بنا بر نقل‌های مسلم تاریخی عایشه به دستور امیرالمومنین علیه‌السلام به مدینه بازگردانده شد و حق خروج از مدینه و حتی خانه‌ای که پیغمبر صلی الله علیه و آله و سلم برای او تعیین کرده بود را نداشت و در حقیقت عایشه در طول دوران خلافت امیرالمومنین علیه‌السلام یعنی از جمادی‌الثانی سال ۳۶ که جنگ جمل واقعه شد تا هنگام شهادت امیرالمومنین علیه‌السلام و به احتمال قوی تا پایان خلافت امام مجتبی علیه‌السلام که در سال ۴۱ هجری باشد در حصر قرار داشت و هیچ موردی از او در این مدت در تاریخ ثبت نشده است. 

جز اینکه وقتی خبر شهادت برادرش محمد بن ابی بکر را شنید منقلب شد و در حق قاتلان او از جمله عمرو بن عاص لعنت کرد و همچنین وقتی خبر شهادت امیرالمومنین علیه‌السلام را شنید اظهار خشنودی و سرور و خوشحالی کرد. 

اما بعد از صلح امام حسن علیه السلام و مستولی شدن معاویه بر عالم اسلام، عایشه از این حصر بیرون می‌آید و در عرصه سیاسی حضور دارد. افرادی با او دیدار می‌کنند و او با آنها مطالبی را رد و بدل می‌کند، به معاویه نامه می نویسد، با معاویه در مدینه دیدار می کند و در برابر خلافت غاصبانه و جائرانه معاویه هیچ گونه مسئله و مخالفتی صورت نمی‌دهد. 

جز انتقادی که به معاویه می‌کند به خاطر کشتن حجر بن عدی که معاویه چنین توجیه می کند مبنی بر اینکه هنگامی که تصمیم به قتل حجر گرفتم فرد خردمندی نزد من نبود. لذا عایشه هیچ مشکلی با معاویه ندارد و حتی بعد از آنکه معاویه بدعت بزرگی در اسلام می‌گذارد و فرزند نابکار خود را به عنوان ولیعهد معرفی می‌کند و کاری را مطرح می‌کند که هیچ یک از خلفای پیشین نکرده بودند و خلافت رسول خدا را تبدیل به سلطنت می‌کند، عایشه هیچ عکس العمل منفی‌ای نشان نمی‌دهد. 

بنا بر نقل، عایشه در دوران حاکمیت معاویه در سال ۵۷ می‌میرد و در بقیع دفن می‌شود.