۱- حوزه و حتی بیشتر شاگردان علامه طباطبایی، راه ایشان را ادامه ندادند و اکنون صدایی که از حوزه به گوش‌ها می‌رسد، صدای ایشان نیست. فوت ایشان و سیاسی شدن اکثر شاگردانشان، حوزه را چند گام به دوران اخباری‌گری(با نام‌های جدید و بهانه‌هایی همچون خالص‌سازی علوم دینی) نزدیک‌تر کرد. اکنون نیز قوی‌ترین جریان‌ها و گرایش‌های داخلی حوزه، عملا تعلق خاطری به ایشان و حتی به استاد مطهری ندارند.

۲- در تاریخ حوزه به‌ویژه در دورۀ معاصر، کمتر عالمی را می‌توان یافت که برای استفاده از دانشمندی که فرهنگ و دینی دیگر دارد، رنج سفر را بر خود هموار کند و به شهری دیگری برود؛ اما مرحوم علامه، به‌رغم استوارترین پیوندهایی که با سنت داشت، همواره مشتاق گفت‌وگو با هانری کربن و دیگر استادان پایتخت‌نشین بود. علامه در خانه نمی‌نشست که دیگران به سراغ او بیایند و سخنانش را بشنوند؛ بلکه بیشتر گوش بود تا زبان.

۳-  اگر «روحانی» کسی است که دیدار و گفتارش انسان را به یاد خدا و معنا می‌اندازد، مرحوم علامه طباطبایی، یکی از روحانی‌ترین شخصیت‌های علمی در صد سال گذشته بود. اما اگر «روحانی» کسی است که هر هنر و مهارتی دارد جز این، او روحانی موفقی نبود.

۴- سیاست‌گریزی مرحوم علامه که امروزه به آن اسلام سکولار می‌گویند، سلیقۀ شخصی یا به دلیل ناتوانی در این عرصه نبود. طبق مبنای ایشان و مرحوم آیة الله بروجردی، اگر تأثیرگذاری حوزه‌ها بر سیاست از راه‌های مستقیم باشد، سرانجام سیاست بر حوزه حاکم می‌شود. 

۵- به گمان من، مهم‌ترین تألیف علامه طباطبایی، پس از المیزان، تعلیقات ایشان بر کتاب بحارالانوار است که در زمان حیاتشان از ادامه و چاپ آن جلوگیری شد. آیت الله حسینی طهرانی از شاگردان ایشان دربارۀ این تعلیقات می‌نویسد: «علامه تا جلد ششم بر بحارالانوار  تعلیقه نگاشتند، اما در یکی دو تعلیقه صریحاً نظر علامه مجلسی را رد کردند. این امر برای طبقه‌ای که تا این اندازه حاضر نبودند نظرات مجلسی مورد ایراد واقع شود، خوشایند نشد و متصدی و مباشر طبع، بنا به الزامات خارجیه، از ایشان تقاضا کرد که در بعضی مواضع، قدری کوتاه‌تر بنویسند و از بعضی ایرادات صرف نظر کنند. علامه حاضر نشدند و فرمودند: در مکتب شیعه، ارزش جعفر بن محمد صادق(ع) از علامه مجلسی بیشتر است و زمانی که امر دایر شود به جهت بیانات و شروح علامه مجلسی و ایراد عقلی و علمی بر حضرات معصومین(ع)، ما حاضر نیستیم آن حضرات را به مجلسی بفروشیم و من از آنچه به نظر خود در موضع مقرر لازم می‌دانم بنویسم، یک کلمه کم نخواهم کرد.»(مهر تابان، ص۳۵)

۶- چند غزل و مقداری مثنوی از علامه باقی مانده است که گویا بسیار بیش از این بوده است؛ اما به گواهی اهل فن، همین چند غزل و یکی‌ دو مثنوی، از ذوقی سرشار و مهارتی کم‌نظیر در غزل‌سرایی سنتی با محتوای عرفانی خبر می‌دهند.

علامه طباطبایی و کلمات خدا

قرآن و انجیل، عیسی را «کلمۀ خدا» می‌خوانند(نساء/171؛ آل عمران/ 39 و 45؛ انجیل یوحنا، فصل اول، باب اول). مفسران این دو کتاب مقدس، دربارۀ «کلمه بودن عیسی»، سخنان بسیاری گفته‌اند. اما معنای ساده و پاکیزۀ آن، همان است که در مواحهۀ نخست با این تعبیر به اذهان می‌آید. کلمۀ خدا، یعنی سخن خدا؛ یعنی خدا با مردم سخن گفت و سخنش، همان عیسی بود. سخن خدا با انسان، تنها از جنس متن و عبارت نبوده است که هزار گونه تفسیر و تأویل و انحراف می‌پذیرد و هر کس پاره‌ای از آن را حجت خود می‌داند. کلمات خدا، انسان‌های الهی و معنوی‌اند. مقام کلمة الهی، غیر از مقام سخنگویی و برتر از آن است. سخنگو، سخن روز را می‌گوید؛ اما کلمة الله، سخن خدا در همۀ روزگاران است. متن و نوشتار و الفاظ، سنگینی سخن خدا را چگونه بر دوش کشند که از عهدۀ سخن خلق خدا هم برنمی‌آیند؟
معانی، هرگز اندر حرف ناید
که بحر قلزم اندر ظرف ناید
کلمات خدا، از جنس حروف و الفاظ نیست؛ از جنس زنان و مردان خدا است؛ آنان که تو را در هر حالی که باشی و هر گونه که بیندیشی، به یاد یار دیرین می‌اندازند و از این جهان بی‌مرام بیرون می‌آورند؛ کسانی همچون سید محمدحسین طباطبایی. بزرگی او نه در تفسیر او از قرآن است و نه در گفتارهای فلسفی‌اش. در این است که دیدارش و گفتارش و رفتارش، نشانی از بی‌نشان داشت. خدا، از این گونه کلمات، فراوان دارد و گه‌گاه یکی از آنها را در گوش آدم‌های ظلمانی، زمزمه می‌کند. ارجمندی این کلمات روحانی و روح‌بخش، بیش از آن است که آنها را به سیاست و حتی علم و معرفت آلوده کنیم. هر «روحانی» می‌بایست کلمه‌ای از کلمات خدا باشد تا ما را از چسبندگی زخمناک دنیا نجات دهد. شغل‌های دیگر، از عهدۀ دیگران هم برمی‌آید. ما به روحانیانی نیاز داریم که دیدارشان روح و معنا را در دل و جان ما زنده کند. سید محمدحسین طباطبایی این‌گونه بود. من او را «علامه» نمی‌خوانم؛ او علامت و نشانه‌ای از نشانه‌های خدا و خداباوری بود.