علت نامگذاري اين مسجد به هندي و نامهايي همچون «الحمام» و «القيساريه» به خانواده محترمي از كشور هند اشاره دارد.
واژه «جامع» به علت گنجايش و اهميت تاريخي مسجد هندي به آن اطلاق مي‌شود، بنا به گفته تاريخ نگار «الصك» در سال ۱۲۴۵ ه. ق اين مسجد در محلهٔ قديمي به نام «الجيه» واقع است و دروازه بزرگ آن بر بازار «الحويش» باز مي‌شود و دروازه كوچك آن به خيابان «الرسول» راه مي‌يابد.
تاريخ بنيانگذاري اين مسجد به اوايل قرن سيزدهم هجري به دوران علامه كبير شيخ حسين نجف (فوت سال ۱۲۵۱ ه. ق / ۱۳۸۵ م) بازمي گردد. علت نامگذاري اين مسجد به هندي و نامهايي همچون «الحمام» و «القيساريه» به خانواده محترمي از كشور هند اشاره دارد. اين خانواده يكي از ثروتمندترين خانواده‌هاي شهر نجف بود. و نام (خان محمد هندي) به عنوان مرمت كننده اين مسجد كه به وسيع‌تر شدن آن انجاميد، نيز ذكر شده است.
در اين مسجد كارهاي مرمت بسياري به انجام رسيده است. در سال ۱۳۲۳ ه. ق به اين شكل كه در حال حاضر ديده مي‌شود، ساخته شد. اين مسجد تا سال ۱۳۷۵ ه. ق همانندي در شهر نجف را نداشته است و سيد محسن حكيم به توسعه آن همت گماشت و به همين دليل نيز دو خانه مجاور اين مسجد را خريداري و در نتيجه بخش مسقف آن را به بخش غير مسقف پيوند داده شد.
بخش مسقف اين مسجد داراي ستون‌ها و ايوانهاي بلند و كنده كاري شده است كه به اين مسجد جنبه تاريخي بسيار زيبايي را داده اند. اين مسجد تقريبا مربع شكل است و كتابخانه «امام حكيم» و آرامگاه وي در طرف شمال مسجد هندي قرار گرفته است. قطعه زميني نيز جهت دفن علماي خاندان حكيم در نظر گرفته شده است كه درب آن به صحن مسجد هندي باز مي‌شود.
جامع الهندي در طول تاريخ خود به عنوان مدرسه اي ديني شناخته مي‌شود و بر منبر آن بسياري از فرهيختگان اين شهر و اساتيد حوزه علميه نشسته اند. و نمازهاي جماعت فراواني به امامت بزرگان خاندانهاي نجف همانند (شيخ حسن و شيخ جواد و شيخ محمد و شيخ طه) و البته امام خميني (ره) برگزار شده است و شخصيت هايي همچون شيخ محمد رضا طالقاني و شيخ باقر قمي نجفي در آن نماز به جا آورده اند.
گفته مي‌شود كه در سال ۱۳۷۴ ه. ق اهالي قطيب مسجدي شبيه مسجد هندي را در سرزمين خويش بنا نمودند. مسجد هندي به عنوان مسجد تمامي اهالي نجف نيز شناخته شده است و در آن اساتيد به تدرس علوم ديني مي‌پردازند و مراسم‌هاي بزرگ ديني در آن برگزار مي‌شود.