر! تقوای الهی داشته باش، درها را بر روی مردم گشوده دار، حجاب ها و موانع را از پیش پای مردم بردار تا به راحتی با تو تماس گیرند، ستم دیدگان را یاری ده و حقوق ضایع شده را به صاحبان آنان بازگردان. نصایح امام چنان وی را تحت تأثیر قرار داد که تصمیم گرفت حق غصب شده اهل بیت یعنی فدک را به ایشان بازگرداند و همان جا فرمان پس دادن فدک را صادر کرد.(8)

از طرف طاغوت وقت، فرماندار جدیدی برای مدینه تعیین شد و مردم برای عرض تبریک به جانب محل استقرار او می رفتند. محمد بن مسلم می گوید: ما جمعی از شیعیان در جوار خانه امام در مدینه بودیم. امام از برخی حاضران پرسید: آیا در شهر اتفاق تازه ای رخ داده است؟ عرض شد: والی جدیدی برای مدینه انتخاب شده است و مردم می روند تا ورود او و انتصابش به این مقام را شادباش گویند. امام فرمود: همانا آدمی برای تبریک به خاطر امری حرکت می کند، (غافل از آنکه) همان شخص خود را به در خانه ای می رساند که درهای خانه های آتش دوزخ است( کنایه از اینکه خانه حاکم مدینه، دری از درهای آتش جهنم است).(9)

امام در وصیت نامه خود نیز مبارزه ای سیاسی با جفاکاران را در پیش گرفت. امام صادق(ع) فرمود: پدرم وصیت کرد: بخشی از اموالم را وقف کن تا ده سال در سرزمین منا در مکه و موسم حج برایم عزاداری و برای مظلومیت من زاری کنند.(10) این وصیت برای آن است که اجتماع بزرگ اسلامی در آن مکان مقدس با رهبر راستین، آشنا و ارشاد شوند و از دیگران بریده، به حق بپیوندند. هدف دیگر امام این بود که مردم مسلمانی که از همه نقاط قلمرو اسلامی در آنجا گرد هم می آمدند، به مظلومیت ائمه پی ببرند.(11)

امام باقر(ع) بارها باطل بودن کار هیئت حاکمه و زمامداران وقت را اعلام می داشت و لزوم روی کار آمدن جانشینان راستین را گوشزد می کرد و می فرمود: ای محمد بن مسلم، هر کس از این امت اسلامی، بدون امامی آشکار و عدالت پیشه و منصوب شده از سوی خداوند به سر برد،(12) گمراه می شود و در مسیر تردید قرار می گیرد و اگر در این حال، مرگش فرا رسد، در حال کفر و دورویی مرده است.

امام در برابر هشام بن عبدالملک موضوع رهبری واقعی را به طور جامع و کامل مطرح ساخت و چنین به وی فهمانید که او و دستگاهش بر باطل است و باید منصب خلافت را ترک کند و نحوه رهبری و اداره جامعه اسلامی و قلمرو مسلمین دگرگون شود. این گفتگو در درون دربار اموی و مروانی صورت گرفت و عده ای از فرماندهان ارتش، روسای قبایل، والیان، قضات و فقها به عنوان مدافعان خلیفه غاصب در آنجا حضور داشتند. هشام در آن لحظات، اگر چه خشمناک و عصبانی بود، ولی جرئت نداشت به جلادان خون آشام خود دستور دهد امام را به شهادت برسانند؛ زیرا اگر چنین می شد، مسلمانان به قیام هایی که در حال شکل گرفتن بود، می پیوستند و در نتیجه خود، زمینه های سقوط خویش را فراهم می کرد.(13)

از سوی دیگر، نمی توانست منکر نفوذ معنوی و اجتماعی امام شوند. کسانی بودند که شهر ها و مسیر های طولانی را پشت سر می نهادند تا به محضر امام برسند و علاقه مندی خویش را به ساحت حضرت ابراز دارند. رهبری حضرت فراتر از تقسیمات سیاسی امویان و مروانیان و نیز ماورای مرزبندی های قبیله ای و قومی بود. میان دو قبیله مضر و حمیر نزاع شدیدی وجود داشت و همواره جنگ و خونریزی بین آنان شعله ور بود، اما هر دو از یاران امام بودند و دو شاعر بزرگ شیعه از هر دو سوی یعنی فرزدق تمیمی مغیری و کمیت اسدی حمیری در دوستی امام و اشتیاق به اهل بیت اتفاق داشتند.(14)

حضور مؤثر امام در متن اجتماع و مجامع علمی و فرهنگی نیز در روشن گردیدن حقایق و افشای نا راستی ها دخالت داشت. در مسجد مدینه مردمانی از نقاط دور به محضر امام می رسیدند و نیاز های فکری، فرهنگی و اجتماعی را مطرح می کردند و امام هم رسیدگی می فرمود. انفاق به محتاجان و تکریم فقیران، سخاوت و مروت در حق دوستان و پیروان، شکیبایی و بردباری در روابط اجتماعی، صمیمیّت و محبت در حق اصحاب و آشنایان و خویشاوندان، خصالی بود که نفوذ اجتماعی امام را ریشه د ار می ساخت و این حضور مؤثر، برای دستگاه ستم نگران کننده بود.(15)