وی در ادامه با اشاره به رابطه ایمان و فهم افزود: هر چند رابطه ایمان و فهم یک رابطه پیچیده است و درست است که بر هم تاثیر می گذارند، اما اگر بخواهیم تقدم و تاخری برای آنها قائل بشویم ایمان نمی تواند اول باشد بلکه ایمان باید متکی برفهم باشد. بنابراین نمی توان گفت فرد اول باید ایمان بیاورد و بعد بفهمد برخی از متکلمان معروف گفته اند که ایمان بیاور تا بفهمی، درصورتیکه رابطه ایمان و فهم در این مسائل اعتقادی نمی تواند به این صورت باشد و اصلا شدنی نیست.

باقری در ادامه می گوید: ساختار منطقی ایجاب می کند که عقل مقدم باشد و بعد ایمان آوردن و پذیرش آن در ادامه را  ما را یاری برساند. یعنی عقل ما را به ایمان می رساند و ایمان ما را به  فهم و دریافت های عمیق تری می رساند و این یک دور بین عقل و ایمان است که البته شروع آن با عقل است.

وی معتقد است که نباید تصور کرد که تربیت دینی با سوال کردن منافات دارد، بلکه برعکس پرسش کردن را سنت ابراهیمی دانسته و می گوید باید آن را برای تقویت تربیت دینی ترویج و گسترش داد.