ملاعلی کنی در یکی از روزهای سال ۱۲۲۰ هجری قمری در محله «کَن» واقع در شمال غرب تهران دیده به جهان گشود، پدر او، میرزا قربانعلی آملی نامش را «علی» نهاد تا میراث امام خواهی و علی دوستی را با گوشت و پوست نسل خویش درآمیزد.

او پس از سعی و تلاش در مکتب، در اندیشه حضور در حوزه علوم دینی بود، اما با مخالفت خانواده‌اش روبرو شد بنابراین در آغاز به صورت مخفیانه به درس مشغول شد و سپس با کسب رضایت آنان به تهران آمد و از آنجا به اصفهان رفت و در آن شهر از محفل درس استادی چون سید اسدالله اصفهانی (متوفی ۱۲۹۰ هجری قمری) استفاده کرد، سپس آماده سفر به نجف اشرف شد و از ذخایر علمی آن حوزه بهره برد.

ملاعلی کنی در ۱۲۶۲ هجری شمسی به ایران بازگشت و در تهران ساکن شد، به‌تدریج در آن‌جا ریاست دینی یافت و به عنوان عالمی با نفوذ، مقبول عام و خاص و حتی دربار ناصرالدین‌شاه شد، چنان‌که بیش‌تر مردم ایران مقلد او شدند و بیشتر عالمان آن زمان تهران از تربیت‌یافتگان او بودند.

وی همچنین از ۱۲۸۲ شمسی تولیت مدرسه مروی را برعهده گرفت، به نوشته اعتمادالسلطنه نفوذ حاج‌ملاعلی کنی چنان بود که گاهی دعاوی شرعی مربوط به رجال دولت نیز برای داوری به محکمه او ارجاع می‌شد.

مدت زمانی پس از اقامت ملا علی کنی، مراجعات پی در پی مردم و پرسش‌های کتبی و شفاهی آنان در قالب استفتائات شرعی آغاز شد و روز به روز افزایش می‌یافت و ایشان یگانه محور پاسخگویی به سؤالات دینی و تنها ملجأ رسیدگی به مشکلات مردم به شمار می‌رفت، تا به دلیل فزونی مقلدان و بنا به درخواست آنان سرانجام در سال ۱۲۷۱ قمری، رساله عملیه وی به چاپ رسید تا مردم مؤمن احکام دینی خود را بر اساس فتاوای مجتهد و مرجع تقلید خویش انجام دهند.

 
ویژگی‌های اخلاقی
 
ملاعلی‌کنی بسیار متمول بود، اما ساده می‌زیست و در کارهای خیر و دستگیری از ستمدیدگان پیشقدم می‌شد، مورخان وی را رئوف، سخاوتمند، زاهد و باتقوا وصف کرده و درباره نفوذ کلامش گفته‌اند که هیچ امر اجتماعی مهمی در ایران بدون تأیید او قابل اجرا نبود، ناصرالدین‌شاه به ملاقاتش می‌رفت و او را بسیار گرامی می‌داشت و از وی پیروی می‌کرد.

مرحوم کنی در سال ۱۳۰۶ در تهران درگذشت و در حرم عبدالعظیم حسنی در شهر ری به خاک سپرده شد، در تشییع پیکر او، حتی پیروان ادیان دیگر نیز شرکت داشتند و در شهرهای مختلف برای او مجالس یادبود، برپا شد و اشعار بسیاری در رثایش سرودند.