به این ترتیب در سال‌های بعد در آن محل، مسجدی ساخته شد.

برخی به آن «ذوالحلیفه» می‌گویند؛ زیرا در منطقه‌ای به همین نام واقع شده است.

حُلَیفه نام یک چشمه بوده است.

این مسجد به نام «آبار علی» یا چاه‌های امام علی(ع) نیز مشهور است زیرا آن حضرت در این منطقه چاه‌های بسیاری برای آبیاری نخلستان‌های خود حفاری کرده بودند.

به این مسجد همچنین، مسجد «میقات» یا مسجد «مُحرم» و مسجد «احرام» نیز گفته می‌شود و این مکانی است که اهالی مدینه منوره و زائران برای ورود به مکه در آن مُحرم می‌شوند.

این مسجد در زمان عمربن عبدالعزیز ساخته شده و در عصر عباسی مرمت شده است.

همچنین در عصر عثمانی نیز این مسجد مرمت شده است.

این مسجد در ابتدا بسیار کوچک بوده و از سنگ و گل ساخته شده بود.

به دلیل جایگاه تاریخی مسجد شجره، این مسجد مکان احرام بستن زائرانی است که برای اعمال فریضه حج عمره و تمتع به سرزمین وحی می‌آیند.

ساختمان این مسجد در دوره معاصر بازسازی و توسعه پیدا کرده است.

این مسجد دارای رواق‌های به هم پیوسته‌ای است که به صورت مرتب در کنار هم قرار گرفته‌اند.

مساحت این مسجد به 90 هزار متر مربع مى‌رسد.

این مسجد دارای ۵۱۲ حمام، ۵۶۶ دوش آب و ۳۸۴ مکان برای وضو گرفتن است که بخش‌هایی از آن به بانوان اختصاص دارد.

همچنین برای افراد مسن و ناتوان نیز تدابیر ویژه‌ای در نظر گرفته شده است.

این مسجد دارای پارکینگ خودرو است و  برای پارک ۵۰۰ خودرو کوچک و ۸۰ خودروی بزرگ ظرفیت دارد.

این مسجد دارای بازار و رستوران نیز هست که نیازهای زائران را برطرف می‌کند.