حضرت آیت‌الله سیستانی برای درمان وسواس  می‌فرماید: ابتدا شخص وسواسی باید توجه داشته باشد که این حالت از لحاظ عقلی و شرعی مذموم می باشد زیرا شخص از حالت میانه روی و اعتدال خارج می‌گردد و بدون اینکه هیچ نفعی داشته باشد توانائیها و نیروی انسان را به هدر می‌دهد.  هرگز وسواس نوعی پرهیزگاری محسوب نمی‌گردد و در شرع مبین اسلام این امر ستایش نشده، بلکه وسواس نوعی اختلال در درک و فهم فرد می باشد که ناشی از ضعف در نفس و اراده می باشد و همانطور که در احادیث شریفه آمده است ، تسلیم شدن به وسوسه‌های شیطان خبیث است ، پس اگر انسان این را به خوبی درک کند و حقیقت این امر برایش معلوم شود نوبت به مرحله دوم می رسد.

وی در مرحله دوم می‌فرماید: باید انسان تلاش فراوان کند که بتواند بر نفس خود غلبه داشته باشد و قدرت تصمیم‌گیری را به دست خود بگیرد و نگذارد که شیطان او را بازی داده و فریب دهد ، و عزم راسخ داشته باشد که خداوند متعال اورا بر عدم اعتنا به احتمالات و وسوسه ها سرزنش نخواهد کرد ، و اگر شک کند – مثلا – که آب به جایی از بدن خود رسیده یا نه به شک خود اهمیتی ندهد و بنا را بر آن بگذارد که تطهیر حاصل شده همچونانکه عادتا چنین می گردد ، و هرچه بی اعتنایی او به این شک ها تکرار گردد تسلط تخیل و وسوسه ضعیف تر می شود ، تا اینکه شیطان از او مأیوس گردد و شخصی معتدل در مراعات طهارت و نجاست شود و مطمئن باشد که اگر وارد این مسیر شود و بنا بر را بر مبارزه با این وسواس بگذارد پیروز می گردد و پروردگار متعال او را یاری می نماید و حیله شیطان را ضعیف می نماید. خداوند کریم می فرماید: ( همانا کید و حیله شیطان ضعیف است).

وی در پاسخ به یکی از مقلدین خود که در انجام غسل خیلی وسواس دارد می‌فرماید: کاری که می‌کنید جایز نیست . بیش از حد متعارف تکلیف دیگری ندارید و برای غسل کردن مانند دیگران غسل کنید چه از نظر وقت وچه از نظر آب و اسراف کردن حرام استو از شیطان پرهیز کنید.