ام‌کلثوم در شام (کشور سوریه) وفات کرد و قبرش در قبرستان «باب‌الصغیر» است. قبرستان باب‌الصغیر یکی از قبرستان‌های بسیار مهم و تاریخی دمشق و محل دفن بعضی فرزندان ائمه شیعه و صحابی پیامبر (ص) است.
این قبرستان در نزدیکی باب‌الصغیر که یکی از دروازه‌های اصلی شهر قدیمی دمشق است، قرار داشته و خاستگاه نامگذاری‌اش نیز همین است. در کنار آرامگاه ام‌کلثوم (س)، آرامگاه سکینه (س) دختر امام حسین (ع) نیز قرار دارد.
آرامگاه منتسب به سکینه (س) در باب‌الصغیر ابتدای در اصلی است و دارای گنبدی بزرگ به رنگ سبز است که دو گنبد دیگر نیز اطراف آن هستند.
بر فراز این مرقد مناره‌ای نیز به رنگ سبز دیده می‌شود. مقبره سکینه و ام‌کلثوم زینب صغری دختر امام علی (ع) هر دو داخل یک حجره و شبستان بزرگی است. نمای این مرقد از قبل از دوران عثمانی است که به احتمال زیاد در آن دوران تجدید بنا شده است.
در سال‌های گذشته باب‌الصغیر چندین بار مورد حمله تروریست‌های داعش قرار گرفت و جنایات زیادی در این سرزمین صورت گرفت، اما اکنون آرامش در این منطقه برقرار شده و زائران به این مکان مقدس نیز در دمشق مشرف می‌شوند که البته به خاطر موقعیت خاصی که دارد، در این منطقه غربت خاصی حکم‌فرماست و کمتر کسی در این منطقه حضور می‌یابد. تا جایی که وقتی وارد قبرستان و حرم حضرت ام‌کلثوم و سکینه (س) می‌شویم تعداد زائران این حرم مقدس بسیار محدود است.
به گزارش فارس، منطقه «باب‌الصغیر» یکی از دروازه‌های اصلی شهر قدیمی دمشق محسوب می‌شود که در نتیجه حملات داعش دچار خسارت‌های زیادی شد و با پایان سیطره داعش، جریان زندگی همچنان ادامه دارد. قبرستان «باب‌الصغیر» نیز در این منطقه واقع شده است که در آن بعضی فرزندان ائمه شیعه و اصحاب پیامبر(ص) دفن شده‌اند.