نقل است كه آيت الله حائري به قرآن استخاره نمي‎كرد و مي‎فرمود من درست نمي‎فهمم مثلاً «يسبح له ما في السموات و الارض، نسبت به موضوع استخاره خوب است يا بد». اما در مورد ماندن در قم به قرآن استخاره كرد و خود را به مشيّت الهي سپرد، كه آيه‎اي زيبا و مناسب حالش « ... وَ أْتُونِي بِأَهْلِكُمْ أَجْمَعِينَ» خط مشي آينده او را ترسيم نمود و آية الله حائري را مصمّم ساخت حوزة علميّه قم را سامان داده، شاگردان خود را از اراك به اين شهر فرا خواند.