امام خمینی (ره) درباره علامه قاضی فرمودند: «قاضی، کوهی بود از عظمت و مقام توحید.»

علامه طباطبائی می‌فرمود: ما هر چه داریم، از مرحوم قاضی داریم. چه آنچه را که در حیاتش از او تعلیم گرفتیم و از محضرش استفاده کردیم، چه طریقی که خودمان داریم، از مرحوم قاضی گرفته‌ایم.

علامه طهرانی می‌نویسد: استاد ما نسبت‌ به‌ استاد خود مرحوم‌ قاضی علاقه‌ و شیفتگی‌ فراوانی‌ داشت‌ و حقّاً در مقابل‌ او خود را کوچک‌ می‌‌دید؛ و در چهره مرحوم‌ قاضی‌ یک‌ دنیا عظمت‌ و ابَّهت‌ و اسرار و توحید و ملکات‌ و مقامات‌ می‌‌جست‌. یک‌ روز به‌ ایشان‌ عطر تعارف‌ کردم‌، ایشان‌ عطر را به دست‌ گرفته‌ و تأملی‌ کردند و گفتند: دو سال‌ است‌ که‌ استاد ما مرحوم‌ قاضی‌ رحلت‌ کرده‌‌اند و من‌ تا به حال‌ عطر نزده‌‌ام‌ و تا همین‌ زمان‌ اخیر نیز هر وقت‌ بنده‌ به‌ ایشان‌ عطری‌ داده‌‌ام‌؛ دَرِ آن را می‌‌بستند و در جیبشان‌ می‌‌گذاشتند و من‌ ندیدم‌ که‌ ایشان‌ استعمال‌ عطر کنند، با اینکه‌ از زمان‌ رحلت‌ استادشان‌ سی‌ و شش‌ سال‌ است‌ که‌ می‌‌گذرد.

آیت الله خسروشاهی از علامه طباطبائی نقل می‌کردند که: کتابهای معقول را خواندم ولی وقتی خدمت سید علی آقا قاضی رسیدم فهمیدم که یک کلمه هم نفهمیدم.

استاد مطهری (ره) از قول استاد خود مرحوم علامه طباطبایی چنین نقل فرمودند: زمانی که ما اسفار اربعه می‌خواندیم، در تلقی درس کوشش فراوانی داشتیم و در موقع تقریر مباحث نیز زحمت بسیاری می‌‌کشیدیم. به سبب وجود این تلاشها به تدریج این توهّم پدید آمد که اگر آخوند (ملاصدرا) زنده شود و بخواهد مطالب خود را به این ترتیبی که من تقریر می‌‌کنم، بنویسد، یقیناً نخواهد توانست. این توهم به قوت خود باقی بود تا این که مقدمات تشرفمان به محضر سید علی آقا قاضی طباطبایی (ره) فراهم آمد و توفیق بهره بردن و استفاده از محضر ایشان را یافتیم.

ایشان با اینکه تخصص اصلی‌‌اش عرفان بود و در فلسفه به اندازه عرفان تخصص نداشت، وقتی که بحث از وجود و ماهیت و اصالت وجود و اعتباریت ماهیت به میان می‌آمد، مطالب و دقایقی ارائه می‌کرد که تا آن زمان آنها را از کسی نشنیده بودیم. آن زمان بود که فهمیدم از اسفار یک حرف را هم نفهمیده‌‌ام.

مرحوم آقای قاضی یکی از حسنات دهر است

مقام معظم رهبری در دیدار اعضای ستاد برگزاری کنگره بزرگداشت علامه قاضی، فرمایشاتی داشتند از جمله:

مرحوم آقای قاضی یکی از حسنات دهر است، یعنی واقعاً شخصیت برجسته علمی  و عملی مرحوم آقای قاضی، حالا اگر نگوییم بی‌نظیر، حقاً در بین بزرگان کم ‌نظیر است‌. همین سلسله مرحوم آقای قاضی ـ مجموعه این بزرگواران که از مرحوم حاج سیدعلی شوشتری آغاز می شود ـ همه شأن مجتهدان تراز اول بودند. خب، ایشان عمر طولانی هم الحمدلله داشتند و توفیقات زیادی هم داشتند، شاگردهای زیادی هم تربیت کردند، از لحاظ معانی سلوک و عرفان و مانند اینها هم از افرادی است که عرض کردم حداقل این است که بگوییم کم‌نظیر (است)، یعنی واقعاً شخصیت ایشان برجسته است.

علامه حسن زاده آملی: «قاضى مذکور از اعجوبه‌‏‌هاى دهر بود.»