او سپس راهی مشهد مقدس شد و به سال 1347 در دبیرستان فردوسی دیپلم طبیعی گرفت. او همان سال در کنکور سراسری شرکت کرد و در رشته اقتصاد و علوم سیاسی دانشگاه ملی تهران قبول شد. در دانشگاه به مبارزات سیاسی و مذهبی بر ضد رژیم پهلوی ادامه داد و در سال 1351 فارغ التحصیل شد و همان سال جهت ادامه تحصیل به واشنگتن آمریکا عزیمت کرد.

شهید امین زاده، در کنار سعی و تلاش در فراگیری دروس دانشکده لحظه‌ای از مبارزات مذهبی و سیاسی غفلت نورزید. چون معتقد بود برای ساختن ایرانی اسلامی و انقلابی نباید لحظه‌ای از فراگیری معلومات علمی و فنی غفلت کرد. او از اعضای مهم و سرشناس اتحادیه انجمن های اسلامی آمریکا و کانادا بود.

شهید امین‌زاده پس از اخذ مدرک فوق لیسانس اقتصاد، در رشته برنامه‌ریزی اقتصاد در ایالات متحده برای اخذ درجه دکتری به تحصیل پرداخت.

وی در پاریس خدمت امام خمینی (ره) رسید و امام راحل خطبه عقد این شهید و همسرش را خواندند. ثمره این ازدواج یک دختر است. شهید امین زاده در نهایت، به همراه امام خمینی (ره) به ایران بازگشت و در سال‌های اول انقلاب در کمیته انقلاب اسلامی مشهد مشغول کار شد.

امین‌زاده در مهر 1358 به عضویت هیأت مدیره شرکت گسترش خدمات بازرگانی منصوب شد. در بهمن 1359 به عنوان معاون بازرگانی داخلی ایران، تلاش و کوشش خود را در رفع تنگناهای بازرگانی آغاز کرد و در مدتی کوتاه فعالیت‌هایش چشمگیر بود. زندگی ساده و بی‌آلایش داشت. نه بنده مقام و ریاست بود و نه بنده پول و زر و زیور. او حتی هزینه تحصیل خود را هم به شهید چمران داد تا به مردم فلسطین هدیه کند. او اعتقاد داشت که اقتصاد اسلامی می‌‌تواند پاسخگوی جامعه بوده و الگوی مناسبی برای پیشرفت باشد.

شهید مهدی امین زاده در شبانگاه 7 تیرماه 1360 به همراه 72 تن از یاران امام خمینی (ره) در انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی به شهادت رسید و در محل صحن امام رضا (ع) به خاک سپرده شد.