شهید آیت اللّه صدوقی از یاران صدیق و  قدیمی امام (ره)امت بود. ایشان یار امام (ره)در تمامی صحنه های انقلاب و یاورملت محروم بود كه به حق در عمل نیز این چنین بود. ایشان مردی از سلاله پاك تشیع علوی و ادامه دهنده راه ائمه معصومین علیهم السلام بود. شهید صدوقی عابدی مخلص و زاهدی بی ریا بود.

از كار شبانه روزی و در خدمت مردم بودن هیچ احساس خستگی نمی كرد و بسیار مقاوم بود. در مبارزه با طاغوت و طاغوتیان بسیار شجاع و فعال بود. ایشان، هم چنین حافظه ای بسیار قوی و خوب داشت كه زبانزد همگان بود. این مرد پاك طینت و نیكوسیرت دارای چنان جاذبه قوی و نیرومندی بود كه در همان برخورد نخست، افراد را به انقلاب و اسلام و امام (ره)جذب می كرد.

شهید بزرگوار آیت اللّه صدوقی در ایام حیات پربركت علمی خویش در محضر استادان زیادی زانوی ادب زده و در دروس مختلف از آنان كسب فیض كرده است. شخصیت آیت اللّه صدوقی تأثیرپذیری  از امام خمینی (ره)داشته است و امام (ره)در زمره استادان این اندیشمند متعهد و صادق به شمار می رود. ایشان هم چنین از محضر بزرگانی هم چون: آیت اللّه شیخ عبدالكریم یزدی، آیت اللّه سیدصدرالدین صدر، آیت اللّه سیدمحمدتقی خوانساری، آیت اللّه سیدمحمد حجت كوه كمره ای، سید علی محمد كازرونی و شیخ غلام رضای فقیه خراسانی خوشه های دانش و فضیلت چیده و بهره ها جسته است.

شهید والا مقام آیت اللّه صدوقی دارای فضایل اخلاقی بود.شهید مظهر صداقت و پاكی بود. درون و برونش یكی بود. به آن چه می خواند و می فهمید عمل می كرد. قرآن كتابی بود كه هیچ گاه از ایشان جدا نمی شد. ادب و متانت ایشان زبانزد عام و خاص بود و روزهای عید وقتی كه مردم و مسئولان به دیدارش می رفتند، بدون استثنا برای همه برمی خواست و این كار را نه از روی اكراه و بی میلی، كه با نشاط و شوقِ وصف ناپذیر انجام می داد.

آیت اللّه صدوقی از حامیان گروه فداییان اسلام بود. ایشان در حمایت از این گروه از هیچ كاری فروگذار نكرد، به طوری كه سیدعبدالحسین واحدی برای پنهان شدن به خانه ایشان پناه می برد. شهید صدوقی ایشان را دو روز پشت آینه دیواری اتاق پنهان می كند و ایشان را از دست مأموران رژیم نجات می دهد. شهید صدوقی هم چنین پس از فوت رهبر مذهبی یزد، عالم پرهیزگار و پرایشانازه، شیخ غلام رضا فقیه خراسانی، با درخواست مردم و توصیه حضرت امام خمینی(ره) رحمه الله علیه چنان وسیع و فراگیر عمل كرد كه تمامی استان یزد و بخشی از مناطق دیگر ایران به صحنه مبارزه علیه رژیم تبدیل شد.

از آن پس در اكثر مقاطع مهم روحانیان یزد همراه با شهید صدوقی علیه رژیم مستبد و ستم گر اعلامیه می دادند و به افشاگری می پرداختند. آیت اللّه صدوقی تنها مرد تتبّع، تحقیق و نگارش نبود، بلكه در تدریس و تربیت شاگردان از مردان موفق زمان خود به شمار می رفت. درس وی یكی از حلقه های با شكوه درسی حوزه به شمار می رفت. شهید صدوقی تدریس علوم دینی را در  الویت زندگی خویش قرار داده بود و حقیقتاً در مسند تدریس از استادان برجسته و ارزش مند حوزه به شمار می آمد.

ایشان در مدت تدریس، شاگردان تربیت كرد كه بعدها هریك منشأ خدمات اجتماعی و علمی فرایشانان گردیدند. از شمارِ بسیارِ شاگردان و آنان كه از محضر وی كسب فیض كرده اند می توان به این افراد اشاره كرد: استاد علامه محمدتقی جعفری تبریزی، شهید مرتضی مطهری و شهید قدوسی.

از چندین هفته قبل از شهادت آیت اللّه صدوقی، جوانی در حدود 25 سال با لباس بسیجیان در مسجد ایشان پیدا شده بود و زاهدانه به مسجد رفت وآمد می كرد. این برخورد ایشان باعث می شد كسی به ایشان بدبین نشود. روز دهم ماه مبارك رمضان 1360 با روز جمعه هم زمان شد. آیت اللّه صدوقی غسل جمعه كرد و به طرف مسجد «ملااسماعیل» حركت كرد. خطبه های نماز جمعه را خواند و سپس به نماز ایستاد و چون نماز تمام شد آن جوان كه بعد هم مسلّم شد از وابسته های منافقان است از پشت سر به آقا هجوم ایشانرد. ناگاه صدای انفجار مهیبی در فضای مسجد پیچید و شور و غوغای عجیبی همه مسجد را فرا گرفت...

یازدهم تیر ۱۳۶۱ آیت‌الله شیخ محمد صدوقی، امام جمعه و نماینده امام خمینی (ره) در یزد به دست جوانی ۲۵ ساله که وابسته به سازمان مجاهدین خلق (منافقین) بود، به شهادت رسید.

روحش شاد و یادش گرامی