نقل شده است که حضرت آدم(ع) این مسجد را بنا گذاشت و حضرت نوح(ع) پس از طوفان آن را بازسازی نمود.

لشکر مسلمانان هفده سال پس از هجرت نبی اکرم(ص) در مدائن به سر می‌برد که آب و هوای آن برای سربازان "حجاز" بسیار طاقت‌فرسا بود. از همین رو آنها را به حالت مرگ انداخته بود.

خلیفه‌ وقت مسلمانان پس از آگاه شدن از شرایط به دنبال چاره‌ای گشت بنابراین به پیشنهاد «سلمان فارسی» شهر کوفه محل استقرار سپاهیان اسلام شد و بر آن شدند تا پیش از ساخت هرگونه عمارتی مسجد کوفه را بازسازی کنند.

حضور امیرالمومنین علی(علیه‌السلام) در سال 36 هجری به همراه فرزندانشان امام حسن(ع) و امام حسین(ع) نیز اهمیت مسجد کوفه را بیش از پیش ساخت. امیرالمؤمنین(ع) بارها در مسجد کوفه اقامه نماز کرد و بسیاری از خطبه‌های گوهربار ایشان در این مکان مقدس خوانده شد، امام علی(ع) همچنین بخش قابل توجهی از امور کشورداری و قضاوت‌های مهمشان را در مسجد کوفه به انجام رساندند.

در محراب همین مسجد و پس از ضربت خوردن مولی‌الموحدین، علی(ع) بود که ندای «فزت و رب‌الکعبه» از زبان مبارک ایشان به آسمان بلند شد. در جوار مسجد کوفه آرامگاه بزرگانی همچون مختار ثقفی و مسلم ابن عقیل و نیز خانه امیرالمؤمنین علی(ع) و دارالعماره کوفه قرار دارد.

حضرت علی(ع) پس از عزیمت به کوفه در ابتدا به مسجد این شهر رفت و با مردم سخن گفت. حضرت در این  مکان به تفسیر قرآن و تعلیم بسیاری از علوم پرداختند که شاگردانی چون" کمیل ابن زیاد" و "ابن عباس" در این مسجد که به بزرگترین مرکز فرهنگی جهان اسلام تبدیل شده بود پرورش یافتند.

کامل بودن نماز مسافر در مسجد کوفه از دیگر نکات شایان ذکر این مکان مقدس است. بر همگان روشن است که نماز مسافر بدون قصد ده روز اقامت باید «شکسته» ادا شود به جز چهار مکان که امام صادق در حدیثی آنها را نام برده‌اند: «نماز در چهار موطن کامل برپا می‌شود: مسجدالحرام، مسجدالنبی، مسجد کوفه و حرم حسین(ع)».  همچنین ایشان ثواب نماز در مسجد کوفه رابرابر با ثواب هزار نماز در غیر از مسجد کوفه می‌دانند.

امام باقر(ع) درباره فضیلت مسجد کوفه فرموده اند: اگر مردم می‌دانستند مسجد کوفه چه فضیلتی دارد، از مکان‌های دور به آنجا می‌رفتند، همانا خواندن نماز واجب در آنجا برابر با حج و نماز نافله برابر عمره است.

امام علی(ع) در تجلیل مقام این مسجد در جمع مردم کوفه فرمودند: «خداوند چیزی را به شما بخشیده که به کس دیگر نداده است، حداوند این مسجد را برتری ویژه‌ای بخشید. این خانه آدم، جایگاه نوح، منزلگاه ادریس و مصلی ابراهیم خلیل و برادرم خضر و نمازخانه من و یکی از چهار مسجدی که خداوند آن را برای اهلش برگزیده است. گویی آن را می‌بینیم که فردای قیامت با دو جامه سفید وارد محشر می‌شود و کسانی که در آن نماز خوانده‌اند، شفاعت می‌نماید و شفاعتش از جانب خدا رد نخواهد شد. در آینده «حجرالاسود» در آن نصب خواهد شد. زمانی همین مسجد نمازگاه «مهدی» فرزندم و نمازگاه هر مؤمنی می‌شود.»

از قسمت‌های مهم مسجد می توان به مقام «رحبة امیرالمؤمنان» همان سکویی که حضرت پیش  از نماز بر روی آن می‌نشستند و به پرسش‌های مردم پاسخ می گفتند اشاره کرد. "دکة‌القضا" نیز محل قضاوت امام در مسجد کوفه بود و روی ستون کوتاهی از آن آیه‌ی «ان‌الله یامر بالعدلل و الاحسان» به چشم می خورد.

«بیت‌الطشت» سومین نقطه از مسجد کوفه است که شیعیان با رسیدن به آن دو رکعت نماز می‌خوانند، ارج نهادن این نقطه از مسجد برمی‌گردد به داستانی که بدین شرح است: زالویی در داخل شکم یک دختر خون وی را مکیده و بسیار بزرگ گشته بود از همین رو شکم دختر مثل زنان حامله بزرگ شد، ماجرا در کل شهر دهان به دهان چرخید و برادران دختر او را نزد امام علی(ع) آوردند تا ایشان حکم کند، امام به قابله‌ کوفه دستور داد تا پشت پرده‌ای دختر را معاینه کند که پس از  معاینه گفت این دختر حامله است ولی امام که عالم غیب بود دستور داد طشتی پر از لجن بیاورند و دختر را در آن بنشانند، زالو با استشمام بوی لجن از شکم دختر بیرون شد و همه حقیقت را فهمیدند.

ستون هفتم مسجد کوفه نیز مکانی است که طبق روایات خداوند توبه آدم(ع) را در آنجا قبول کرد و ستون چهارم محل اقامه‌ نماز حضرت ابراهیم(ع) بوده است.

ستون پنجم به مقام جبرییل منصوب است، در هنگام معراج پیامبر از «بیت‌الحرام» به «مسجد الاقصی» پیامبر(ص) به سرزمین کوفه رسید که جبرییل خطاب به وی گفت: ای رسول خدا اکنون مقابل مسجد کوفه‌اید و پیامبر به اذن خدا در آنجا دو  رکعت نماز خواند.

در رابطه با ستون سوم هم چنین مشهور است که ابوحمزه ثمالی می گوید:« دیدم علی بن‌الحسین وارد مسجد کوفه شد و دو  رکعت نماز خواند و بعد دعا کرد و راه مدینه در پیش گرفت تا برگردد به او گفتند برای چه به اینجا آمدی؟ جایی که پدر و جدت را کشتند؟ فرمود پدرم را زیارت کردم در این مسجد نماز خواندم» از این ستون سوم مسجد به مقام «امام زین العابدین» مشهور است.

تنظیم و گردآوری از امیررضا جانی